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万見
- SASDFM6: Adenine specific DNA methyltransferase (Mod HP_0593) at pH 5.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDFM6
試料Adenine specific DNA methyltransferase (Mod HP_0593) at pH 5.5
  • Adenine specific DNA methyltransferase (Mod) (protein), Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695)
機能・相同性
機能・相同性情報


macromolecule modification / N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / methyltransferase activity / methylation / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
N4/N6-methyltransferase, Type III restriction-modification enzyme EcoPI Mod subunit-like / DNA methylase N-4/N-6 / DNA methylase / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Adenine specific DNA methyltransferase (Mod)
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌)
登録者
  • Naveen Narayanan (RCB, Regional Centre for Biotechnology, Haryana, India)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3045
タイプ: atomic / カイ2乗値: 1.796
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試料

試料名称: Adenine specific DNA methyltransferase (Mod HP_0593) at pH 5.5
試料濃度: 2 mg/ml
バッファ名称: 25 mM citrate, 250 mM NaCl / pH: 5.5
要素 #1668タイプ: protein / 記述: Adenine specific DNA methyltransferase (Mod) / 分子量: 68.367 / 分子数: 4 / 由来: Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) / 参照: UniProt: O25315
配列: MLLKNFPQTI KDGQVSLSAI KMLLGFNESM NDISGYELTW TGKGFANALY SEPCQKQLKL QESFTPQTSA SKHPNNAIII GDNLDALKLL KSAYSEKIKM IYIDPPYNTG NDEFIYPDNF RQDYQKILRE VGLMEIDENG KEIESESLKF FKNTQGSGTH SGWLSFMLPR ...配列:
MLLKNFPQTI KDGQVSLSAI KMLLGFNESM NDISGYELTW TGKGFANALY SEPCQKQLKL QESFTPQTSA SKHPNNAIII GDNLDALKLL KSAYSEKIKM IYIDPPYNTG NDEFIYPDNF RQDYQKILRE VGLMEIDENG KEIESESLKF FKNTQGSGTH SGWLSFMLPR LKLARDLLKE DGVIFISIDD NECANLKILC DEIFGEDNFV GDFIRKTKST TNDAKIGLNY QHEFLLCYAK DKNYTNLLGG EKNLENYKNP DNDPNGAWIN DNPSAKSGNM KTGYFGVTNP YTNKVDYPPV GMFWRFSQNT IQKHIDEGRI CFKKEHKDNE RGFIYKRYLK DLKTTQKTFD SLIFSDNCYM NQAATKELLN LGMGEYFTYP KGVEFMKKII LHSTTPNEGD IILDFFAGSG TTVHAVMELN AEDKGNREFI LVQIDEEIKE DESAYDFCKK ELKSAKPVIS DITIERVKRA AQKISQLSKD SGLDLGFKVY TLQDKVQIIN DKEEITLFNR SDLTPFDKAL NLALQCGKTL NQALEIIIKD KLYKCEDAYF CIVCDEEAQE YLAKSKNEMI FLDGYEEIDL EAFLNLNASF KERLSVVY

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Adenine specific DNA methyltransferase (Mod), HP_0593, pH 5.5
測定日: 2018年12月1日 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0375 4.9462
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 306 /
MinMax
Q0.164703 1.60152
P(R) point1 306
R0 19.1
結果
カーブのタイプ: single_conc
コメント: The sample is severely aggregated. Wavelength UNKNOWN; Experimental temperature, UNKNOWN; Exposure time, UNKNOWN; Sample to detector distance, UNKNOWN.
実験値Porod
分子量250 kDa209 kDa
体積-316 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I0122.9 126.76 0.8
慣性半径, Rg 4.91 nm4.98 nm0.42

MinMax
D-19.1
Guinier point18 47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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