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万見
- SASDF62: Mixture of the dsRBD1 and dsRBD2 domains of Drosophila helicase d... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDF62
試料Mixture of the dsRBD1 and dsRBD2 domains of Drosophila helicase dosage compensation regulator, MLE, and the roX2 RNA stem-loop 7 18mer-fragment, at 1.0 mg/ml
  • Dosage compensation regulator (protein), MLE, Drosophila melanogaster
  • roX2 stem-loop 7, 18-mer fragment (RNA), SL7-18mer, synthetic construct
機能・相同性
機能・相同性情報


RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / X chromosome located dosage compensation complex, transcription activating / dosage compensation complex assembly / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / 3'-5' DNA/RNA helicase activity / male courtship behavior, veined wing generated song production / regulatory region RNA binding / PKR-mediated signaling / MSL complex / regulation of cytoplasmic translation ...RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / X chromosome located dosage compensation complex, transcription activating / dosage compensation complex assembly / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / 3'-5' DNA/RNA helicase activity / male courtship behavior, veined wing generated song production / regulatory region RNA binding / PKR-mediated signaling / MSL complex / regulation of cytoplasmic translation / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / sex-chromosome dosage compensation / 3'-5' RNA helicase activity / regulation of mRNA processing / axon extension / nuclear chromosome / 3'-5' DNA helicase activity / positive regulation of heterochromatin formation / X chromosome / lncRNA binding / DNA helicase activity / determination of adult lifespan / helicase activity / double-stranded RNA binding / chromosome / chromatin organization / double-stranded DNA binding / RNA helicase activity / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / chromatin binding / chromatin / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
DHX9, first double-stranded RNA binding domain / DHX9, second double-stranded RNA binding domain / DHX9, DEXH-box helicase domain / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation ...DHX9, first double-stranded RNA binding domain / DHX9, second double-stranded RNA binding domain / DHX9, DEXH-box helicase domain / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Dosage compensation regulator mle
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
synthetic construct (人工物)
登録者
  • Po-chia Chen (EMBL, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Heidelberg, Heidelberg, Germany)

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モデル

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試料

試料名称: Mixture of the dsRBD1 and dsRBD2 domains of Drosophila helicase dosage compensation regulator, MLE, and the roX2 RNA stem-loop 7 18mer-fragment, at 1.0 mg/ml
試料濃度: 1 mg/ml / Entity id: 1422 / 1424
バッファ名称: 20 mM NaPO4, 200 mM NaCl, 1 mM DTT / pH: 6.5
要素 #1422名称: MLE / タイプ: protein / 記述: Dosage compensation regulator / 分子量: 28.549 / 分子数: 1 / 由来: Drosophila melanogaster / 参照: UniProt: P24785
配列: GAMDIKSFLY QFCAKSQIEP KFDIRQTGPK NRQRFLCEVR VEPNTYIGVG NSTNKKDAEK NACRDFVNYL VRVGKLNTND VPADAGASGG GPRTGLEGAG MAGGSGQQKR VFDGQSGPQD LGEAYRPLNH DGGDGGNRYS VIDRIQEQRD MNEAEAFDVN AAIHGNWTIE ...配列:
GAMDIKSFLY QFCAKSQIEP KFDIRQTGPK NRQRFLCEVR VEPNTYIGVG NSTNKKDAEK NACRDFVNYL VRVGKLNTND VPADAGASGG GPRTGLEGAG MAGGSGQQKR VFDGQSGPQD LGEAYRPLNH DGGDGGNRYS VIDRIQEQRD MNEAEAFDVN AAIHGNWTIE NAKERLNIYK QTNNIRDDYK YTPVGPEHAR SFLAELSIYV PALNRTVTAR ESGSNKKSAS KSCALSLVRQ LFHLNVIEPF SGTLKKKKD
要素 #1424名称: SL7-18mer / タイプ: RNA / 記述: roX2 stem-loop 7, 18-mer fragment / 分子量: 11.592 / 分子数: 1 / 由来: synthetic construct
配列:
AGACGUGUAA AAUGUUGCUC CGCGCAUUUU GCAAUG

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.09919 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.867 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Mixture of the dsRBD1 and dsRBD2 domains of Drosophila helicase dosage compensation regulator, MLE, and the roX2 RNA stem-loop 7 18mer-fragment, at 1.0 mg/ml
測定日: 2016年11月29日 / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 10 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0348 4.9439
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 406 /
MinMax
Q0.0960405 2.0041
P(R) point1 406
R0 13.3
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量7.3 kDa-
体積-25 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I041.25 40.73 0.084
慣性半径, Rg 3.34 nm3.11 nm0.31

MinMax
D-13.3
Guinier point14 73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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