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- SASDEJ7: The InvC-ATP synthase, surface presentation of antigens and oxyge... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDEJ7
試料The InvC-ATP synthase, surface presentation of antigens and oxygen-regulated invasion protein (ISO) complex
  • Surface presentation of antigens protein SpaO SpaO(SPOA2) (protein), SpaOc, Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium
  • Surface presentation of antigens protein SpaO(SPOA1,2) (protein), SpaO, Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium
  • Oxygen-regulated invasion protein OrgB (protein), OrgB, Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium
  • ATP synthase InvC (protein), InvC, Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-secreting ATPase / type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / positive chemotaxis / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / protein transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type III secretion system apparatus protein YscQ/HrcQ/SpaO / Type III secretion system outer membrane, SpaO / ATPase, type III secretion system, FliI/YscN / T3SS EscN ATPase, C-terminal / T3SS EscN ATPase C-terminal domain / Flagellar motor switch protein FliN-like, C-terminal domain / SpoA-like superfamily / Type III flagellar switch regulator (C-ring) FliN C-term / : / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain ...Type III secretion system apparatus protein YscQ/HrcQ/SpaO / Type III secretion system outer membrane, SpaO / ATPase, type III secretion system, FliI/YscN / T3SS EscN ATPase, C-terminal / T3SS EscN ATPase C-terminal domain / Flagellar motor switch protein FliN-like, C-terminal domain / SpoA-like superfamily / Type III flagellar switch regulator (C-ring) FliN C-term / : / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
protein-secreting ATPase / SPI-1 type 3 secretion system stator protein / Surface presentation of antigens protein SpaO
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Molecular Organization of Soluble Type III Secretion System Sorting Platform Complexes.
著者: Ivonne Bernal / Jonathan Börnicke / Johannes Heidemann / Dmitri Svergun / Julia A Horstmann / Marc Erhardt / Anne Tuukkanen / Charlotte Uetrecht / Michael Kolbe /
要旨: Many medically relevant Gram-negative bacteria use the type III secretion system (T3SS) to translocate effector proteins into the host for their invasion and intracellular survival. A multi-protein ...Many medically relevant Gram-negative bacteria use the type III secretion system (T3SS) to translocate effector proteins into the host for their invasion and intracellular survival. A multi-protein complex located at the cytosolic interface of the T3SS is proposed to act as a sorting platform by selecting and targeting substrates for secretion through the system. However, the precise stoichiometry and 3D organization of the sorting platform components are unknown. Here we reconstitute soluble complexes of the Salmonella Typhimurium sorting platform proteins including the ATPase InvC, the regulator OrgB, the protein SpaO and a recently identified subunit SpaO, which we show to be essential for the solubility of SpaO. We establish domain-domain interactions, determine for the first time the stoichiometry of each subunit within the complexes by native mass spectrometry and gain insight into their organization using small-angle X-ray scattering. Importantly, we find that in solution the assembly of SpaO/SpaO/OrgB/InvC adopts an extended L-shaped conformation resembling the sorting platform pods seen in in situ cryo-electron tomography, proposing that this complex is the core building block that can be conceivably assembled into higher oligomers to form the T3SS sorting platform. The determined molecular arrangements of the soluble complexes of the sorting platform provide important insights into its architecture and assembly.
登録者
  • Anne Tuukkanen (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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モデル

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試料

試料名称: The InvC-ATP synthase, surface presentation of antigens and oxygen-regulated invasion protein (ISO) complex
試料濃度: 1 mg/ml / Entity id: 824 / 825 / 1359 / 1360
バッファ名称: 10 mM Tris-HCl, 50 mM NaCl / pH: 8
要素 #824名称: SpaOc / タイプ: protein
記述: Surface presentation of antigens protein SpaO SpaO(SPOA2)
分子量: 12.374 / 分子数: 2
由来: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium
参照: UniProt: P40699
配列:
METLDIQHIE EENNTTETAE TLPGLNQLPV KLEFVLYRKN VTLAELEAMG QQQLLSLPTN AELNVEIMAN GVLLGNGELV QMNDTLGVEI HEWLSESGNG ESAWSHPQFE K
要素 #825名称: SpaO / タイプ: protein
記述: Surface presentation of antigens protein SpaO(SPOA1,2)
分子量: 33.793 / 分子数: 1
由来: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium
参照: UniProt: P40699
配列: MSLRVRQIDR REWLLAQTAT ECQRHGREAT LEYPTRQGMW VRLSDAEKRW SAWIKPGDWL EHVSPALAGA AVSAGAEHLV VPWLAATERP FELPVPHLSC RRLCVENPVP GSALPEGKLL HIMSDRGGLW FEHLPELPAV GGGRPKMLRW PLRFVIGSSD TQRSLLGRIG ...配列:
MSLRVRQIDR REWLLAQTAT ECQRHGREAT LEYPTRQGMW VRLSDAEKRW SAWIKPGDWL EHVSPALAGA AVSAGAEHLV VPWLAATERP FELPVPHLSC RRLCVENPVP GSALPEGKLL HIMSDRGGLW FEHLPELPAV GGGRPKMLRW PLRFVIGSSD TQRSLLGRIG IGDVLLIRTS RAEVYCYAKK LGHFNRVEGG IIVETLDIQH IEEENNTTET AETLPGLNQL PVKLEFVLYR KNVTLAELEA MGQQQLLSLP TNAELNVEIM ANGVLLGNGE LVQMNDTLGV EIHEWLSESG NGE
要素 #1359名称: OrgB / タイプ: protein / 記述: Oxygen-regulated invasion protein OrgB / 分子量: 26.46 / 分子数: 2
由来: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium
参照: UniProt: P0CL45
配列: MLKNIPIPSP LSPVEGILIK RKTLERYFSI ERLEQQAHQR AKRILREAEE EAKTLRMYAY QEGYEQGMID ALQQVAAYLT DNQTMAWKWM EKIQIYAREL FSAAVDHPET LLTVLDEWLR DFDKPEGQLF LTLPVNAKKD HQKLMVLLME NWPGTFNLKY HQEQRFIMSC ...配列:
MLKNIPIPSP LSPVEGILIK RKTLERYFSI ERLEQQAHQR AKRILREAEE EAKTLRMYAY QEGYEQGMID ALQQVAAYLT DNQTMAWKWM EKIQIYAREL FSAAVDHPET LLTVLDEWLR DFDKPEGQLF LTLPVNAKKD HQKLMVLLME NWPGTFNLKY HQEQRFIMSC GDQIAEFSPE QFVETAVGVI KHHLDELPQD CRTISDNAIN ALIDEWKTKT QAEVIR
要素 #1360名称: InvC / タイプ: protein / 記述: ATP synthase InvC / 分子量: 47.61 / 分子数: 1
由来: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium
参照: UniProt: E8XL22
配列: MKTPRLLQYL AYPQKITGPI IEAELRDVAI GELCEIRRGW HQKQVVARAQ VVGLQRERTV LSLIGNAQGL SRDVVLYPTG RALSAWVGYS VLGAVLDPTG KIVERFTPEV APISEERVID VAPPSYASRV GVREPLITGV RAIDGLLTCG VGQRMGIFAS AGCGKTMLMH ...配列:
MKTPRLLQYL AYPQKITGPI IEAELRDVAI GELCEIRRGW HQKQVVARAQ VVGLQRERTV LSLIGNAQGL SRDVVLYPTG RALSAWVGYS VLGAVLDPTG KIVERFTPEV APISEERVID VAPPSYASRV GVREPLITGV RAIDGLLTCG VGQRMGIFAS AGCGKTMLMH MLIEQTEADV FVIGLIGERG REVTEFVDML RASHKKEKCV LVFATSDFPS VDRCNAAQLA TTVAEYFRDQ GKRVVLFIDS MTRYARALRD VALASGERPA RRGYPASVFD NLPRLLERPG ATSEGSITAF YTVLLESEEE ADPMADEIRS ILDGHLYLSR KLAGQGHYPA IDVLKSVSRV FGQVTTPTHA EQASAVRKLM TRLEELQLFI DLGEYRPGEN IDNDRAMQMR DSLKAWLCQP VAQYSSFDDT LSGMNAFADQ N

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: The InvC-ATP synthase, surface presentation of antigens and oxygen-regulated invasion protein (ISO) complex
測定日: 2017年4月12日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 3600 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1181 2.8564
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 442 /
MinMax
Q0.129102 1.33789
P(R) point1 442
R0 22.7
結果
カーブのタイプ: sec
コメント: SEC-SAXS was performed at 20°C using the following parameters: Column type, XXXX; Flow rate: XXXX mL/min; Total acquisition time: 60 min (3600 x 1 s frames); Injection concentration: ...コメント: SEC-SAXS was performed at 20°C using the following parameters: Column type, XXXX; Flow rate: XXXX mL/min; Total acquisition time: 60 min (3600 x 1 s frames); Injection concentration: XXXX mg/mL; Injection volume: XXXX μL.
実験値Porod
分子量185 kDa188 kDa
体積-301.93 nm3

P(R)GuinierGuinier errorP(R) error
前方散乱 I04593 4176.6 77 -
慣性半径, Rg 6.957 nm6.03 nm0.13 0.7

MinMaxError
D-22.7 2.3
Guinier point5 40 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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