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万見
- SASDFM2: Cell wall synthesis protein Wag31(T73E) polymer (SEC-frames 275-279) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDFM2
試料Cell wall synthesis protein Wag31(T73E) polymer (SEC-frames 275-279)
  • Cell wall synthesis protein Wag31 (protein), Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall biogenesis / regulation of growth rate / cell pole / peptidoglycan-based cell wall / regulation of cell shape / protein stabilization / 細胞周期 / 細胞分裂 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DivIVA family / DivIVA domain / DivIVA protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell wall synthesis protein Wag31
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
登録者
  • Komal Choukate (CSIR, CSIR-Institute of Microbial Technology, Chandigarh, India)

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モデル

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試料

試料名称: Cell wall synthesis protein Wag31(T73E) polymer (SEC-frames 275-279)
試料濃度: 2.4 mg/ml
バッファ名称: 50mM Tris pH7.5, 300mM NaCl, 10% Glycerol, 1mM EDTA (ethylene diamine tetra acetic acid), 5mM β-mercaptoethanol (BME)
pH: 7.5
要素 #1212タイプ: protein / 記述: Cell wall synthesis protein Wag31 / 分子量: 29.98
由来: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)
参照: UniProt: P9WMU1
配列: MHHHHHHENL YFQGPLTPAD VHNVAFSKPP IGKRGYNEDE VDAFLDLVEN ELTRLIEENS DLRQRINELD QELAAGGGAG VTPQAEQAIP AYEPEPGKPA PAAVSAGMNE EQALKAARVL SLAQDTADRL TNTAKAESDK MLADARANAE QILGEARHTA DATVAEARQR ...配列:
MHHHHHHENL YFQGPLTPAD VHNVAFSKPP IGKRGYNEDE VDAFLDLVEN ELTRLIEENS DLRQRINELD QELAAGGGAG VTPQAEQAIP AYEPEPGKPA PAAVSAGMNE EQALKAARVL SLAQDTADRL TNTAKAESDK MLADARANAE QILGEARHTA DATVAEARQR ADAMLADAQS RSEAQLRQAQ EKADALQADA ERKHSEIMGT INQQRAVLEG RLEQLRTFER EYRTRLKTYL ESQLEELGQR GSAAPVDSNA DAGGFDQFNR GKN

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実験情報

ビーム設備名称: Stanford Synchrotron Radiation Lightsource (SSRL) BL4-2
地域: Stanford, CA / 国: USA / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.1 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.54 mm
検出器名称: Rayonix MX225-HE
スキャン
タイトル: Cell wall synthesis protein Wag31(T73E) polymer (SEC-frames 275-279)
測定日: 2018年1月29日 / 保管温度: 23 °C / セル温度: 23 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 500 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0055 0.4023
結果Experimental MW: 29.97 kDa / I0 from Guinier: 19.02 / Rg from Guinier: 9.75 nm / カーブのタイプ: sec
コメント: SEC-SAXS was performed at room temperature using the following parameters: Column: Superdex 200 PC3.2; Flow rate: 0.05 mL/min; Sample injection concentration: 2.4 mg/mL; Injection ...コメント: SEC-SAXS was performed at room temperature using the following parameters: Column: Superdex 200 PC3.2; Flow rate: 0.05 mL/min; Sample injection concentration: 2.4 mg/mL; Injection volume: 100 μL. 500 successive 1 second frames were collected through the SEC-elution peak. SEC-SAXS data of Cell wall synthesis protein Wag31(T73E) polymer frame no. 275-279
MinMax
Guinier point4 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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