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万見
- SASDFT9: Adhesion G-protein coupled receptor G6 - zfGpr126 S2 (-ss) ECR -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDFT9
試料Adhesion G-protein coupled receptor G6 - zfGpr126 S2 (-ss) ECR
  • Adhesion G-protein coupled receptor G6 S2 (protein), Gpr126, Danio rerio
機能・相同性
機能・相同性情報


myelination of posterior lateral line nerve axons / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / semicircular canal fusion / regulation of sprouting angiogenesis / Schwann cell differentiation / peripheral nervous system myelin formation / ear development / myelination in peripheral nervous system / heart trabecula formation / extracellular matrix binding ...myelination of posterior lateral line nerve axons / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / semicircular canal fusion / regulation of sprouting angiogenesis / Schwann cell differentiation / peripheral nervous system myelin formation / ear development / myelination in peripheral nervous system / heart trabecula formation / extracellular matrix binding / laminin binding / collagen binding / myelination / mitochondrion organization / cAMP-mediated signaling / ossification / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / heart development / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Pentaxin family / Pentraxin / C-reactive protein / pentaxin family / Pentraxin-related / Pentraxin (PTX) domain profile. / GAIN domain superfamily / GPCR proteolysis site, GPS, motif / GPS motif / GAIN-B domain profile. / G-protein-coupled receptor proteolytic site domain / CUB domain ...Pentaxin family / Pentraxin / C-reactive protein / pentaxin family / Pentraxin-related / Pentraxin (PTX) domain profile. / GAIN domain superfamily / GPCR proteolysis site, GPS, motif / GPS motif / GAIN-B domain profile. / G-protein-coupled receptor proteolytic site domain / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Adhesion G-protein coupled receptor G6
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
登録者
  • Katherine Leon (Uchicago, The University of Chicago, Edward H. Levi Hall 5801 South Ellis Avenue Chicago, Illinois 60637 773.702.1234)

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モデル

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試料

試料名称: Adhesion G-protein coupled receptor G6 - zfGpr126 S2 (-ss) ECR
試料濃度: 5 mg/ml
バッファ名称: 150 mM NaCl, 20 mM HEPES / pH: 7.5
要素 #1776名称: Gpr126 / タイプ: protein / 記述: Adhesion G-protein coupled receptor G6 S2 / 分子量: 86.37 / 分子数: 1 / 由来: Danio rerio / 参照: UniProt: C6KFA3
配列: ASTSCNVVLT DSQGSFTSPC YPNDYPPSQS CNWTIQAPAG FIVQITFLDF ELEEAQGCIY DRVVVKTGTS DAKFCGLTAN GLTLNSTGNV MEVFFNSDFS VQKKGFHISY KQVAVTLRNQ KVTMPKSSKT ILRVSNSISI PVLTAFTVCF EIARTAQKAT ETIFTLSDAA ...配列:
ASTSCNVVLT DSQGSFTSPC YPNDYPPSQS CNWTIQAPAG FIVQITFLDF ELEEAQGCIY DRVVVKTGTS DAKFCGLTAN GLTLNSTGNV MEVFFNSDFS VQKKGFHISY KQVAVTLRNQ KVTMPKSSKT ILRVSNSISI PVLTAFTVCF EIARTAQKAT ETIFTLSDAA GTSILAFEKT SNGMELFIGA SYCSVDNFLT SSDITATMKP LCLTWTKSSG LIGVYFEGHY FSSICSASQI YTLQSGGLLQ IAGKGSSSVS VDDQNLDGFI YNFRLWDHAM LSSELSALTC DTVGNVVDWD HSYWTIPGSS TQTDSTLSCS TAITTLSPGT AGCASGLGCP EDIFYRSTLV VTDEQTPDRD ATAIISQWLN QTFQNWMYRV YVDGISLQLI TVLSRITTTR QIYLALLVYK NTTDVNLAEV EIESMLRSAP AIGNGLTLDS VTVNLMENCQ ADEFPVHYRW PESRPTVTQY VPCFPYKDRN ASRTCMINRD NYTSFWALPD RGNCTNITSI TVSQENAMDV AVQLADISNN GLSKEELTQV VTKVMELVNI AKINATLAST VVTIISNVMV SSEDAQKDAS ETALKAVDEL VQKIEFDGPS LTISSKNLVV GVSALDTTNF NGSTLSAFIA TNTTDPQIDF DSEAHNALAV VTLPPTLLQN LSLSQIEKVS RINFMFFGRT GLFQDHQNNG LTLNSYVVAS SVGNFTIKNL QDPVRIEIAH LEYQKDPNPQ CVFWDFNLQN YSGGWNSDGC KVGSDSNSNR TVCLCNHLTH FGILMDVSRA HHHHHHHH

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実験情報

ビーム設備名称: Advanced Photon Source (APS), Argonne National Laboratory BioCAT 18ID
地域: Lemont, IL / 国: USA / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.103 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1 mm
検出器名称: Pilatus3 X 1M / Pixsize x: 0.172 mm
スキャン
タイトル: Adhesion G-protein coupled receptor G6 - zfGpr126 S2 (-ss) ECR
測定日: 2018年6月28日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 22 °C / 照射時間: 0.8 sec. / フレーム数: 1266 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0054 0.3832
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 322 /
MinMax
Q0.00764 0.1991
P(R) point7 328
R0 141
結果
D max: 14.1 / カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量93.5 kDa107 kDa
体積-169 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I0398.1 395.1964 0.8711
慣性半径, Rg 4.11 nm4.018 nm0.016

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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