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万見
- SASDEE6: Proliferating cell nuclear antigen - SUMOPCNA - Split Fusion Trimer -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDEE6
試料Proliferating cell nuclear antigen - SUMOPCNA - Split Fusion Trimer
  • Proliferating cell nuclear antigen増殖細胞核抗原 (protein), PCNA増殖細胞核抗原, Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
機能・相同性
機能・相同性情報


Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Translesion Synthesis by POLH / Polymerase switching / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI ...Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Translesion Synthesis by POLH / Polymerase switching / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / SUMOylation of DNA replication proteins / positive regulation of DNA metabolic process / maintenance of DNA trinucleotide repeats / PCNA complex / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / Termination of translesion DNA synthesis / lagging strand elongation / postreplication repair / silent mating-type cassette heterochromatin formation / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / Dual incision in TC-NER / subtelomeric heterochromatin formation / DNAミスマッチ修復 / DNA修復 / positive regulation of DNA repair / DNA複製 / positive regulation of DNA replication / nucleotide-excision repair / mitotic cell cycle / chromosome, telomeric region / DNA binding / identical protein binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / :
類似検索 - ドメイン・相同性
増殖細胞核抗原
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Conformational Flexibility of Ubiquitin-Modified and SUMO-Modified PCNA Shown by Full-Ensemble Hybrid Methods.
著者: Kyle T Powers / Emily D Lavering / M Todd Washington /
要旨: Ubiquitin-modified proliferating cell nuclear antigen (PCNA) and small ubiquitin-like modifier (SUMO)-modified PCNA regulate DNA damage tolerance pathways. X-ray crystal structures of these proteins ...Ubiquitin-modified proliferating cell nuclear antigen (PCNA) and small ubiquitin-like modifier (SUMO)-modified PCNA regulate DNA damage tolerance pathways. X-ray crystal structures of these proteins suggested that they do not have much conformational flexibility because the modifiers have preferred binding sites on the surface of PCNA. By contrast, small-angle X-ray scattering analyses of these proteins suggested that they have different degrees of conformational flexibility, with SUMO-modified PCNA being more flexible. These conclusions were based on minimal-ensemble hybrid approaches, which produce unrealistic models by representing flexible proteins with only a few static structures. To overcome the limitations of minimal-ensemble hybrid approaches and to determine the degree of conformational flexibility of ubiquitin-modified PCNA and SUMO-modified PCNA, we utilized a novel full-ensemble hybrid approach. We carried out molecular simulations and small-angle X-ray scattering analyses of both proteins and obtained outstanding agreement between the full ensembles generated by the simulations and the experimental data. We found that both proteins have a high degree of conformational flexibility. The modifiers occupy many positions around the back and side of the PCNA ring. Moreover, we found no preferred ubiquitin-binding or SUMO-binding sites on PCNA. This conformational flexibility likely facilitates the recognition of downstream effector proteins and the formation of PCNA tool belts.
登録者
  • Kyle Powers (University of Iowa Carver College of Medicine)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2533
タイプ: other / コメント: One representative PDB from the simulation. / カイ2乗値: 2.581
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試料

試料名称: Proliferating cell nuclear antigen - SUMOPCNA - Split Fusion Trimer
試料濃度: 32.5 mg/ml
バッファ名称: 20 mM Tris, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM TCEP / pH: 7.5 / コメント: 22C
要素 #1329名称: PCNA増殖細胞核抗原 / タイプ: protein
記述: Proliferating cell nuclear antigen増殖細胞核抗原
分子量: 41.798 / 分子数: 3
由来: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
参照: UniProt: P15873
配列: MGSSHHHHHH SQDPMSDSEV NQEAKPEVKP EVKPETHINL KVSDGSSEIF FKIKKTTPLR RLMEAFAKRQ GKEMDSLRFL YDGIRIQADQ TPEDLDMEDN DIIEAHREQI GGPGETIKFV ADGDIGSGSV IIKPFVDMEH PETSIKLEMD QPVDLTFGAK YLLDIIKGSS ...配列:
MGSSHHHHHH SQDPMSDSEV NQEAKPEVKP EVKPETHINL KVSDGSSEIF FKIKKTTPLR RLMEAFAKRQ GKEMDSLRFL YDGIRIQADQ TPEDLDMEDN DIIEAHREQI GGPGETIKFV ADGDIGSGSV IIKPFVDMEH PETSIKLEMD QPVDLTFGAK YLLDIIKGSS LSDRVGIRLS SEAPALFQFD LKSGFLQFFL APKFNDEEML EAKFEEASLF KRIIDGFKDC VQLVNFQCKE DGIIAQAVDD SRVLLVSLEI GVEAFQEYRC DHPVTLGMDL TSLSKILRCG NNTDTLTLIA DNTPDSIILL FEDTKKDRIA EYSLKLMDID ADFLKIEELQ YDSTLSLPSS EFSKIVRDLS QLSDSINIMI T

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実験情報

ビーム設備名称: Advanced Photon Source (APS), Argonne National Laboratory BioCAT 18ID
地域: Lemont, IL / 国: USA / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.1033 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.5 mm
検出器名称: Pilatus3 X 1M / Pixsize x: 0.172 mm
スキャン
タイトル: Proliferating cell nuclear antigen - SUMOPCNA - Split Fusion Trimer
測定日: 2018年8月6日 / 保管温度: 22 °C / セル温度: 22 °C / 照射時間: 0.5 sec. / フレーム数: 320 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0055 0.3857
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 542 /
MinMax
Q0.00729898 0.171779
P(R) point1 542
R0 169.2
結果
カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量125.4 kDa194 kDa
体積-310 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I0326.4 324.9 0.5
慣性半径, Rg 4.65 nm4.653 nm0.08

MinMax
D-16.92
Guinier point7 74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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