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万見
- SASDF55: Leukocidin (LukGH) from Staphylococcus aureus in complex with a n... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDF55
試料Leukocidin (LukGH) from Staphylococcus aureus in complex with a neutralizing antibody
  • Leukocidin G (protein), LukG, Staphylococcus aureus
  • Leukocidin H (protein), LukH, Staphylococcus aureus
  • LukGH neutralizing antibody (protein), Fab, Homo sapiens
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Homo sapiens (ヒト)

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モデル

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試料

試料名称: Leukocidin (LukGH) from Staphylococcus aureus in complex with a neutralizing antibody
試料濃度: 0.40-4.60 / Entity id: 1577 / 1578 / 1579
バッファ名称: 20 mM Hepes, 300 mM NaCl, 1 mM MgCl2 / pH: 7.5
要素 #1577名称: LukG / タイプ: protein / 記述: Leukocidin G / 分子量: 35.573 / 分子数: 1 / 由来: Staphylococcus aureus
配列: KINSEIKQVS EKNLDGDTKM YTRTATTSDS QKNITQSLQF NFLTEPNYDK ETVFIKAKGT IGSGLRILDP NGYWNSTLRW PGSYSVSIQN VDDNNNTNVT DFAPKNQDES REVKYTYGYK TGGDFSINRG GLTGNITKES NYSETISYQQ PSYRTLLDQS TSHKGVGWKV ...配列:
KINSEIKQVS EKNLDGDTKM YTRTATTSDS QKNITQSLQF NFLTEPNYDK ETVFIKAKGT IGSGLRILDP NGYWNSTLRW PGSYSVSIQN VDDNNNTNVT DFAPKNQDES REVKYTYGYK TGGDFSINRG GLTGNITKES NYSETISYQQ PSYRTLLDQS TSHKGVGWKV EAHLINNMGH DHTRQLTNDS DNRTKSEIFS LTRNGNLWAK DNFTPKDKMP VTVSEGFNPE FLAVMSHDKK DKGKSQFVVH YKRSMDEFKI DWNRHGFWGY WSGENHVDKK EEKLSALYEV DWKTHNVKFV KVLNDNEKK
要素 #1578名称: LukH / タイプ: protein / 記述: Leukocidin H / 分子量: 37.619 / 分子数: 1 / 由来: Staphylococcus aureus
配列: NSAHKDSQDQ NKKEHVDKSQ QKDKRNVTNK DKNSTAPDDI GKNGKITKRT ETVYDEKTNI LQNLQFDFID DPTYDKNVLL VKKQGSIHSN LKFESHKEEK NSNWLKYPSE YHVDFQVKRN RKTEILDQLP KNKISTAKVD STFSYSSGGK FDSTKGIGRT SSNSYSKTIS ...配列:
NSAHKDSQDQ NKKEHVDKSQ QKDKRNVTNK DKNSTAPDDI GKNGKITKRT ETVYDEKTNI LQNLQFDFID DPTYDKNVLL VKKQGSIHSN LKFESHKEEK NSNWLKYPSE YHVDFQVKRN RKTEILDQLP KNKISTAKVD STFSYSSGGK FDSTKGIGRT SSNSYSKTIS YNQQNYDTIA SGKNNNWHVH WSVIANDLKY GGEVKNRNDE LLFYRNTRIA TVENPELSFA SKYRYPALVR SGFNPEFLTY LSNEKSNEKT QFEVTYTRNQ DILKNRPGIH YAPPILEKNK DGQRLIVTYE VDWKNKTVKV VDKYSDDNKP YKEG
要素 #1579名称: Fab / タイプ: protein / 記述: LukGH neutralizing antibody / 分子量: 47.441 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens
配列: ELQLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSGGSIS SGSYYWDWIR QPPGKGLEWI GNIYKSGSTY YNPSLKSRVT ISVDTSKNQF SLKLSSVTAA DTAVYYCARE RGMHYMDVWG KGTTVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD YFPEPVTVSW NSGALTSGVH ...配列:
ELQLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSGGSIS SGSYYWDWIR QPPGKGLEWI GNIYKSGSTY YNPSLKSRVT ISVDTSKNQF SLKLSSVTAA DTAVYYCARE RGMHYMDVWG KGTTVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD YFPEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKKVEPK SCDKTHTDIQ MTQSPSSLSA SVGDRVTITC RASQSINSYL NWYQQKPGKA PKLLIYAASS LQSGVPSRFS GSGSGTDFTL TISSLQPEDF ATYYCQQQFD PPFTFGGGTK VEIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA LQSGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.12 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャンタイトル: Leukocidin (LukGH) from Staphylococcus aureus in complex with a neutralizing antibody
測定日: 2017年9月17日 / 保管温度: 15 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.045 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0468 3.7737
結果カーブのタイプ: merged
実験値StandardStandard errorPorod
分子量124 kDa90 kDa15 95 kDa
体積---152 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I05749 5745.48 16.43
慣性半径, Rg 4.86 nm4.73 nm0.12

MinMax
D-16
Guinier point9 104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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