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万見
- SASDEX6: Cold-active AMS8 lipase without polyhistidine affinity tag -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDEX6
試料Cold-active AMS8 lipase without polyhistidine affinity tag
  • LipAMS8 (protein), AMS8, Pseudomonas sp. AMS8
機能・相同性
機能・相同性情報


トリアシルグリセロールリパーゼ / triglyceride lipase activity / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas sp. AMS8 (シュードモナス属)
登録者
  • Norhayati Yaacob (Synchrotron Light Research Institue)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2567
タイプ: dummy / ソフトウェア: (r10552) / ダミー原子の半径: 2.50 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.921 / P-value: 0.033735

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試料

試料名称: Cold-active AMS8 lipase without polyhistidine affinity tag
試料濃度: 2 mg/ml
バッファ名称: 50 mM Tris HCl, 5 mM CaCl2 / pH: 8
要素 #1054名称: AMS8 / タイプ: protein / 記述: LipAMS8 / 分子量: 50.019 / 分子数: 1 / 由来: Pseudomonas sp. AMS8 / 参照: UniProt: E1B2U7
配列: MGVFDYKNLG TEGSKALFAD AMAITLYSYH NLDNGFAVGY QHNGFGLGLP ATLVGALLGS TDSQGVIPGI PWNPDSEKAA LEAVNKAGWT PISASTLGYG GKVDARGTFF GEKAGYTTAQ VEVLGKYDGD GKLLEIGIGF RGTSGPRETL ITDSIGDLVS DLLAALGPKD ...配列:
MGVFDYKNLG TEGSKALFAD AMAITLYSYH NLDNGFAVGY QHNGFGLGLP ATLVGALLGS TDSQGVIPGI PWNPDSEKAA LEAVNKAGWT PISASTLGYG GKVDARGTFF GEKAGYTTAQ VEVLGKYDGD GKLLEIGIGF RGTSGPRETL ITDSIGDLVS DLLAALGPKD YAKNYAGEAF GTLLKDVAAY AGSHGLTGKD VVVSGHSLGG LAVNSMADLS GNKWSGFYKD SNYVAYASPT QSSGDKVLNI GYENDPVFRA LDGSSFNFSS LGVHDKPHES TTDNIVSFND HYASTLWNVL PFSIVNVPTW LSHLPTGYGD GLTRVLDSKF YDLTSRDSTI IVANLSDPAR ANTWVQDLNR NAEPHKGNTF IIGSDGNDLI QGGKGVDFIE GGKGNDTIRD NSGHNTFLFG GQFGQDRVIG YQSTDKLVFK DVEGSADWRD HAKVVGGDTV LSFGADSVTL VGVGLAGVGG DGISIS

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実験情報

ビーム設備名称: Synchrotron Light Research Institute (SLRI) BL1.3W
地域: Nakhon Ratchasima / 国: Thailand / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.138 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.7 mm
検出器名称: MAR 345 Image Plate
スキャン
タイトル: AMS8 lipase without polyhistidine affinity tag
測定日: 2018年3月6日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 25 °C / 照射時間: 600 sec. / フレーム数: 1 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0214 0.3742
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1137 /
MinMax
Q0.0311753 0.273381
P(R) point1 1137
R0 98
結果
カーブのタイプ: single_conc
実験値StandardPorod
分子量50 kDa40.1 kDa54 kDa
体積--86.8 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I081.58 77.71 0.52
慣性半径, Rg 3.04 nm2.859 nm0.021

MinMax
D-9.8
Guinier point37 115

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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