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万見
- SASDF22: Ternary complex of FcRn ectodomain, FcRn binding optimised human ... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDF22
試料Ternary complex of FcRn ectodomain, FcRn binding optimised human serum albumin and the human growth hormone derivative somapacitan.
  • somapacitan (protein), Homo sapiens
  • FcRn binding optimised human serum albumin V418M, T420A, E505G, V547A (protein), HSAopt, Homo sapiens
  • neonatal Fc receptor ectodomain beta-microglogulin part with C-terminal His6 tag (protein), FcRn ECD beta, Homo sapiens
  • neonatal Fc receptor ectodomain alpha-chain (protein), FcRn ECD alpha, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


growth hormone activity / growth hormone receptor complex / prolactin receptor binding / bone maturation / IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / animal organ development / regulation of glutamate receptor signaling pathway / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / regulation of calcium ion import across plasma membrane / glycosaminoglycan binding ...growth hormone activity / growth hormone receptor complex / prolactin receptor binding / bone maturation / IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / animal organ development / regulation of glutamate receptor signaling pathway / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / regulation of calcium ion import across plasma membrane / glycosaminoglycan binding / positive regulation of multicellular organism growth / Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / negative regulation of interleukin-17 production / cupric ion binding / cell surface receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of dendritic spine maintenance / regulation of potassium ion transmembrane transport / growth hormone receptor binding / enterobactin binding / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / Heme biosynthesis / HDL remodeling / IgG binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / growth hormone receptor signaling pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Prednisone ADME / Heme degradation / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / Aspirin ADME / Prolactin receptor signaling / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of amyloid-beta formation / beta-2-microglobulin binding / cuprous ion binding / negative regulation of protein phosphorylation / antioxidant activity / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of protein targeting to membrane / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Growth hormone receptor signaling / positive regulation of MAP kinase activity / Recycling of bile acids and salts / side of membrane / cellular response to copper ion / inclusion body / neuron projection maintenance / platelet alpha granule lumen / molecular function activator activity / cellular response to starvation / fatty acid binding / cytokine activity / endosome lumen / response to nutrient levels / positive regulation of protein localization to plasma membrane / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Post-translational protein phosphorylation / growth factor activity / molecular condensate scaffold activity / protein destabilization / Cytoprotection by HMOX1 / hormone activity / cytokine-mediated signaling pathway / protein homooligomerization / terminal bouton / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / pyridoxal phosphate binding / cellular response to xenobiotic stimulus / Platelet degranulation / response to estradiol / signaling receptor activity / protein-folding chaperone binding / amyloid-beta binding / protease binding / microtubule binding / nuclear membrane / blood microparticle / response to oxidative stress / learning or memory / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endosome membrane / immune response / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / copper ion binding / external side of plasma membrane / dendrite / negative regulation of apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Somatotropin / Somatotropin/prolactin / Somatotropin hormone, conserved site / Somatotropin hormone family / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 1. / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 2. / Major prion protein N-terminal domain / Major prion protein bPrPp - N terminal / Prion protein signature 1. / Prion protein signature 2. ...Somatotropin / Somatotropin/prolactin / Somatotropin hormone, conserved site / Somatotropin hormone family / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 1. / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 2. / Major prion protein N-terminal domain / Major prion protein bPrPp - N terminal / Prion protein signature 1. / Prion protein signature 2. / Prion protein / Major prion protein / Prion/Doppel protein, beta-ribbon domain / Prion/Doppel beta-ribbon domain superfamily / Prion/Doppel alpha-helical domain / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Four-helical cytokine-like, core / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Somatotropin / Albumin / IgG receptor FcRn large subunit p51 / Major prion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
登録者
  • Eva Johansson (Novo Nordisk A/S)

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モデル

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試料

試料名称: Ternary complex of FcRn ectodomain, FcRn binding optimised human serum albumin and the human growth hormone derivative somapacitan.
試料濃度: 4.5 mg/ml / Entity id: 1462 / 1464 / 1467 / 1475
バッファ名称: 100 mM MES, 100 mM NaCl / pH: 6.5
要素 #1462タイプ: protein / 記述: somapacitan / 分子量: 22.119 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P01241
配列:
FPTIPLSRLF DNAMLRAHRL HQLAFDTYQE FEEAYIPKEQ KYSFLQNPQT SLCFSESIPT PSNREETQQK SNLELLRISL LLIQSWLEPV QFLRSVFANS CVYGASDSNV YDLLKDLEEG IQTLMGRLED GSPRTGQIFK QTYSKFDTNS HNDDALLKNY GLLYCFRKDM DKVETFLRIV QCRSVEGSCG F
要素 #1464名称: HSAopt / タイプ: protein
記述: FcRn binding optimised human serum albumin V418M, T420A, E505G, V547A
分子量: 66.373 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P02768
配列: DAHKSEVAHR FKDLGEENFK ALVLIAFAQY LQQCPFEDHV KLVNEVTEFA KTCVADESAE NCDKSLHTLF GDKLCTVATL RETYGEMADC CAKQEPERNE CFLQHKDDNP NLPRLVRPEV DVMCTAFHDN EETFLKKYLY EIARRHPYFY APELLFFAKR YKAAFTECCQ ...配列:
DAHKSEVAHR FKDLGEENFK ALVLIAFAQY LQQCPFEDHV KLVNEVTEFA KTCVADESAE NCDKSLHTLF GDKLCTVATL RETYGEMADC CAKQEPERNE CFLQHKDDNP NLPRLVRPEV DVMCTAFHDN EETFLKKYLY EIARRHPYFY APELLFFAKR YKAAFTECCQ AADKAACLLP KLDELRDEGK ASSAKQRLKC ASLQKFGERA FKAWAVARLS QRFPKAEFAE VSKLVTDLTK VHTECCHGDL LECADDRADL AKYICENQDS ISSKLKECCE KPLLEKSHCI AEVENDEMPA DLPSLAADFV ESKDVCKNYA EAKDVFLGMF LYEYARRHPD YSVVLLLRLA KTYETTLEKC CAAADPHECY AKVFDEFKPL VEEPQNLIKQ NCELFEQLGE YKFQNALLVR YTKKVPQMSA PTLVEVSRNL GKVGSKCCKH PEAKRMPCAE DYLSVVLNQL CVLHEKTPVS DRVTKCCTES LVNRRPCFSA LEVDETYVPK EFNAGTFTFH ADICTLSEKE RQIKKQTALV ELVKHKPKAT KEQLKAAMDD FAAFVEKCCK ADDKETCFAE EGKKLVAASQ AALGL
要素 #1467名称: FcRn ECD beta / タイプ: protein
記述: neonatal Fc receptor ectodomain beta-microglogulin part with C-terminal His6 tag
分子量: 12.554 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P61768
配列:
IQRTPKIQVY SRHPAENGKS NFLNCYVSGF HPSDIEVDLL KNGERIEKVE HSDLSFSKDW SFYLLYYTEF TPTEKDEYAC RVNHVTLSQP KIVKWDRDMH HHHHH
要素 #1475名称: FcRn ECD alpha / タイプ: protein / 記述: neonatal Fc receptor ectodomain alpha-chain / 分子量: 30.375 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P55899
配列: AESHLSLLYH LTAVSSPAPG TPAFWVSGWL GPQQYLSYNS LRGEAEPCGA WVWENQVSWY WEKETTDLRI KEKLFLEAFK ALGGKGPYTL QGLLGCELGP DNTSVPTAKF ALNGEEFMNF DLKQGTWGGD WPEALAISQR WQQQDKAANK ELTFLLFSCP HRLREHLERG ...配列:
AESHLSLLYH LTAVSSPAPG TPAFWVSGWL GPQQYLSYNS LRGEAEPCGA WVWENQVSWY WEKETTDLRI KEKLFLEAFK ALGGKGPYTL QGLLGCELGP DNTSVPTAKF ALNGEEFMNF DLKQGTWGGD WPEALAISQR WQQQDKAANK ELTFLLFSCP HRLREHLERG RGNLEWKEPP SMRLKARPSS PGFSVLTCSA FSFYPPELQL RFLRNGLAAG TGQGDFGPNS DGSFHASSSL TVKSGDEHHY CCIVQHAGLA QPLRVELESP AKSS

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実験情報

ビーム設備名称: MAX IV I911-4 / 地域: Lund / 国: Sweden / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1 Å
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Ternary complex of FcRn ectodomain, FcRn binding optimised human serum albumin and the human growth hormone derivative somapacitan.
測定日: 2015年5月11日 / 保管温度: 25 °C / セル温度: 25 °C / 照射時間: 120 sec. / フレーム数: 1 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0094 0.4379
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 306 /
MinMax
Q0.01062 0.1906
P(R) point3 308
R0 146.6
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量130 kDa132 kDa
体積-227 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.4737 0.4742 0.001
慣性半径, Rg 4.2 nm4.15 nm0.01

MinMax
D-14.66
Guinier point3 38

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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