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万見
- SASDF33: Antigen 43/Fragment antigen-binding region Fab10C12 (Ag43-Fab) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDF33
試料Antigen 43/Fragment antigen-binding region Fab10C12 (Ag43-Fab) complex
  • Antigen 43 (protein), Ag43, Escherichia coli
  • Fragment antigen-binding region Fab10C12 (protein), Fab10C12, Mus musculus
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
登録者
  • Andrew Whitten (ANSTO, Australian Nuclear Science and Technology Organisation, Kirrawee DC, NSW 2232, Australia)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2814
タイプ: dummy / ソフトウェア: (5.0) / ダミー原子の半径: 3.25 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.215 / P-value: 0.381566
モデル #2815
タイプ: atomic / 対称性: P1 / カイ2乗値: 3.357

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試料

試料名称: Antigen 43/Fragment antigen-binding region Fab10C12 (Ag43-Fab) complex
試料濃度: 0.25-1.20 / Entity id: 1485 / 1486
バッファ名称: 25 mM HEPES 150 mM NaCl / pH: 7
要素 #1485名称: Ag43 / タイプ: protein / 記述: Antigen 43 / 分子量: 49.087 / 分子数: 1 / 由来: Escherichia coli
配列: ADIVVHPGET VNGGTLVNHD NQFVSGTANG VTVSTGLELG PDSDENTGGQ WIKAGGTGRN TTVTANGRQI VQAGGTASDT VIRDGGGQSL NGLAVNTTLD NRGEQWVHGG GKAAGTIINQ DGYQTIKHGG LATGTIVNTG AESSGQMVGG TAESTTINKN GRQVIWSSGM ...配列:
ADIVVHPGET VNGGTLVNHD NQFVSGTANG VTVSTGLELG PDSDENTGGQ WIKAGGTGRN TTVTANGRQI VQAGGTASDT VIRDGGGQSL NGLAVNTTLD NRGEQWVHGG GKAAGTIINQ DGYQTIKHGG LATGTIVNTG AESSGQMVGG TAESTTINKN GRQVIWSSGM ARDTLIYAGG DQTVHGEAHN TRLEGGNQYV HNGGTATETL INRDGWQVIK EGGTAAHTTI NQKGKLQVNA GGKASDVTQN TGGALVTSTA ATVTGTNRLG AFSVVAGKAD NVVLENGGRL DVLSGHTATN TRVDDGGTLD IRNGGAATTV SMGNGGVLLA DSGAAVSGTR SDGKAFSIGG GQADALMLEK GSSFTLNAGD TATDTTVNGG LFTARGGTLA GTTTLNNGAI LTLSGKTVNN DTLTIREGDA LLQGGSLTGN GSVEKSGSGT LTVSNTTLTQ KAVNLNEGTL TLNDSTVTTD VIAQRGTALK LTGSTVLNGA ID
要素 #1486名称: Fab10C12 / タイプ: protein / 記述: Fragment antigen-binding region Fab10C12 / 分子量: 46.565 / 分子数: 1 / 由来: Mus musculus
配列: SIVMTQTPKF LFVSVGDRVT ITCKASQSVN NDVAWYQQKP GQSPKLLIYF ASNRYTGVPD RFTGSGYGTD FTFTINTVQA EDLAVYFCQQ DYSSPQTFGG GTKLEVTRAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL NSWTDQDSKD ...配列:
SIVMTQTPKF LFVSVGDRVT ITCKASQSVN NDVAWYQQKP GQSPKLLIYF ASNRYTGVPD RFTGSGYGTD FTFTINTVQA EDLAVYFCQQ DYSSPQTFGG GTKLEVTRAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL NSWTDQDSKD STYSMSSTLT LTKDEYERHN SYTCEATHKT STSPIVKSFN RNECQVQLQQ PGTELVKPGA SVKLSCKASG YTFTNYWMHW VKQRPGQGLE WIGNIGPSSG NTNYGENFKT KATLTVDKSS STAYMQLSSL TSEDSAVYFC ARWGSIRAMD YWGQGTSVTV SSAKTTPPSV YPLAPGCGDT TGSSVTLGCL VKGYFPESVT VTWNSGSLSS SVHTFPALLQ SGLYTMSSSV TVPSSTWPSQ TVTCSVAHPA SSTTVDKKL

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実験情報

ビーム設備名称: Australian Synchrotron SAXS/WAXS / 地域: Melbourne / 国: Australia / 形状: Point / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.10332 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.68 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Antigen 43/Fragment antigen-binding region Fab10C12 (Ag43-Fab) complex
測定日: 2016年11月3日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 12 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 14 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0088 0.2989
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 249 /
MinMax
Q0.008782 0.2989
P(R) point1 249
R0 150
結果
カーブのタイプ: sec
実験値StandardStandard errorPorod
分子量92 kDa92 kDa5 85 kDa
体積---103 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.02158 0.02173 8.0E-5
慣性半径, Rg 4.28 nm4.29 nm0.04

MinMax
D-15
Guinier point1 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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