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- SASDF47: Complex of CBP KIX domain with BMAL1 (D530-L625) including C-term... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDF47
試料Complex of CBP KIX domain with BMAL1 (D530-L625) including C-terminal transactivation domain (TAD) (Mus musculus)
  • Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator-like protein 1 (protein), BMAL1 P624A, Mus musculus
  • Kinase-inducible domain interacting (KIX) domain of CREB-binding protein (CBP), mutation L664C (protein), CBP KIX domain, Mus musculus
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / TRAF6 mediated IRF7 activation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Attenuation phase / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / cAMP response element binding protein binding / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex ...Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / TRAF6 mediated IRF7 activation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Attenuation phase / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / cAMP response element binding protein binding / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / RUNX3 regulates NOTCH signaling / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Notch-HLH transcription pathway / positive regulation of cell adhesion molecule production / germ-line stem cell population maintenance / negative regulation of viral process / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 / CD209 (DC-SIGN) signaling / Estrogen-dependent gene expression / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / outer kinetochore / negative regulation of interferon-beta production / histone H3K18 acetyltransferase activity / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / MRF binding / peroxisome proliferator activated receptor binding / face morphogenesis / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / positive regulation of dendritic spine development / acetyltransferase activity / SMAD binding / behavioral response to cocaine / TFIIB-class transcription factor binding / histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / long-term memory / histone acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / protein destabilization / protein modification process / PML body / chromatin DNA binding / cellular response to virus / transcription coactivator binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to UV / disordered domain specific binding / rhythmic process / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / damaged DNA binding / molecular adaptor activity / transcription coactivator activity / nuclear body / protein domain specific binding / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain ...Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone lysine acetyltransferase CREBBP / Isoform 2 of Basic helix-loop-helix ARNT-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2019
タイトル: Structural and mechanistic insights into the interaction of the circadian transcription factor BMAL1 with the KIX domain of the CREB-binding protein.
著者: Archit Garg / Roberto Orru / Weixiang Ye / Ute Distler / Jeremy E Chojnacki / Maja Köhn / Stefan Tenzer / Carsten Sönnichsen / Eva Wolf /
要旨: The mammalian CLOCK:BMAL1 transcription factor complex and its coactivators CREB-binding protein (CBP)/p300 and mixed-lineage leukemia 1 (MLL1) critically regulate circadian transcription and ...The mammalian CLOCK:BMAL1 transcription factor complex and its coactivators CREB-binding protein (CBP)/p300 and mixed-lineage leukemia 1 (MLL1) critically regulate circadian transcription and chromatin modification. Circadian oscillations are regulated by interactions of BMAL1's C-terminal transactivation domain (TAD) with the KIX domain of CBP/p300 (activating) and with the clock protein CRY1 (repressing) as well as by the BMAL1 G-region preceding the TAD. Circadian acetylation of Lys within the G-region enhances repressive BMAL1-TAD-CRY1 interactions. Here, we characterized the interaction of the CBP-KIX domain with BMAL1 proteins, including the BMAL1-TAD, parts of the G-region, and Lys Tethering the small compound 1-10 in the MLL-binding pocket of the CBP-KIX domain weakened BMAL1 binding, and MLL1-bound KIX did not form a ternary complex with BMAL1, indicating that the MLL-binding pocket is important for KIX-BMAL1 interactions. Small-angle X-ray scattering (SAXS) models of BMAL1 and BMAL1:KIX complexes revealed that the N-terminal BMAL1 G-region including Lys forms elongated extensions emerging from the bulkier BMAL1-TAD:KIX core complex. Fitting high-resolution KIX domain structures into the SAXS-derived envelopes suggested that the G-region emerges near the MLL-binding pocket, further supporting a role of this pocket in BMAL1 binding. Additionally, mutations in the second CREB-pKID/c-Myb-binding pocket of the KIX domain moderately impacted BMAL1 binding. The BMAL1(K537Q) mutation mimicking Lys acetylation, however, did not affect the KIX-binding affinity, in contrast to its enhancing effect on CRY1 binding. Our results significantly advance the mechanistic understanding of the protein interaction networks controlling CLOCK:BMAL1- and CBP-dependent gene regulation in the mammalian circadian clock.
登録者
  • Archit Garg (Institute of Molecular Biology Mainz, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3051
タイプ: dummy / ソフトウェア: (5.3) / ダミー原子の半径: 2.25 A / カイ2乗値: 1.057 / P-value: 0.059199
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試料

試料名称: Complex of CBP KIX domain with BMAL1 (D530-L625) including C-terminal transactivation domain (TAD) (Mus musculus)
試料濃度: 2.58 mg/ml / Entity id: 1676 / 1677
バッファ名称: 25 mM Hepes, 150 NaCl, 1 mM DTT, 5% Glycerol / pH: 7.2
要素 #1676名称: BMAL1 P624A / タイプ: protein
記述: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator-like protein 1
分子量: 9.853 / 分子数: 1 / 由来: Mus musculus / 参照: UniProt: Q9WTL8-2
配列:
GPDASSPGGK KILNGGTPDI PSTGLLPGQA QETPGYPYSD SSSILGENPH IGIDMIDNDQ GSSSPSNDEA AMAVIMSLLE ADAGLGGPVD FSDLPWAL
要素 #1677名称: CBP KIX domain / タイプ: protein
記述: Kinase-inducible domain interacting (KIX) domain of CREB-binding protein (CBP), mutation L664C
分子量: 10.476 / 分子数: 1 / 由来: Mus musculus / 参照: UniProt: P45481
配列:
GPGVRKGWHE HVTQDLRSHL VHKLVQAIFP TPDPAALKDR RMENLVAYAK KVEGDMYESA NSRDEYYHLL AEKIYKIQKE CEEKRRSRL

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Complex of CBP KIX domain with BMAL1 (D530-L625) including C-terminal transactivation domain (TAD) (Mus musculus)
測定日: 2017年5月27日 / 保管温度: 10.3 °C / セル温度: 10.4 °C / 照射時間: 0.045 sec. / フレーム数: 30 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0474 4.1445
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1011 /
MinMax
Q0.0968833 2.87414
P(R) point1 1011
R0 11.45
結果
Experimental MW: 19.925 kDa / カーブのタイプ: single_conc
P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I05058 4984.25 10.82
慣性半径, Rg 2.981 nm2.78 nm0.19

MinMax
D-11.45
Guinier point19 152

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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