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万見
- SASDFR7: Rabbit muscle fructose-bisphosphate aldolase A, K229M mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDFR7
試料Rabbit muscle fructose-bisphosphate aldolase A, K229M mutant
  • Fructose-bisphosphate aldolase A (protein), AldolaseFructose-bisphosphate aldolase, Oryctolagus cuniculus
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / M band / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / I band / glycolytic process / protein homotetramerization / positive regulation of cell migration / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site / Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site. / Fructose-bisphosphate aldolase, class-I / Fructose-bisphosphate aldolase class-I / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Fructose-bisphosphate aldolase A
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
登録者
  • Normand Cyr (Département de biochimie, Université de Montréal, Montréal, Canada)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3194
タイプ: atomic / 対称性: P222 / カイ2乗値: 1.659 / P-value: 0.000021
モデル #3193
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 3.50 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.178 / P-value: 0.008512

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試料

試料名称: Rabbit muscle fructose-bisphosphate aldolase A, K229M mutant
試料濃度: 8.66 mg/ml
バッファ名称: 20 mM HEPES / pH: 7
要素 #1735名称: AldolaseFructose-bisphosphate aldolase / タイプ: protein / 記述: Fructose-bisphosphate aldolase A / 分子量: 39.214 / 分子数: 4 / 由来: Oryctolagus cuniculus / 参照: UniProt: P00883
配列: PHSHPALTPE QKKELSDIAH RIVAPGKGIL AADESTGSIA KRLQSIGTEN TEENRRFYRQ LLLTADDRVN PCIGGVILFH ETLYQKADDG RPFPQVIKSK GGVVGIKVDK GVVPLAGTNG ETTTQGLDGL SERCAQYKKD GADFAKWRCV LKIGEHTPSA LAIMENANVL ...配列:
PHSHPALTPE QKKELSDIAH RIVAPGKGIL AADESTGSIA KRLQSIGTEN TEENRRFYRQ LLLTADDRVN PCIGGVILFH ETLYQKADDG RPFPQVIKSK GGVVGIKVDK GVVPLAGTNG ETTTQGLDGL SERCAQYKKD GADFAKWRCV LKIGEHTPSA LAIMENANVL ARYASICQQN GIVPIVEPEI LPDGDHDLKR CQYVTEKVLA AVYKALSDHH IYLEGTLLMP NMVTPGHACT QKYSHEEIAM ATVTALRRTV PPAVTGVTFL SGGQSEEEAS INLNAINKCP LLKPWALTFS YGRALQASAL KAWGGKKENL KAAQEEYVKR ALANSLACQG KYTPSGQAGA AASESLFISN HAY

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実験情報

ビーム設備名称: Université de Montréal Xenocs BioXolver L with MetalJet
地域: Montréal / 国: Canada / 線源: X-ray in houseX線 / 波長: 1.348 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 600 mm
検出器名称: Pilatus3 R 300K / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Rabbit muscle fructose-bisphosphate aldolase A, K229M mutant
測定日: 2019年6月14日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 60 sec. / フレーム数: 10 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0107 0.3999
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 429 /
MinMax
Q0.0106922 0.579347
P(R) point1 429
R0 118
結果
カーブのタイプ: single_conc
実験値StandardPorod
分子量157.3 kDa160 kDa133 kDa
体積--213 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.1303 0.0002174 0.1302 0.0002708
慣性半径, Rg 3.6 nm0.007 3.602 nm0.011

MinMax
D-11.8
Guinier point1 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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