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万見
- SASDEW3: DNA ligase A (MtbLigA) complexed with exodeoxyribonuclease III pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDEW3
試料DNA ligase A (MtbLigA) complexed with exodeoxyribonuclease III protein (MtbXthA)
  • DNA ligase A (protein), MtbLigA, Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)
  • Probable exodeoxyribonuclease III protein XthA (protein), MtbXthA, Mycobacterium tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


: / DNA ligase (NAD+) / DNA ligase (NAD+) activity / base-excision repair, DNA ligation / エキソデオキシリボヌクレアーゼIII / DNA ligation / peptidoglycan-based cell wall / endonuclease activity / DNA複製 / DNA修復 ...: / DNA ligase (NAD+) / DNA ligase (NAD+) activity / base-excision repair, DNA ligation / エキソデオキシリボヌクレアーゼIII / DNA ligation / peptidoglycan-based cell wall / endonuclease activity / DNA複製 / DNA修復 / magnesium ion binding / DNA binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Exodeoxyribonuclease III-like / Zinc-finger, NAD-dependent DNA ligase C4-type / NAD-dependent DNA ligase C4 zinc finger domain / NAD-dependent DNA ligase, active site / NAD-dependent DNA ligase, conserved site / NAD-dependent DNA ligase signature 1. / NAD-dependent DNA ligase signature 2. / NAD-dependent DNA ligase / NAD-dependent DNA ligase, OB-fold / NAD-dependent DNA ligase, adenylation ...Exodeoxyribonuclease III-like / Zinc-finger, NAD-dependent DNA ligase C4-type / NAD-dependent DNA ligase C4 zinc finger domain / NAD-dependent DNA ligase, active site / NAD-dependent DNA ligase, conserved site / NAD-dependent DNA ligase signature 1. / NAD-dependent DNA ligase signature 2. / NAD-dependent DNA ligase / NAD-dependent DNA ligase, OB-fold / NAD-dependent DNA ligase, adenylation / NAD-dependent DNA ligase, N-terminal / NAD-dependent DNA ligase adenylation domain / NAD-dependent DNA ligase OB-fold domain / Ligase N family / DisA/LigA, helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-helix motif / AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / RuvA domain 2-like / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable exodeoxyribonuclease III protein XthA / DNA ligase A
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
登録者
  • Ravishankar Ramachandran (CSIR-Central Drug Research Institute)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2353
タイプ: dummy / ソフトウェア: (dammif) / ダミー原子の半径: 8.60 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.498
モデル #2354
タイプ: dummy / ソフトウェア: (DAMFILT) / ダミー原子の半径: 6.75 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.498

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試料

試料名称: DNA ligase A (MtbLigA) complexed with exodeoxyribonuclease III protein (MtbXthA)
試料濃度: 2.5 mg/ml / Entity id: 1276 / 1277
バッファ名称: 50 mM Tris-HCl 200 mM NaCl 2mM β-mercaptoethanol (BME)
pH: 8
要素 #1276名称: MtbLigA / タイプ: protein / 記述: DNA ligase A / 分子量: 76.079 / 分子数: 1
由来: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)
参照: UniProt: P9WNV1
配列: VSSPDADQTA PEVLRQWQAL AEEVREHQFR YYVRDAPIIS DAEFDELLRR LEALEEQHPE LRTPDSPTQL VGGAGFATDF EPVDHLERML SLDNAFTADE LAAWAGRIHA EVGDAAHYLC ELKIDGVALS LVYREGRLTR ASTRGDGRTG EDVTLNARTI ADVPERLTPG ...配列:
VSSPDADQTA PEVLRQWQAL AEEVREHQFR YYVRDAPIIS DAEFDELLRR LEALEEQHPE LRTPDSPTQL VGGAGFATDF EPVDHLERML SLDNAFTADE LAAWAGRIHA EVGDAAHYLC ELKIDGVALS LVYREGRLTR ASTRGDGRTG EDVTLNARTI ADVPERLTPG DDYPVPEVLE VRGEVFFRLD DFQALNASLV EEGKAPFANP RNSAAGSLRQ KDPAVTARRR LRMICHGLGH VEGFRPATLH QAYLALRAWG LPVSEHTTLA TDLAGVRERI DYWGEHRHEV DHEIDGVVVK VDEVALQRRL GSTSRAPRWA IAYKYPPEEA QTKLLDIRVN VGRTGRITPF AFMTPVKVAG STVGQATLHN ASEIKRKGVL IGDTVVIRKA GDVIPEVLGP VVELRDGSER EFIMPTTCPE CGSPLAPEKE GDADIRCPNA RGCPGQLRER VFHVASRNGL DIEVLGYEAG VALLQAKVIA DEGELFALTE RDLLRTDLFR TKAGELSANG KRLLVNLDKA KAAPLWRVLV ALSIRHVGPT AARALATEFG SLDAIAAAST DQLAAVEGVG PTIAAAVTEW FAVDWHREIV DKWRAAGVRM VDERDESVPR TLAGLTIVVT GSLTGFSRDD AKEAIVARGG KAAGSVSKKT NYVVAGDSPG SKYDKAVELG VPILDEDGFR RLLADGPASR THHHHHH
要素 #1277名称: MtbXthA / タイプ: protein / 記述: Probable exodeoxyribonuclease III protein XthA / 分子量: 32.931 / 分子数: 1 / 由来: Mycobacterium tuberculosis / 参照: UniProt: A0A0T9L251
配列: MPDGTIDGGH PQRPASPRLR SPLLRLATWN VNSIRTRLDR VLDWLGRADV DVLAMQETKC PDGQFPALPL FELGYDVAHV GFDQWNGVAI ASRVGLDDVR VGFDGQPSWS GKPEVAATTE ARALGATCGG IRVWSLYVPN GRALDDPHYT YKLDWLAALR DTAEGWLRDD ...配列:
MPDGTIDGGH PQRPASPRLR SPLLRLATWN VNSIRTRLDR VLDWLGRADV DVLAMQETKC PDGQFPALPL FELGYDVAHV GFDQWNGVAI ASRVGLDDVR VGFDGQPSWS GKPEVAATTE ARALGATCGG IRVWSLYVPN GRALDDPHYT YKLDWLAALR DTAEGWLRDD PAAPIALMGD WNIAPTDDDV WSTEFFAGCT HVSEPERKAF NAIVDAQFTD VVRPFTPGPG VYTYWDYTQL RFPKKQGMRI DFILGSPALA ARVMDAQIVR EERKGKAPSD HAPVLVDLHA GHHHHHH

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.081 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.1 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: DNA ligase A (MtbLigA) complexed with exodeoxyribonuclease III protein MtbXthA
測定日: 2017年5月13日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 10 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0308 4.94
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 537 /
MinMax
Q0.14 2.68
P(R) point1 537
R0 23.86
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量112 kDa-
体積-662 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I0201.6 197.66 0.46
慣性半径, Rg 6.663 nm6.24 nm0.02

MinMax
D-23.86
Guinier point24 38

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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