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万見
- SASDFM4: Matrix metalloproteinase-1 (MMP-1) (Matrix metalloproteinase-1 (I... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDFM4
試料Matrix metalloproteinase-1 (MMP-1)
  • Matrix metalloproteinase-1 (Interstitial collagenase) (protein), MMP-1, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


interstitial collagenase / cellular response to UV-A / Basigin interactions / Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / extracellular matrix ...interstitial collagenase / cellular response to UV-A / Basigin interactions / Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / extracellular matrix / positive regulation of protein-containing complex assembly / metalloendopeptidase activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / peptidase activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan binding-like / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Putative peptidoglycan binding domain / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin ...Peptidoglycan binding-like / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Putative peptidoglycan binding domain / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / PGBD-like superfamily / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Interstitial collagenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
登録者
  • Rob Holland (University of Portsmouth)

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モデル

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試料

試料名称: Matrix metalloproteinase-1 (MMP-1) / 試料濃度: 8 mg/ml
バッファ名称: 50 mM Tris-HCl, 150 mM Sodium chloride, 10 mM Calcium chloride
pH: 7.4
要素 #1570名称: MMP-1 / タイプ: protein
記述: Matrix metalloproteinase-1 (Interstitial collagenase)
分子量: 42.634 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P03956
配列: FVLTEGNPRW EQTHLTYRIE NYTPDLPRAD VDHAIEKAFQ LWSNVTPLTF TKVSEGQADI MISFVRGDHR DNSPFDGPGG NLAHAFQPGP GIGGDAHFDE DERWTNNFRE YNLHRVAAHE LGHSLGLSHS TDIGALMYPS YTFSGDVQLA QDDIDGIQAI YGRSQNPVQP ...配列:
FVLTEGNPRW EQTHLTYRIE NYTPDLPRAD VDHAIEKAFQ LWSNVTPLTF TKVSEGQADI MISFVRGDHR DNSPFDGPGG NLAHAFQPGP GIGGDAHFDE DERWTNNFRE YNLHRVAAHE LGHSLGLSHS TDIGALMYPS YTFSGDVQLA QDDIDGIQAI YGRSQNPVQP IGPQTPKACD SKLTFDAITT IRGEVMFFKD RFYMRTNPFY PEVELNFISV FWPQLPNGLE AAYEFADRDE VRFFKGNKYW AVQGQNVLHG YPKDIYSSFG FPRTVKHIDA ALSEENTGKT YFFVANKYWR YDEYKRSMDP GYPKMIAHDF PGIGHKVDAV FMKDGFFYFF HGTRQYKFDP KTKRILTLQK ANSWFNCRKN

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実験情報

ビーム設備名称: Diamond Light Source B21 / 地域: Oxfordshire / 国: UK / 形状: 1 x 5 mm / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.9 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Matrix metalloproteinase-1 (MMP-1) / 測定日: 2016年5月14日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 25 °C / 照射時間: 3 sec. / フレーム数: 27 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.004 0.4078
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 880 /
MinMax
Q0.00951241 0.251124
P(R) point1 880
R0 83
結果
カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量31.65 kDa31 kDa
体積-50 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.001335 0.001343 1.2E-5
慣性半径, Rg 2.6 nm2.6 nm0.038

MinMax
D-8.3
Guinier point21 169

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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