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万見
- SASDF42: Human serum albumin in complex with somapacitan (Human serum albu... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDF42
試料Human serum albumin in complex with somapacitan
  • Human serum albumin (protein), HSA, Homo sapiens
  • somapacitan (protein), Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


growth hormone activity / growth hormone receptor complex / bone maturation / prolactin receptor binding / positive regulation of growth / animal organ development / positive regulation of activation of Janus kinase activity / cellular response to calcium ion starvation / positive regulation of multicellular organism growth / exogenous protein binding ...growth hormone activity / growth hormone receptor complex / bone maturation / prolactin receptor binding / positive regulation of growth / animal organ development / positive regulation of activation of Janus kinase activity / cellular response to calcium ion starvation / positive regulation of multicellular organism growth / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / positive regulation of glucose transmembrane transport / enterobactin binding / Heme biosynthesis / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / growth hormone receptor binding / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / growth hormone receptor signaling pathway / Heme degradation / Aspirin ADME / Prolactin receptor signaling / antioxidant activity / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / toxic substance binding / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / small molecule binding / Scavenging of heme from plasma / Growth hormone receptor signaling / Recycling of bile acids and salts / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / cellular response to starvation / response to nutrient levels / platelet alpha granule lumen / cytokine activity / endosome lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / positive regulation of MAP kinase activity / hormone activity / Cytoprotection by HMOX1 / cytokine-mediated signaling pathway / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / response to estradiol / protein-folding chaperone binding / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Somatotropin / Somatotropin/prolactin / Somatotropin hormone, conserved site / Somatotropin hormone family / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 1. / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 2. / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site ...Somatotropin / Somatotropin/prolactin / Somatotropin hormone, conserved site / Somatotropin hormone family / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 1. / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 2. / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Four-helical cytokine-like, core
類似検索 - ドメイン・相同性
Somatotropin / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
登録者
  • Eva Johansson (Novo Nordisk A/S)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2804
タイプ: atomic / カイ2乗値: 2.1025 / P-value: 0.002492

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試料

試料名称: Human serum albumin in complex with somapacitan / 試料濃度: 6.3 mg/ml / Entity id: 1469 / 1470
バッファ名称: 100 mM MES, 140 mM NaCl / pH: 6.5
要素 #1469名称: HSA / タイプ: protein / 記述: Human serum albumin / 分子量: 66.472 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P02768
配列: DAHKSEVAHR FKDLGEENFK ALVLIAFAQY LQQCPFEDHV KLVNEVTEFA KTCVADESAE NCDKSLHTLF GDKLCTVATL RETYGEMADC CAKQEPERNE CFLQHKDDNP NLPRLVRPEV DVMCTAFHDN EETFLKKYLY EIARRHPYFY APELLFFAKR YKAAFTECCQ ...配列:
DAHKSEVAHR FKDLGEENFK ALVLIAFAQY LQQCPFEDHV KLVNEVTEFA KTCVADESAE NCDKSLHTLF GDKLCTVATL RETYGEMADC CAKQEPERNE CFLQHKDDNP NLPRLVRPEV DVMCTAFHDN EETFLKKYLY EIARRHPYFY APELLFFAKR YKAAFTECCQ AADKAACLLP KLDELRDEGK ASSAKQRLKC ASLQKFGERA FKAWAVARLS QRFPKAEFAE VSKLVTDLTK VHTECCHGDL LECADDRADL AKYICENQDS ISSKLKECCE KPLLEKSHCI AEVENDEMPA DLPSLAADFV ESKDVCKNYA EAKDVFLGMF LYEYARRHPD YSVVLLLRLA KTYETTLEKC CAAADPHECY AKVFDEFKPL VEEPQNLIKQ NCELFEQLGE YKFQNALLVR YTKKVPQVST PTLVEVSRNL GKVGSKCCKH PEAKRMPCAE DYLSVVLNQL CVLHEKTPVS DRVTKCCTES LVNRRPCFSA LEVDETYVPK EFNAETFTFH ADICTLSEKE RQIKKQTALV ELVKHKPKAT KEQLKAVMDD FAAFVEKCCK ADDKETCFAE EGKKLVAASQ AALGL
要素 #1470タイプ: protein / 記述: somapacitan / 分子量: 22.119 / 分子数: 2 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P01241
配列:
FPTIPLSRLF DNAMLRAHRL HQLAFDTYQE FEEAYIPKEQ KYSFLQNPQT SLCFSESIPT PSNREETQQK SNLELLRISL LLIQSWLEPV QFLRSVFANS CVYGASDSNV YDLLKDLEEG IQTLMGRLED GSPRTGQIFK QTYSKFDTNS HNDDALLKNY GLLYCFRKDM DKVETFLRIV QCRSVEGSCG F

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実験情報

ビーム設備名称: Novo Nordisk A/S Rigaku BioSAXS-2000 / 地域: Maaloev / 国: Denmark / 線源: X-ray in house / 波長: 0.1542 Å
検出器名称: Pilatus 100K / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Human serum albumin in complex with somapacitan
測定日: 2015年9月4日 / セル温度: 25 °C / 照射時間: 3600 sec. / フレーム数: 6 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0037 0.645
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 127 /
MinMax
Q0.01525 0.1968
P(R) point6 132
R0 139.2
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量113 kDa126 kDa
体積-202 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I06.834 6.843 0.02
慣性半径, Rg 4.12 nm4.06 nm0.02

MinMax
D-13.92
Guinier point6 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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