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- SASDFH5: DPCD His-RuvBl1/RuvBl2 hexamer complex (Protein DPCD + RuvB-like ... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDFH5
試料DPCD His-RuvBl1/RuvBl2 hexamer complex
  • Protein DPCD (protein), Homo sapiens
  • RuvB-like 1 (protein), Homo sapiens
  • RuvB-like 2 (protein), Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


third ventricle development / lateral ventricle development / epithelial cilium movement involved in extracellular fluid movement / promoter-enhancer loop anchoring activity / telomerase RNA localization to Cajal body / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / establishment of protein localization to chromatin / R2TP complex / dynein axonemal particle ...third ventricle development / lateral ventricle development / epithelial cilium movement involved in extracellular fluid movement / promoter-enhancer loop anchoring activity / telomerase RNA localization to Cajal body / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / establishment of protein localization to chromatin / R2TP complex / dynein axonemal particle / Swr1 complex / flagellated sperm motility / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / Ino80 complex / regulation of double-strand break repair / box C/D snoRNP assembly / determination of left/right symmetry / protein folding chaperone complex / regulation of chromosome organization / NuA4 histone acetyltransferase complex / regulation of DNA replication / TFIID-class transcription factor complex binding / regulation of embryonic development / MLL1 complex / Telomere Extension By Telomerase / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / regulation of DNA repair / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / DNA helicase activity / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / TBP-class protein binding / telomere maintenance / positive regulation of DNA repair / establishment of localization in cell / cellular response to estradiol stimulus / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / euchromatin / DNA Damage Recognition in GG-NER / beta-catenin binding / ADP binding / chromatin DNA binding / nuclear matrix / transcription corepressor activity / cellular response to UV / UCH proteinases / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / nucleosome / unfolded protein binding / protein folding / HATs acetylate histones / ATPase binding / regulation of apoptotic process / DNA recombination / spermatogenesis / DNA helicase / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / transcription coactivator activity / regulation of cell cycle / protein stabilization / Ub-specific processing proteases / nuclear speck / ciliary basal body / cadherin binding / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / ribonucleoprotein complex / cell division / DNA repair / centrosome / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein DPCD / DPCD protein family / RuvB-like / RuvB-like, AAA-lid domain / RuvBL1/2, DNA/RNA binding domain / TIP49 P-loop domain / TIP49 AAA-lid domain / TIP49, P-loop domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein DPCD / RuvB-like 2 / RuvB-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
登録者
  • Raphael Dos Santos Morais (University of Lorraine)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2935
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 2.90 A / カイ2乗値: 1.507 / P-value: 0.347397

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試料

試料名称: DPCD His-RuvBl1/RuvBl2 hexamer complex / 試料濃度: 4 mg/ml / Entity id: 1607 / 1611 / 1612
バッファ名称: HEPES 20 mM, NaCl 150 mM, Glycerol 1%, TCEP 5 mM / pH: 7.5
要素 #1607タイプ: protein / 記述: Protein DPCD / 分子量: 23.505 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9BVM2
配列: GPHMAVTGWL ESLRTAQKTA LLQDGRRKVH YLFPDGKEMA EEYDEKTSEL LVRKWRVKSA LGAMGQWQLE VGDPAPLGAG NLGPELIKES NANPIFMRKD TKMSFQWRIR NLPYPKDVYS VSVDQKERCI IVRTTNKKYY KKFSIPDLDR HQLPLDDASL SFAHANCTLI ...配列:
GPHMAVTGWL ESLRTAQKTA LLQDGRRKVH YLFPDGKEMA EEYDEKTSEL LVRKWRVKSA LGAMGQWQLE VGDPAPLGAG NLGPELIKES NANPIFMRKD TKMSFQWRIR NLPYPKDVYS VSVDQKERCI IVRTTNKKYY KKFSIPDLDR HQLPLDDASL SFAHANCTLI ISYQKPKEVV VAESELQKEL KKVKTAHSND GDCKTQ
要素 #1611タイプ: protein / 記述: RuvB-like 1 / 分子量: 51.759 / 分子数: 3 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9Y265
配列: MVHHHHHHLV PRGSKIEEVK STTKTQRIAS HSHVKGLGLD ESGLAKQAAS GLVGQENARE ACGVIVELIK SKKMAGRAVL LAGPPGTGKT ALALAIAQEL GSKVPFCPMV GSEVYSTEIK KTEVLMENFR RAIGLRIKET KEVYEGEVTE LTPCETENPM GGYGKTISHV ...配列:
MVHHHHHHLV PRGSKIEEVK STTKTQRIAS HSHVKGLGLD ESGLAKQAAS GLVGQENARE ACGVIVELIK SKKMAGRAVL LAGPPGTGKT ALALAIAQEL GSKVPFCPMV GSEVYSTEIK KTEVLMENFR RAIGLRIKET KEVYEGEVTE LTPCETENPM GGYGKTISHV IIGLKTAKGT KQLKLDPSIF ESLQKERVEA GDVIYIEANS GAVKRQGRCD TYATEFDLEA EEYVPLPKGD VHKKKEIIQD VTLHDLDVAN ARPQGGQDIL SMMGQLMKPK KTEITDKLRG EINKVVNKYI DQGIAELVPG VLFVDEVHML DIECFTYLHR ALESSIAPIV IFASNRGNCV IRGTEDITSP HGIPLDLLDR VMIIRTMLYT PQEMKQIIKI RAQTEGINIS EEALNHLGEI GTKTTLRYSV QLLTPANLLA KINGKDSIEK EHVEEISELF YDAKSSAKIL ADQQDKYMK
要素 #1612タイプ: protein / 記述: RuvB-like 2 / 分子量: 51.886 / 分子数: 3 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9Y230
配列: MATVTATTKV PEIRDVTRIE RIGAHSHIRG LGLDDALEPR QASQGMVGQL AARRAAGVVL EMIREGKIAG RAVLIAGQPG TGKTAIAMGM AQALGPDTPF TAIAGSEIFS LEMSKTEALT QAFRRSIGVR IKEETEIIEG EVVEIQIDRP ATGTGSKVGK LTLKTTEMET ...配列:
MATVTATTKV PEIRDVTRIE RIGAHSHIRG LGLDDALEPR QASQGMVGQL AARRAAGVVL EMIREGKIAG RAVLIAGQPG TGKTAIAMGM AQALGPDTPF TAIAGSEIFS LEMSKTEALT QAFRRSIGVR IKEETEIIEG EVVEIQIDRP ATGTGSKVGK LTLKTTEMET IYDLGTKMIE SLTKDKVQAG DVITIDKATG KISKLGRSFT RARDYDAMGS QTKFVQCPDG ELQKRKEVVH TVSLHEIDVI NSRTQGFLAL FSGDTGEIKS EVREQINAKV AEWREEGKAE IIPGVLFIDE VHMLDIESFS FLNRALESDM APVLIMATNR GITRIRGTSY QSPHGIPIDL LDRLLIVSTT PYSEKDTKQI LRIRCEEEDV EMSEDAYTVL TRIGLETSLR YAIQLITAAS LVCRKRKGTE VQVDDIKRVY SLFLDESRST QYMKEYQDAF LFNELKGETM DTSLEVLFQ

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実験情報

ビーム設備名称: SOLEIL SWING / 地域: Saint-Aubin / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1033 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2 mm
検出器名称: Eiger 4M / Pixsize x: 75 mm
スキャン
タイトル: DPCD His-RuvBl1/RuvBl2 hexamer complex / 測定日: 2019年3月21日 / セル温度: 15 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 41 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0041 0.5782
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 442 /
MinMax
Q0.00775358 0.208798
P(R) point1 442
R0 159
結果
カーブのタイプ: sec
コメント: The experimental molecular weight was determined from SEC-RALS/LALS experiment (370 kDa).
実験値Porod
分子量370 kDa-
体積-856 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.09084 0.09066 5.0E-5
慣性半径, Rg 5.33 nm5.39 nm0.04

MinMax
D-15.9
Guinier point5 44

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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