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万見
- SASDFE5: Tetracycline repressor (class D), TetR(D), in complex with 5a,6-a... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDFE5
試料Tetracycline repressor (class D), TetR(D), in complex with 5a,6-anhydrotetracycline (ATc)
  • Tetracycline repressor (class D) (protein), TetR(D), Escherichia coli
  • 5a,6-anhydrotetracycline (other), ATc
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tetracycline repressor protein class D
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
登録者
  • Sebastiaan Werten (Medical University of Innsbruck, Innsbruck, Austria)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2948
タイプ: atomic / 対称性: p2
コメント: A dimer was generated from the PDB entry by applying crystallographic symmetry
カイ2乗値: 1.760

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試料

試料名称: Tetracycline repressor (class D), TetR(D), in complex with 5a,6-anhydrotetracycline (ATc)
試料濃度: 1.35-1.35 / Entity id: 1614 / 1615
バッファ名称: 50 mM Tris/HCl 150 mM NaCl 10 mM MgCl2 / pH: 8
要素 #1614名称: TetR(D) / タイプ: protein / 記述: Tetracycline repressor (class D) / 分子量: 23.259 / 分子数: 2 / 由来: Escherichia coli / 参照: UniProt: P0ACT4
配列: SRLNRESVID AALELLNETG IDGLTTRKLA QKLGIEQPTL YWHVKNKRAL LDALAVEILA RHHDYSLPAA GESWQSFLRN NAMSFRRALL RYRDGAKVHL GTRPDEKQYD TVETQLRFMT ENGFSLRDGL YAISAVSHFT LGAVLEQQEH TAALTDRPAA PDENLPPLLR ...配列:
SRLNRESVID AALELLNETG IDGLTTRKLA QKLGIEQPTL YWHVKNKRAL LDALAVEILA RHHDYSLPAA GESWQSFLRN NAMSFRRALL RYRDGAKVHL GTRPDEKQYD TVETQLRFMT ENGFSLRDGL YAISAVSHFT LGAVLEQQEH TAALTDRPAA PDENLPPLLR EALQIMDSDD GEQAFLHGLE SLIRGFEVQL TALLQIV
要素 #1615名称: ATc / タイプ: other / 記述: 5a,6-anhydrotetracycline / 分子量: 0.426 / 分子数: 2
配列:
C22H22N2O7

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Tetracycline repressor (class D), TetR(D), in complex with 5a,6-anhydrotetracycline (ATc)
測定日: 2013年9月23日 / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.05 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0596 4.4578
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1157 /
MinMax
Q0.0938219 3.13464
P(R) point1 1157
R0 6.76
結果
カーブのタイプ: merged
実験値StandardPorod
分子量42.6 kDa42.6 kDa48.2 kDa
体積--77.16 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I07510 7682.32 15.74
慣性半径, Rg 2.435 nm2.55 nm0.06

MinMax
D-6.76
Guinier point14 172

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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