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万見
- SASDFS3: Murine transcription intermediary factor 1-beta, TRIM28 RBCC asse... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDFS3
試料Murine transcription intermediary factor 1-beta, TRIM28 RBCC assembly-null mutation R184D
  • Transcription intermediary factor 1-beta (protein), TRIM28, Mus musculus
機能・相同性
機能・相同性情報


Generic Transcription Pathway / convergent extension involved in axis elongation / Krueppel-associated box domain binding / epigenetic programming of gene expression / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / embryonic placenta morphogenesis / : / suppression of viral release by host / genomic imprinting / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate ...Generic Transcription Pathway / convergent extension involved in axis elongation / Krueppel-associated box domain binding / epigenetic programming of gene expression / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / embryonic placenta morphogenesis / : / suppression of viral release by host / genomic imprinting / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / chromo shadow domain binding / protein sumoylation / epithelial to mesenchymal transition / heterochromatin / embryo implantation / positive regulation of DNA repair / promoter-specific chromatin binding / RING-type E3 ubiquitin transferase / euchromatin / positive regulation of protein import into nucleus / RNA polymerase II transcription regulator complex / transcription corepressor activity / ubiquitin protein ligase activity / chromatin organization / in utero embryonic development / transcription coactivator activity / protein kinase activity / innate immune response / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / ubiquitin protein ligase binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription intermediary factor 1-beta / TIF1-beta, RING finger, HC subclass / : / : / zinc-RING finger domain / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger ...Transcription intermediary factor 1-beta / TIF1-beta, RING finger, HC subclass / : / : / zinc-RING finger domain / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Ring finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, FYVE/PHD-type / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription intermediary factor 1-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2019
タイトル: A Dissection of Oligomerization by the TRIM28 Tripartite Motif and the Interaction with Members of the Krab-ZFP Family.
著者: Yunyuan Sun / Jeremy R Keown / Moyra M Black / Charlène Raclot / Nicholas Demarais / Didier Trono / Priscilla Turelli / David C Goldstone /
要旨: TRIM28 (also known as KAP1 or TIF1β) is the universal co-repressor of the Krüppel-associated box-containing zinc finger proteins (Krab-ZFPs), the largest family of transcription factors in mammals. ...TRIM28 (also known as KAP1 or TIF1β) is the universal co-repressor of the Krüppel-associated box-containing zinc finger proteins (Krab-ZFPs), the largest family of transcription factors in mammals. During early embryogenesis, TRIM28 mediates the transcriptional silencing of many endogenous retroviral elements and genomic imprinted sites. Silencing is initiated by the recruitment of TRIM28 to a target locus by members of the Krab-ZFP. Subsequently, TRIM28 functions as a scaffold protein to recruit chromatin modifying effectors featuring SETDB1, HP1 and the NuRD complex. Although many protein partners involved in silencing have been identified, the molecular basis of the protein interactions that mediate silencing remains largely unclear. In the present study, we identified the first Bbox domain (T28_B1 135-203) as a molecular interface responsible for the formation of higher-order oligomers of TRIM28. The structure of this domain reveals a new interface on the surface of the Bbox domain. Mutants disrupting the interface disrupt the formation of oligomers but have no observed effect on transcriptional silencing defining a single TRIM28 dimer as the functional unit for silencing. Using assembly-deficient mutants, we employed small-angle X-ray scattering and biophysical techniques to characterize binding to member of the Krab-ZFP family. This allows us to narrow and define the binding interface to the center of the coiled-coil region (residues 294-321) of TRIM28 and define mutants that abolish binding to the Krab-ZFP proteins.
登録者
  • Yunyuan Sun (The University of Auckland, Auckland, New Zealand)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2839
タイプ: dummy / ソフトウェア: (2.3i) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: p2 / カイ2乗値: 0.33 / P-value: 0.012949
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試料

試料名称: Murine transcription intermediary factor 1-beta, TRIM28 RBCC assembly-null mutation R184D
試料濃度: 0.15-0.20
バッファ名称: 10 mM Tris 300 mM NaCl 0.1 mM TCEP / pH: 8
要素 #1498名称: TRIM28 / タイプ: protein / 記述: Transcription intermediary factor 1-beta / 分子量: 40.928 / 分子数: 2 / 由来: Mus musculus / 参照: UniProt: Q62318
配列: GPGEAQELLE HCGVCRERLR PERDPRLLPC LHSACSACLG PATPAAANNS GDGGSAGDGA MVDCPVCKQQ CYSKDIVENY FMRDSGSKAS SDSQDANQCC TSCEDNAPAT SYCVECSEPL CETCVEAHQR VKYTKDHTVR STGPAKTRDG ERTVYCNVHK HEPLVLFCES ...配列:
GPGEAQELLE HCGVCRERLR PERDPRLLPC LHSACSACLG PATPAAANNS GDGGSAGDGA MVDCPVCKQQ CYSKDIVENY FMRDSGSKAS SDSQDANQCC TSCEDNAPAT SYCVECSEPL CETCVEAHQR VKYTKDHTVR STGPAKTRDG ERTVYCNVHK HEPLVLFCES CDTLTCRDCQ LNAHKDHQYQ FLEDAVRNQR KLLASLVKRL GDKHATLQKN TKEVRSSIRQ VSDVQKRVQV DVKMAILQIM KELNKRGRVL VNDAQKVTEG QQERLERQHW TMTKIQKHQE HILRFASWAL ESDNNTALLL SKKLIYFQLH RALKMIVDPV EPHGEMKFQW DLNAWTKSAE AFGKIVAERP GTNS

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実験情報

ビーム設備名称: Australian Synchrotron SAXS/WAXS / 地域: Melbourne / 国: Australia / 形状: Point / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.113 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.3 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Murine transcription intermediary factor 1-beta, TRIM28 RBCC assembly-null mutation R184D
測定日: 2017年8月10日 / セル温度: 16 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 12 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0043 0.2843
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 869 /
MinMax
Q0.00562355 0.284318
P(R) point1 869
R0 232
結果
カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量70 kDa-
体積-232 nm3

P(R)GuinierGuinier errorP(R) error
前方散乱 I00.0351 0.03473 0.00042 -
慣性半径, Rg 7.39 nm7.012 nm0.123 0.07

MinMax
D-23.2
Guinier point4 45

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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