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万見
- SASDEX9: Hydroxypyruvate aldolase (HpcH/HpaI aldolase) (HpcH/HpaI aldolase) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDEX9
試料Hydroxypyruvate aldolase (HpcH/HpaI aldolase)
  • HpcH/HpaI aldolase (protein), Sphingomonas wittichii (strain RW1 / DSM 6014 / JCM 10273)
機能・相同性HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase domain / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / catalytic activity / HpcH/HpaI aldolase
機能・相同性情報
生物種Sphingomonas wittichii (strain RW1 / DSM 6014 / JCM 10273) (バクテリア)
登録者
  • Cy M Jeffries (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2793
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P32 / カイ2乗値: 1.07 / P-value: 0.158445

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試料

試料名称: Hydroxypyruvate aldolase (HpcH/HpaI aldolase) / 試料濃度: 8 mg/ml
バッファ名称: 20 mM HEPES, / pH: 7.5
要素 #1457タイプ: protein / 記述: HpcH/HpaI aldolase / 分子量: 27.435 / 分子数: 6
由来: Sphingomonas wittichii (strain RW1 / DSM 6014 / JCM 10273)
参照: UniProt: A5VH82
配列: MHHHHHHNKV RTCWNEGRPA LAGWLQLPGT LHAEALARLD YDAVVIDMQH SPIDFGQVAP MLIAIELGGA EPFVRTQVND PSDIMKLLDA GAYGIIAPMV NTRAEAQTLA SALHYSPRGL RSFGPRRPSL RYGSGYLAQA SETVVGLAMI ETREALANID EILSVDGIDG ...配列:
MHHHHHHNKV RTCWNEGRPA LAGWLQLPGT LHAEALARLD YDAVVIDMQH SPIDFGQVAP MLIAIELGGA EPFVRTQVND PSDIMKLLDA GAYGIIAPMV NTRAEAQTLA SALHYSPRGL RSFGPRRPSL RYGSGYLAQA SETVVGLAMI ETREALANID EILSVDGIDG VFIGPTDLAL DLGHAPLVDT EEAEVVSAIA HVRERAHAAG KRVGIFCGSG GFARVKLAEG FDFVTAAPDL AMLSAAARQV IADARAL

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3 mm
検出器名称: Pilatus 6M
スキャン
タイトル: Hydroxypyruvate aldolase (HpcH/HpaI aldolase) / 測定日: 2018年11月23日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 51 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0914 7.2535
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1423 /
MinMax
Q0.0914278 4.00551
P(R) point1 1423
R0 9.35
結果
カーブのタイプ: sec
コメント: The quoted experimental MW is that determined from MALLS.
実験値Porod
分子量157 kDa146 kDa
体積-233 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I01324 1320.69 2
慣性半径, Rg 3.325 nm3.34 nm0.01

MinMax
D-9.35
Guinier point19 110

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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