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万見
- SASDEU5: Adenylation domain of DNA ligase A (DNA ligase A, AdD) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDEU5
試料Adenylation domain of DNA ligase A
  • DNA ligase A (protein), AdD, Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA ligase (NAD+) / DNA ligase (NAD+) activity / base-excision repair, DNA ligation / DNA ligation / peptidoglycan-based cell wall / DNA replication / magnesium ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Zinc-finger, NAD-dependent DNA ligase C4-type / NAD-dependent DNA ligase C4 zinc finger domain / NAD-dependent DNA ligase, active site / NAD-dependent DNA ligase, conserved site / NAD-dependent DNA ligase signature 1. / NAD-dependent DNA ligase signature 2. / NAD-dependent DNA ligase / NAD-dependent DNA ligase, OB-fold / NAD-dependent DNA ligase, adenylation / NAD-dependent DNA ligase, N-terminal ...Zinc-finger, NAD-dependent DNA ligase C4-type / NAD-dependent DNA ligase C4 zinc finger domain / NAD-dependent DNA ligase, active site / NAD-dependent DNA ligase, conserved site / NAD-dependent DNA ligase signature 1. / NAD-dependent DNA ligase signature 2. / NAD-dependent DNA ligase / NAD-dependent DNA ligase, OB-fold / NAD-dependent DNA ligase, adenylation / NAD-dependent DNA ligase, N-terminal / NAD-dependent DNA ligase adenylation domain / NAD-dependent DNA ligase OB-fold domain / Ligase N family / DisA/LigA, helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-helix motif / RuvA domain 2-like / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
登録者
  • Ravishankar Ramachandran (CSIR-Central Drug Research Institute)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2484
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 2.50 A / カイ2乗値: 0.415 / P-value: 0.001620
モデル #2485
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 3.20 A / カイ2乗値: 0.415 / P-value: 0.001620
モデル #2482
タイプ: atomic / 対称性: P1 / カイ2乗値: 0.560430650606525 / P-value: 0.000003

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試料

試料名称: Adenylation domain of DNA ligase A / 試料濃度: 12.5 mg/ml
バッファ名称: 50 mM Tris-HCl 200 mM NaCl 2mM β-mercaptoethanol / pH: 8
要素 #1326名称: AdD / タイプ: protein / 記述: DNA ligase A / 分子量: 37.519 / 分子数: 1
由来: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)
参照: UniProt: P9WNV1
配列: VSSPDADQTA PEVLRQWQAL AEEVREHQFR YYVRDAPIIS DAEFDELLRR LEALEEQHPE LRTPDSPTQL VGGAGFATDF EPVDHLERML SLDNAFTADE LAAWAGRIHA EVGDAAHYLC ELKIDGVALS LVYREGRLTR ASTRGDGRTG EDVTLNARTI ADVPERLTPG ...配列:
VSSPDADQTA PEVLRQWQAL AEEVREHQFR YYVRDAPIIS DAEFDELLRR LEALEEQHPE LRTPDSPTQL VGGAGFATDF EPVDHLERML SLDNAFTADE LAAWAGRIHA EVGDAAHYLC ELKIDGVALS LVYREGRLTR ASTRGDGRTG EDVTLNARTI ADVPERLTPG DDYPVPEVLE VRGEVFFRLD DFQALNASLV EEGKAPFANP RNSAAGSLRQ KDPAVTARRR LRMICHGLGH VEGFRPATLH QAYLALRAWG LPVSEHTTLA TDLAGVRERI DYWGEHRHEV DHEIDGVVVK VDEVALQRRL GSTSRAPRWA IAYKYPPEHH HHHH

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実験情報

ビーム設備名称: CSIR-Central Drug Research Institute Anton Paar SAXSpace
地域: Lucknow / 国: India / 線源: X-ray in house / 波長: 0.154 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 0.3 mm
検出器名称: Mythen2 R 1K / タイプ: Hybrid Photon Counting (HPC)
スキャン
タイトル: Adenylation domain of DNA ligase A / 測定日: 2018年9月27日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 1800 sec. / フレーム数: 2 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0907 6.0168
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 441 /
MinMax
Q0.225602 3.05303
P(R) point1 441
R0 8.84
結果
カーブのタイプ: single_conc
コメント: Ab initio dummy-atom models. Top = averaged spatial representation after multiple modelling runs (DAMFILT); Bottom = an example of an individual ab initio DAM model.
実験値Porod
分子量37 kDa43 kDa
体積-68.7 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I044050 577 42815 549
慣性半径, Rg 2.634 nm0.05 2.43 nm0.05

MinMax
D-8.84
Guinier point22 70

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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