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万見
- SASDEQ3: Senescence-associated E3 ubiquitin ligase 1, 5.6 mg/ml -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDEQ3
試料Senescence-associated E3 ubiquitin ligase 1, 5.6 mg/ml
  • Senescence-associated E3 ubiquitin ligase 1 (protein), SAUL1, Arabidopsis thaliana
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of abscisic acid biosynthetic process / regulation of chlorophyll catabolic process / negative regulation of abscisic acid biosynthetic process / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase binding / regulation of chlorophyll biosynthetic process / leaf senescence / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / protein ubiquitination / 細胞核 ...regulation of abscisic acid biosynthetic process / regulation of chlorophyll catabolic process / negative regulation of abscisic acid biosynthetic process / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase binding / regulation of chlorophyll biosynthetic process / leaf senescence / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / protein ubiquitination / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
PUB protein, U-box domain, plant / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Armadillo-like helical ...PUB protein, U-box domain, plant / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
U-box domain-containing protein 44
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
登録者
  • Al Kikhney (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1243
タイプ: atomic / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P222 / カイ2乗値: 1.31
モデル #1244
タイプ: atomic / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P2 / カイ2乗値: 1.31
モデル #1245
タイプ: atomic / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.31

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試料

試料名称: Senescence-associated E3 ubiquitin ligase 1, 5.6 mg/ml
試料濃度: 5.6 mg/ml
バッファ名称: 50 mM Tris, 250 mM NaCl / pH: 9
要素 #670名称: SAUL1 / タイプ: protein / 記述: Senescence-associated E3 ubiquitin ligase 1 / 分子量: 88.79 / 分子数: 4 / 由来: Arabidopsis thaliana / 参照: UniProt: Q9LM76
配列: GPLGSMVGSS DGDQSDDSSH FERGVDHIYE AFICPLTKEV MHDPVTLENG RTFEREAIEK WFKECRDSGR PPSCPLTSQE LTSTDVSASI ALRNTIEEWR SRNDAAKLDI ARQSLFLGNA ETDILQALMH VRQICRTIRS NRHGVRNSQL IHMIIDMLKS TSHRVRYKAL ...配列:
GPLGSMVGSS DGDQSDDSSH FERGVDHIYE AFICPLTKEV MHDPVTLENG RTFEREAIEK WFKECRDSGR PPSCPLTSQE LTSTDVSASI ALRNTIEEWR SRNDAAKLDI ARQSLFLGNA ETDILQALMH VRQICRTIRS NRHGVRNSQL IHMIIDMLKS TSHRVRYKAL QTLQVVVEGD DESKAIVAEG DTVRTLVKFL SHEPSKGREA AVSLLFELSK SEALCEKIGS IHGALILLVG LTSSNSENVS IVEKADRTLE NMERSEEIVR QMASYGRLQP LLGKLLEGSP ETKLSMASFL GELPLNNDVK VLVAQTVGSS LVDLMRSGDM PQREAALKAL NKISSFEGSA KVLISKGILP PLIKDLFYVG PNNLPIRLKE VSATILANIV NIGYDFDKAT LVSENRVENL LHLISNTGPA IQCKLLEVLV GLTSCPKTVP KVVYAIKTSG AIISLVQFIE VRENDDLRLA SIKLLHNLSP FMSEELAKAL CGTAGQLGSL VAIISEKTPI TEEQAAAAGL LAELPDRDLG LTQEMLEVGA FEKIISKVFG IRQGDIKGMR FVNPFLEGLV RILARITFVF NKEARAINFC REHDVASLFL HLLQSNGQDN IQMVSAMALE NLSLESIKLT RMPDPPPVNY CGSIFSCVRK PHVVNGLCKI HQGICSLRET FCLVEGGAVE KLVALLDHEN VKVVEAALAA LSSLLEDGLD VEKGVKILDE ADGIRHILNV LRENRTERLT RRAVWMVERI LRIEDIAREV AEEQSLSAAL VDAFQNADFR TRQIAENALK HIDKIPNFSS IFPNIA

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.123987 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Senescence-associated E3 ubiquitin ligase 1, 5.6 mg/ml
測定日: 2015年6月2日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.05 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.027 4.8012
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 499 /
MinMax
Q0.119423 1.43519
P(R) point1 499
R0 22
結果
カーブのタイプ: single_conc
コメント: Monomer:dimer:tetramer fractions by volume: 27:10:63.
実験値Porod
分子量244 kDa244 kDa

GuinierP(R)
前方散乱 I08043.92 -
慣性半径, Rg 5.89 nm5.939 nm

MinMax
D-22
Guinier point10 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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