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- SASDER7: KRAB-associated protein 1 (KAP1); TRIM28, amino acids 23-812 -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDER7
試料KRAB-associated protein 1 (KAP1); TRIM28, amino acids 23-812
  • Transcription intermediary factor 1-beta, TIF1b, KAP1, TRIM28; amino acids 23-812 (protein), KAP1, residues23-812, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


convergent extension involved in axis elongation / Krueppel-associated box domain binding / embryonic placenta morphogenesis / suppression of viral release by host / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / chromo shadow domain binding / genomic imprinting / Generic Transcription Pathway / SUMO transferase activity / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation ...convergent extension involved in axis elongation / Krueppel-associated box domain binding / embryonic placenta morphogenesis / suppression of viral release by host / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / chromo shadow domain binding / genomic imprinting / Generic Transcription Pathway / SUMO transferase activity / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / protein sumoylation / epithelial to mesenchymal transition / heterochromatin / embryo implantation / SUMOylation of transcription cofactors / positive regulation of DNA repair / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / promoter-specific chromatin binding / euchromatin / RING-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of protein import into nucleus / RNA polymerase II transcription regulator complex / HCMV Early Events / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / ubiquitin protein ligase activity / chromatin organization / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / protein kinase activity / innate immune response / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription intermediary factor 1-beta / TIF1-beta, RING finger, HC subclass / : / : / zinc-RING finger domain / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger ...Transcription intermediary factor 1-beta / TIF1-beta, RING finger, HC subclass / : / : / zinc-RING finger domain / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Ring finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / bromo domain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription intermediary factor 1-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2019
タイトル: KAP1 is an antiparallel dimer with a functional asymmetry.
著者: Giulia Fonti / Maria J Marcaida / Louise C Bryan / Sylvain Träger / Alexandra S Kalantzi / Pierre-Yves Jl Helleboid / Davide Demurtas / Mark D Tully / Sergei Grudinin / Didier Trono / Beat ...著者: Giulia Fonti / Maria J Marcaida / Louise C Bryan / Sylvain Träger / Alexandra S Kalantzi / Pierre-Yves Jl Helleboid / Davide Demurtas / Mark D Tully / Sergei Grudinin / Didier Trono / Beat Fierz / Matteo Dal Peraro /
要旨: KAP1 (KRAB domain-associated protein 1) plays a fundamental role in regulating gene expression in mammalian cells by recruiting different transcription factors and altering the chromatin state. In ...KAP1 (KRAB domain-associated protein 1) plays a fundamental role in regulating gene expression in mammalian cells by recruiting different transcription factors and altering the chromatin state. In doing so, KAP1 acts both as a platform for macromolecular interactions and as an E3 small ubiquitin modifier ligase. This work sheds light on the overall organization of the full-length protein combining solution scattering data, integrative modeling, and single-molecule experiments. We show that KAP1 is an elongated antiparallel dimer with an asymmetry at the C-terminal domains. This conformation is consistent with the finding that the Really Interesting New Gene (RING) domain contributes to KAP1 auto-SUMOylation. Importantly, this intrinsic asymmetry has key functional implications for the KAP1 network of interactions, as the heterochromatin protein 1 (HP1) occupies only one of the two putative HP1 binding sites on the KAP1 dimer, resulting in an unexpected stoichiometry, even in the context of chromatin fibers.
登録者
  • Maria Josefina Marcaida (École polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL), Switzerland)

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モデル

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試料

試料名称: KRAB-associated protein 1 (KAP1); TRIM28, amino acids 23-812
試料濃度: 12 mg/ml
バッファ名称: 20 mM HEPES, 500 mM NaCl, 10 % Glycerol, 2 mM TCEP / pH: 7.5
要素 #1378名称: KAP1, residues23-812 / タイプ: protein
記述: Transcription intermediary factor 1-beta, TIF1b, KAP1, TRIM28; amino acids 23-812
分子量: 87.513 / 分子数: 2 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q13263
配列: MGSSHHHHHH SQDPNSSSEN LYFQGEGSAG GEKRSTAPSA AASASASAAA SSPAGGGAEA LELLEHCGVC RERLRPEREP RLLPCLHSAC SACLGPAAPA AANSSGDGGA AGDGTVVDCP VCKQQCFSKD IVENYFMRDS GSKAATDAQD ANQCCTSCED NAPATSYCVE ...配列:
MGSSHHHHHH SQDPNSSSEN LYFQGEGSAG GEKRSTAPSA AASASASAAA SSPAGGGAEA LELLEHCGVC RERLRPEREP RLLPCLHSAC SACLGPAAPA AANSSGDGGA AGDGTVVDCP VCKQQCFSKD IVENYFMRDS GSKAATDAQD ANQCCTSCED NAPATSYCVE CSEPLCETCV EAHQRVKYTK DHTVRSTGPA KSRDGERTVY CNVHKHEPLV LFCESCDTLT CRDCQLNAHK DHQYQFLEDA VRNQRKLLAS LVKRLGDKHA TLQKSTKEVR SSIRQVSDVQ KRVQVDVKMA ILQIMKELNK RGRVLVNDAQ KVTEGQQERL ERQHWTMTKI QKHQEHILRF ASWALESDNN TALLLSKKLI YFQLHRALKM IVDPVEPHGE MKFQWDLNAW TKSAEAFGKI VAERPGTNST GPAPMAPPRA PGPLSKQGSG SSQPMEVQEG YGFGSGDDPY SSAEPHVSGV KRSRSGEGEV SGLMRKVPRV SLERLDLDLT ADSQPPVFKV FPGSTTEDYN LIVIERGAAA AATGQPGTAP AGTPGAPPLA GMAIVKEEET EAAIGAPPTA TEGPETKPVL MALAEGPGAE GPRLASPSGS TSSGLEVVAP EGTSAPGGGP GTLDDSATIC RVCQKPGDLV MCNQCEFCFH LDCHLPALQD VPGEEWSCSL CHVLPDLKEE DGSLSLDGAD STGVVAKLSP ANQRKCERVL LALFCHEPCR PLHQLATDST FSLDQPGGTL DLTLIRARLQ EKLSPPYSSP QEFAQDVGRM FKQFNKLTED KADVQSIIGL QRFFETRMNE AFGDTKFSAV LVEP

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.099 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.867 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: KRAB-associated protein 1 (KAP1); TRIM28 transcription intermediary factor 1-beta (amino acids 23-812)
測定日: 2017年7月6日 / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 3000 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0599 2.8547
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 563 /
MinMax
Q0.0739673 2.71828
P(R) point1 563
R0 38
結果
カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量290 kDa533 kDa
体積-853 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I094.61 92.06 0.5
慣性半径, Rg 9.56 nm8.9 nm0.09

MinMax
D-38
Guinier point4 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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