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万見
- SASDEW4: ACA8 complex with Calmodulin (hydrogenated) in stealth nanodisc -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDEW4
試料ACA8 complex with Calmodulin (hydrogenated) in stealth nanodisc
  • Membrane scaffold protein 1D1 (deuterated, 75%) (protein), d75-msp1d1
  • 1-palmitoyl-2-palmitoleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (deuteration: 78% head, 92% acyl) (other), d(78,92)-POPC, Escherichia coli. (AL95 strain)
  • Calcium-transporting ATPase 8, plasma membrane-type (protein), ACA8, Arabidopsis thaliana
  • Calmodulin-7 (protein), Cam7, Arabidopsis thaliana
生物種Escherichia coli. (AL95 strain)
Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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モデル

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試料

試料名称: ACA8 complex with Calmodulin (hydrogenated) in stealth nanodisc
Contrast: 1.876 / Specific vol: 0.81 / 試料濃度: 1.00-6.00 / 濃度測定法: A280 / Entity id: 1017 / 1018 / 1312 / 1314
バッファ名称: 30 mM Tris, 150 mM NaCl, 1mM MgCl2, 1 mM CaCl2 / pH: 7.5
要素 #1017名称: d75-msp1d1 / タイプ: protein / 記述: Membrane scaffold protein 1D1 (deuterated, 75%) / 分子量: 24.661 / 分子数: 2
配列: GHHHHHHHDY DIPTTENLYF QGSTFSKLRE QLGPVTQEFW DNLEKETEGL RQEMSKDLEE VKAKVQPYLD DFQKKWQEEM ELYRQKVEPL RAELQEGARQ KLHELQEKLS PLGEEMRDRA RAHVDALRTH LAPYSDELRQ RLAARLEALK ENGGARLAEY HAKATEHLST ...配列:
GHHHHHHHDY DIPTTENLYF QGSTFSKLRE QLGPVTQEFW DNLEKETEGL RQEMSKDLEE VKAKVQPYLD DFQKKWQEEM ELYRQKVEPL RAELQEGARQ KLHELQEKLS PLGEEMRDRA RAHVDALRTH LAPYSDELRQ RLAARLEALK ENGGARLAEY HAKATEHLST LSEKAKPALE DLRQGLLPVL ESFKVSFLSA LEEYTKKLNT Q
要素 #1018名称: d(78,92)-POPC / タイプ: other
記述: 1-palmitoyl-2-palmitoleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (deuteration: 78% head, 92% acyl)
分子量: 0.76 / 由来: Escherichia coli. (AL95 strain)
配列:
C42H82NO8P
要素 #1312名称: ACA8 / タイプ: protein / 記述: Calcium-transporting ATPase 8, plasma membrane-type / 分子量: 118.209 / 分子数: 1 / 由来: Arabidopsis thaliana
配列: HHHHHHHHEN LYFQGSMTSL LKSSPGRRRG GDVESGKSEH ADSDSDTFYI PSKNASIERL QQWRKAALVL NASRRFRYTL DLKKEQETRE MRQKIRSHAH ALLAANRFMD MGRESGVEKT TGPATPAGDF GITPEQLVIM SKDHNSGALE QYGGTQGLAN LLKTNPEKGI ...配列:
HHHHHHHHEN LYFQGSMTSL LKSSPGRRRG GDVESGKSEH ADSDSDTFYI PSKNASIERL QQWRKAALVL NASRRFRYTL DLKKEQETRE MRQKIRSHAH ALLAANRFMD MGRESGVEKT TGPATPAGDF GITPEQLVIM SKDHNSGALE QYGGTQGLAN LLKTNPEKGI SGDDDDLLKR KTIYGSNTYP RKKGKGFLRF LWDACHDLTL IILMVAAVAS LALGIKTEGI KEGWYDGGSI AFAVILVIVV TAVSDYKQSL QFQNLNDEKR NIHLEVLRGG RRVEISIYDI VVGDVIPLNI GNQVPADGVL ISGHSLALDE SSMTGESKIV NKDANKDPFL MSGCKVADGN GSMLVTGVGV NTEWGLLMAS ISEDNGEETP LQVRLNGVAT FIGSIGLAVA AAVLVILLTR YFTGHTKDNN GGPQFVKGKT KVGHVIDDVV KVLTVAVTIV VVAVPEGLPL AVTLTLAYSM RKMMADKALV RRLSACETMG SATTICSDKT GTLTLNQMTV VESYAGGKKT DTEQLPATIT SLVVEGISQN TTGSIFVPEG GGDLEYSGSP TEKAILGWGV KLGMNFETAR SQSSILHAFP FNSEKKRGGV AVKTADGEVH VHWKGASEIV LASCRSYIDE DGNVAPMTDD KASFFKNGIN DMAGRTLRCV ALAFRTYEAE KVPTGEELSK WVLPEDDLIL LAIVGIKDPC RPGVKDSVVL CQNAGVKVRM VTGDNVQTAR AIALECGILS SDADLSEPTL IEGKSFREMT DAERDKISDK ISVMGRSSPN DKLLLVQSLR RQGHVVAVTG DGTNDAPALH EADIGLAMGI AGTEVAKESS DIIILDDNFA SVVKVVRWGR SVYANIQKFI QFQLTVNVAA LVINVVAAIS SGDVPLTAVQ LLWVNLIMDT LGALALATEP PTDHLMGRPP VGRKEPLITN IMWRNLLIQA IYQVSVLLTL NFRGISILGL EHEVHEHATR VKNTIIFNAF VLCQAFNEFN ARKPDEKNIF KGVIKNRLFM GIIVITLVLQ VIIVEFLGKF ASTTKLNWKQ WLICVGIGVI SWPLALVGKF IPVPAAPISN KLKVLKFWGK KKNSSGEGSL
要素 #1314名称: Cam7 / タイプ: protein / 記述: Calmodulin-7 / 分子数: 1 / 由来: Arabidopsis thaliana

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.3 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャンタイトル: ACA8 + d75-Cam7 in stealth nanodisc / 測定日: 2017年9月8日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.05 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0249 5.064
結果カーブのタイプ: single_conc
コメント: 'ACA8 protein complex with Calmodulin encapsulated in a partially deuterated
実験値Experimental errorPorodPorod error
分子量334 kDa30 503 kDa50
体積--805 nm380

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.129 0.001 0.129 0.001
慣性半径, Rg 6 nm0.01 5.88 nm0.01

MinMaxError
D-22 0.5
Guinier point22 72 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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