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万見
- SASDEM7: Human glycine decarboxylase with glycine (Glycine decarboxylase, GLDC) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDEM7
試料Human glycine decarboxylase with glycine
  • Glycine decarboxylase (protein), GLDC, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


response to methylamine / response to lipoic acid / pyridoxal binding / glycine dehydrogenase (aminomethyl-transferring) / glycine dehydrogenase (decarboxylating) activity / glycine catabolic process / Glycine degradation / glycine decarboxylation via glycine cleavage system / glycine cleavage complex / glycine binding ...response to methylamine / response to lipoic acid / pyridoxal binding / glycine dehydrogenase (aminomethyl-transferring) / glycine dehydrogenase (decarboxylating) activity / glycine catabolic process / Glycine degradation / glycine decarboxylation via glycine cleavage system / glycine cleavage complex / glycine binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / pyridoxal phosphate binding / electron transfer activity / lyase activity / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycine dehydrogenase (decarboxylating) / Glycine cleavage system P protein / : / : / Glycine cleavage system P-protein / Glycine dehydrogenase, C-terminal domain / Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase / Beta-eliminating lyase / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycine dehydrogenase (decarboxylating), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
登録者
  • Bart Van Laer (ESRF, European Synchrotron Radiation Facility, Grenoble, France)

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ダウンロードとリンク

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モデル

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試料

試料名称: Human glycine decarboxylase with glycine / 試料濃度: 5 mg/ml
バッファ名称: 10 mM TRIS pH 7.5, 100 mM NaCl, 1 mM DTT , 100 mM glycine
pH: 7.5
要素 #1368名称: GLDC / タイプ: protein / 記述: Glycine decarboxylase / 分子量: 109.367 / 分子数: 2 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P23378
配列: MAAAGASRLL ERLLPRHDDF ARRHIGPGDK DQREMLQTLG LASIDELIEK TVPANIRLKR PLKMEDPVCE NEILATLHAI SSKNQIWRSY IGMGYYNCSV PQTILRNLLE NSGWITQYTP YQPEVSQGRL ESLLNYQTMV CDITGLDMAN ASLLDEGTAA AEALQLCYRH ...配列:
MAAAGASRLL ERLLPRHDDF ARRHIGPGDK DQREMLQTLG LASIDELIEK TVPANIRLKR PLKMEDPVCE NEILATLHAI SSKNQIWRSY IGMGYYNCSV PQTILRNLLE NSGWITQYTP YQPEVSQGRL ESLLNYQTMV CDITGLDMAN ASLLDEGTAA AEALQLCYRH NKRRKFLVDP RCHPQTIAVV QTRAKYTGVL TELKLPCEMD FSGKDVSGVL FQYPDTEGKV EDFTELVERA HQSGSLACCA TDLLALCILR PPGEFGVDIA LGSSQRFGVP LGYGGPHAAF FAVRESLVRM MPGRMVGVTR DATGKEVYRL ALQTREQHIR RDKATSNICT AQALLANMAA MFAIYHGSHG LEHIARRVHN ATLILSEGLK RAGHQLQHDL FFDTLKIQCG CSVKEVLGRA AQRQINFRLF EDGTLGISLD ETVNEKDLDD LLWIFGCESS AELVAESMGE ECRGIPGSVF KRTSPFLTHQ VFNSYHSETN IVRYMKKLEN KDISLVHSMI PLGSCTMKLN SSSELAPITW KEFANIHPFV PLDQAQGYQQ LFRELEKDLC ELTGYDQVCF QPNSGAQGEY AGLATIRAYL NQKGEGHRTV CLIPKSAHGT NPASAHMAGM KIQPVEVDKY GNIDAVHLKA MVDKHKENLA AIMITYPSTN GVFEENISDV CDLIHQHGGQ VYLDGANMNA QVGICRPGDF GSDVSHLNLH KTFCIPHGGG GPGMGPIGVK KHLAPFLPNH PVISLKRNED ACPVGTVSAA PWGSSSILPI SWAYIKMMGG KGLKQATETA ILNANYMAKR LETHYRILFR GARGYVGHEF ILDTRPFKKS ANIEAVDVAK RLQDYGFHAP TMSWPVAGTL MVEPTESEDK AELDRFCDAM ISIRQEIADI EEGRIDPRVN PLKMSPHSLT CVTSSHWDRP YSREVAAFPL PFVKPENKFW PTIARIDDIY GDQHLVCTCP PMEVYESPFS EQKRASSGHH HHHH

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.099 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.864 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Human glycine decarboxylase with glycine / 測定日: 2017年11月12日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 0.5 sec. / フレーム数: 10 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0902 4.9335
結果カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量197 kDa-
体積-315 nm3

GuinierGuinier error
前方散乱 I0138.06 0.1
慣性半径, Rg 3.96 nm0.01

MinMax
Guinier point5 51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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