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万見
- SASDFT7: Talin-1 head amino acids 1-405 (Talin-1, human, TLN1) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDFT7
試料Talin-1 head amino acids 1-405
  • Talin-1, human (protein), TLN1, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


LIM domain binding / cortical microtubule organization / XBP1(S) activates chaperone genes / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / vinculin binding / integrin activation / cell-substrate junction assembly / cell-cell junction assembly / cortical actin cytoskeleton organization / regulation of focal adhesion assembly ...LIM domain binding / cortical microtubule organization / XBP1(S) activates chaperone genes / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / vinculin binding / integrin activation / cell-substrate junction assembly / cell-cell junction assembly / cortical actin cytoskeleton organization / regulation of focal adhesion assembly / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / phosphatidylserine binding / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Smooth Muscle Contraction / ruffle / Integrin signaling / phosphatidylinositol binding / integrin-mediated signaling pathway / adherens junction / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / cell-cell adhesion / structural constituent of cytoskeleton / platelet aggregation / ruffle membrane / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / actin filament binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / integrin binding / Platelet degranulation / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / cytoskeleton / cadherin binding / focal adhesion / cell surface / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / Talin, R4 domain / Talin 1-like, rod segment domain ...Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / Talin, R4 domain / Talin 1-like, rod segment domain / Talin, N-terminal F0 domain / : / N-terminal or F0 domain of Talin-head FERM / Talin IBS2B domain / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain profile. / I/LWEQ domain / Phosphotyrosine-binding domain / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
登録者
  • Sampo Kukkurainen (Tampere University, Tampere, Finland)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3059
タイプ: mix / ソフトウェア: (2.1 online) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: 1 / コメント: Bead radius unknown / カイ2乗値: 1.661 / P-value: 0.822707
モデル #3061
タイプ: mix / ソフトウェア: (2.1 online) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: 1 / カイ2乗値: 1.661 / P-value: 0.822707
モデル #3062
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: 1 / カイ2乗値: 1.661 / P-value: 0.822707
モデル #3063
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: 1 / カイ2乗値: 1.661 / P-value: 0.822707

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試料

試料名称: Talin-1 head amino acids 1-405 / 試料濃度: 10.3 mg/ml
バッファ名称: 50 mM sodium phosphate, 150 mM NaCl / pH: 7.2
要素 #1683名称: TLN1 / タイプ: protein / 記述: Talin-1, human / 分子量: 51.275 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9Y490
配列: GGSHHHHHHG MASMTGGQQM GRDLYDDDDK DRWIRPRAMV ALSLKISIGN VVKTMQFEPS TMVYDACRII RERIPEAPAG PPSDFGLFLS DDDPKKGIWL EAGKALDYYM LRNGDTMEYR KKQRPLKIRM LDGTVKTIMV DDSKTVTDML MTICARIGIT NHDEYSLVRE ...配列:
GGSHHHHHHG MASMTGGQQM GRDLYDDDDK DRWIRPRAMV ALSLKISIGN VVKTMQFEPS TMVYDACRII RERIPEAPAG PPSDFGLFLS DDDPKKGIWL EAGKALDYYM LRNGDTMEYR KKQRPLKIRM LDGTVKTIMV DDSKTVTDML MTICARIGIT NHDEYSLVRE LMEEKKEEIT GTLRKDKTLL RDEKKMEKLK QKLHTDDELN WLDHGRTLRE QGVEEHETLL LRRKFFYSDQ NVDSRDPVQL NLLYVQARDD ILNGSHPVSF DKACEFAGFQ CQIQFGPHNE QKHKAGFLDL KDFLPKEYVK QKGERKIFQA HKNCGQMSEI EAKVRYVKLA RSLKTYGVSF FLVKEKMKGK NKLVPRLLGI TKECVMRVDE KTKEVIQEWN LTNIKRWAAS PKSFTLDFGD YQDGYYSVQT TEGEQIAQLI AGYIDIILKK KKS

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.12399 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Talin-1 head amino acids 1-405 / 測定日: 2015年9月24日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.995 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0252 4.8124
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 845 /
MinMax
Q0.154727 2.38575
P(R) point1 845
R0 11.49
結果
カーブのタイプ: sec
実験値StandardPorod
分子量51.275 kDa55.729 kDa59 kDa
体積--94 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I03811 3765.62 14.42
慣性半径, Rg 3.463 nm3.35 nm0.02

MinMax
D-11.49
Guinier point50 138

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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