[日本語] English
万見
- SASDEY6: Arabidopsis thaliana anaphase promoting complex/cyclosome Subunit... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDEY6
試料Arabidopsis thaliana anaphase promoting complex/cyclosome Subunit 4 (APC4-strep)
  • Anaphase Promoting Complex/Cyclosome Subunit 4 (protein), Apc4, Arabidopsis thaliana
機能・相同性
機能・相同性情報


plant ovule development / 後期促進複合体 / embryo development ending in seed dormancy / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / protein K11-linked ubiquitination / nuclear periphery / 細胞周期 / 細胞分裂 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 4 long domain / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 4 / : / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Anaphase-promoting complex subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
登録者
  • Steven De Gieter (VUB, Vrije Universiteit Brussel, Pleinlaan 2 1050 Brussel)

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
モデル

モデル #2564
タイプ: atomic / 対称性: P2 / カイ2乗値: 3.102
モデル #2566
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 3.90 A / 対称性: P2 / カイ2乗値: 0.788 / P-value: 0.000665

-
試料

試料名称: Arabidopsis thaliana anaphase promoting complex/cyclosome Subunit 4 (APC4-strep)
試料濃度: 8.10-8.10
バッファ名称: 10 mM Tris 150 mM NaCl 1 mM TCEP / pH: 8
要素 #1353名称: Apc4 / タイプ: protein / 記述: Anaphase Promoting Complex/Cyclosome Subunit 4 / 分子量: 92.09 / 分子数: 2 / 由来: Arabidopsis thaliana / 参照: UniProt: O65418
配列: MSEMASDEEE NIIPFQLQFD KPIPFQIKIA EWNPEKDLLA MVTEDSKILL HRFNWQRLWT ISPGKPVTSL CWRPDGKAIA VGLEDGTISL HDVENGKLLR NLKPHDVAVV CLNWEEDGQS NTDESGNFSV YEDRTSRFFP PAPRPPKMPG LVAGDSSFMD DGEDSLAELS ...配列:
MSEMASDEEE NIIPFQLQFD KPIPFQIKIA EWNPEKDLLA MVTEDSKILL HRFNWQRLWT ISPGKPVTSL CWRPDGKAIA VGLEDGTISL HDVENGKLLR NLKPHDVAVV CLNWEEDGQS NTDESGNFSV YEDRTSRFFP PAPRPPKMPG LVAGDSSFMD DGEDSLAELS NTSFRKFNIL CTGDRDGNIC FSIFGIFQIG KINIHELSLP VPHLDEHASC KLFNASIYKV ALSKDLCRLV VMCTGELKDC DIKPREEKIN VQDLPGLHCL AMDTSIFWKR KYELHQVAQQ ASNIEDLTEV IRASLSVMNK QWADAMKTFH EKFHSLSTLI IDNGLESSPQ EEFLSLLGGA RISPALNQFL VNSLGEVGVK RVLKSVCGTG KELQQVVLDH LQPAAEIIGF RIGELRGLSR WRARYQGIGL DEMLLNEATE NTGLLLVQVQ RFMMVLSSVV QQFSNFFNWL VRSIKYLMQE PNDQLLSYNS ELLVVFLKFL YDQDPVKDLL ELSEAGDDIE IDLKTIGRVK ELLQFGGFSE CDFLQRTLAK EFQHMESSFK MAFQMPFTTI SRKISCMKLL PLCPLQLSTT QTPTTIPMSL SFYKNELSDD TPCQSGYTDY ISFQVPDETF PEISNCIGIA KGYKQNSNNE KNGYTSLEAV LLSVPNGYTC VDLSLYKDKE LVLLLNKTNT DSEGSGEACM MVVQTGDLAF ISISGSSSLN QWELEDLKGS IVNLEMENEK VRKVPHSVIA PLAVSASRGV ACVFAERRRA LVYILEEDED EEISDEKDYD IPTTENLYFQ GSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GGSWSHPQFE K

-
実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.099 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.867 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Arabidopsis thaliana anaphase promoting complex/cyclosome Subunit 4 (APC4-strep)
測定日: 2017年3月6日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 69 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0356 3.5101
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 716 /
MinMax
Q0.120876 3.51013
P(R) point1 716
R0 16.2
結果
カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量192 kDa162 kDa
体積-259 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I050.1 49.9 0.042
慣性半径, Rg 4.702 nm4.64 nm0.01

MinMax
D-16.2
Guinier point19 53

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る