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万見
- SASDF97: Complex of Binary toxin receptor (Cqm1) with deuterated BinB comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDF97
試料Complex of Binary toxin receptor (Cqm1) with deuterated BinB component protein in 100% D2O
  • Binary toxin receptor Cqm1 protein (protein), Cqm1, synthetic construct
  • Deuterated BinB component of mosquito-larvicidal Binary toxin (protein), dBinB, synthetic construct
生物種synthetic construct (人工物)
登録者
  • Vinay Kumar (Bhabha Atomic Research Centre, Mumbai 400085, INDIA)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3082
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P1
コメント: dBinB component is fully 'contrast matched' with 100% D2O,
カイ2乗値: 0.318 / P-value: 0.086659
モデル #3084
タイプ: atomic / カイ2乗値: 0.348 / P-value: 0.000320

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試料

試料名称: Complex of Binary toxin receptor (Cqm1) with deuterated BinB component protein in 100% D2O
試料濃度: 1 mg/ml / Entity id: 1691 / 1692
バッファ名称: 25 mM HEPES, pH 7.5, 25 mM NaCl, in 100% D2O / pH: 7.5 / コメント: SANS experiment were carried out in 100% D2O
要素 #1691名称: Cqm1 / タイプ: protein / 記述: Binary toxin receptor Cqm1 protein / 分子量: 64.665 / 分子数: 1 / 由来: synthetic construct
配列: MHHHHHHSSG VDLGTENLYF QSMREPDSKD WYQHATFYQI YPRSFLDSNG DGIGDLAGIT SKMKYLADIG IDATWLSPPF KSPLKDFGYD VSDFYAIQPE YGNLTDFDKL VEESHKNGIK LMLDFIPNHS SDQHEWFVKS VVRDPEYSDF YVWRPPATGG GPPNNWISVF ...配列:
MHHHHHHSSG VDLGTENLYF QSMREPDSKD WYQHATFYQI YPRSFLDSNG DGIGDLAGIT SKMKYLADIG IDATWLSPPF KSPLKDFGYD VSDFYAIQPE YGNLTDFDKL VEESHKNGIK LMLDFIPNHS SDQHEWFVKS VVRDPEYSDF YVWRPPATGG GPPNNWISVF GGSAWTYNQA RGEYYLHQFT PQQPDLNYRN PKVLAEMTKM LFFWLDRGVD GFRLDAINHM FEDEQFRDEP LSGWGQPGEY DSLDHIYTKD IPDVYDVVYN WRDQMDKYSA EKGRTIILMT EAYSSIEGTM LYYESADRKR QGAHMPFNFQ LIYDFKKEQN AVGLKSSIDW WMNNMPARHT PSWVAGSHDH SRVASRVGLD RVDQVMTLLH TLPGTSITYY GEEVAMQDFK EAQQFDNRDP NRTPMQWDSS TSAGFSTNTN TWLRVHPDYA RYNVDVMQKN PQSTFHHFQH LTKLRRHRTM QSGEYVHKTV GTKVYALLRE LRGEDSFLTV LNMAGAEDTV DLGDFVNLPQ KMRVEVAQPN SKSKAGNEVD ISKLTLGPYD SVVLRATVSS A
要素 #1692名称: dBinB / タイプ: protein
記述: Deuterated BinB component of mosquito-larvicidal Binary toxin
分子量: 56.4 / 分子数: 1 / 由来: synthetic construct
配列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSM CDSKDNSGVS EKCGKKFTNY PLNTTPTSLN YNLPEISKKF YNLKNKYSRN GYGLSKTEFP SSIENCPSNE YSIMYDNKDP RFLIRFLLDD GRYIIADRDD GEVFDEAPTY LDNNNHPIIS RHYTGEERQK FEQVGSGDYI TGEQFFQFYT ...配列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSM CDSKDNSGVS EKCGKKFTNY PLNTTPTSLN YNLPEISKKF YNLKNKYSRN GYGLSKTEFP SSIENCPSNE YSIMYDNKDP RFLIRFLLDD GRYIIADRDD GEVFDEAPTY LDNNNHPIIS RHYTGEERQK FEQVGSGDYI TGEQFFQFYT QNKTRVLSNC RALDSRTILL STAKIFPIYP PASETQLTAF VNSSFYAAAI PQLPQTSLLE NIPEPTSLDD SGVLPKDAVR AVKGSALLPC IIVHDPNLNN SDKMKFNTYY LLEYKEYWHQ LWSQIIPAHQ TVKIQERTGI SEVVQNSMIE DLNMYIGADF GMLFYFRSSG FKEQITRGLN RPLSQTTTQL GERVEEMEYY NSNDLDVRYV KYALAREFTL KRVNGEIVKN WVAVDYRLAG IQSYPNAPIT NPLTLTKHTI IRCENSYDGH IFKTPLIFKN GEVIVKTNEE LIPKINQ

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実験情報

ビーム設備名称: Dhruva Reactor, Bhabha Atomic Research Centre SANS-I facility
地域: Mumbai / 国: India / 線源: neutron source / 波長: 0.52 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2 mm
検出器名称: Ingenuously built / タイプ: 1 m long He3 position sensitive detector / Pixsize x: 12 mm
スキャン
タイトル: Complex of Binary toxin receptor (Cqm1) with deuterated BinB component protein in 100% D2O
測定日: 2019年4月23日 / 保管温度: 25 °C / セル温度: 25 °C / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0162 0.1991
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 100 /
MinMax
Q0.01619 0.1991
P(R) point1 100
R0 72.9
結果
カーブのタイプ: single_conc
コメント: This data is for a stable complex of receptor Cqm1 protein and deuterated BinB component of mosquito-larvicidal Binary (BinAB) toxin. Deuterated BinB (dBinB) protein was synthesized ...コメント: This data is for a stable complex of receptor Cqm1 protein and deuterated BinB component of mosquito-larvicidal Binary (BinAB) toxin. Deuterated BinB (dBinB) protein was synthesized using E. coli based protein expression system grown in M9+ medium in D2O after three step adaption. The extent of deuteration for dBinB was estimated from contrast (p − s)2 values to be ~77%. Theoretical molecular weight of the dBinB protein includes 77% of D atoms. SANS analysis (DAMMIN and CRYSON fit) suggest that deuterated BinB (dBinB), expectedly, is fully matched out against the used solvent (100% D2O) and only monomer of Cqm1 is modelled from SANS experiments
実験値Standard
分子量70.6 kDa66.5 kDa

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.04963 0.0022 0.048 0.0013
慣性半径, Rg 2.18 nm0.121 1.87 nm0.43

MinMax
D-7.29
Guinier point1 29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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