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万見
- SASDEA9: Calredoxin with Calcium (Calredoxin, Redox protein from Chlamydom... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDEA9
試料Calredoxin with Calcium
  • Calredoxin, Redox protein from Chlamydomonas reinhardtii (protein), CRX, Chlamydomonas reinhardtii
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
チオレドキシン / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioredoxin domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
登録者
  • Ratana Charoenwattanasatien (Synchrotron Light Research Institue)

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ダウンロードとリンク

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モデル

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試料

試料名称: Calredoxin with Calcium / 試料濃度: 5 mg/ml
バッファ名称: 20 mM Tris, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 5 mM Ca / pH: 8
要素 #1414名称: CRX / タイプ: protein
記述: Calredoxin, Redox protein from Chlamydomonas reinhardtii
分子量: 39.901 / 分子数: 1 / 由来: Chlamydomonas reinhardtii / 参照: UniProt: A0A2K3DZB3
配列: MCSARSVRVV PRAATFEGLM DDASKAKMEE LERRFKMADV DGNGHIDREE LRNLLESMES GEVYMMSQHW LPEDELERCM EQYDVNKDGV ISFEEFKQII YDGLLLEGTL AEYESAFKAV DKSGNGTIGA TELSKLFASL GNPVSLEKLV DLMQMYDKDD SGQIEFPEFL ...配列:
MCSARSVRVV PRAATFEGLM DDASKAKMEE LERRFKMADV DGNGHIDREE LRNLLESMES GEVYMMSQHW LPEDELERCM EQYDVNKDGV ISFEEFKQII YDGLLLEGTL AEYESAFKAV DKSGNGTIGA TELSKLFASL GNPVSLEKLV DLMQMYDKDD SGQIEFPEFL LMFRNSLLDL KDMTTYMTLD EAGAGSSGSL VDAVEGDMTL IFSEEELDAL ISANPDKLVV VFGALTWCRP CKGMQRPVQK LAEHYKDHIV FVKLFGNANK QTKRIFKERF QIRSTPCFIT LRKGEPVYTQ TGSNKEKLEA GLRSLIANPP VGMIYPSAEA LAALQDPNSS SVDKLAAALE HHHHHH

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実験情報

ビーム設備名称: Structural Biology Laboratory, Graduate School of Medical Life Science, Yokohama City University Rigaku BioSAXS-1000
地域: Yokohama / 国: Japan / 線源: X-ray in houseX線 / 波長: 0.15418 Å
検出器名称: Pilatus 100K / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Calredoxin with Calcium / 測定日: 2015年11月17日 / セル温度: 20 °C / 照射時間: 120 sec. / フレーム数: 2 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0033 0.6681
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 319 /
MinMax
Q0.0135901 0.230859
P(R) point1 319
R0 115.6
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量42.05 kDa42 kDa
体積-68 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.7076 0.7 0.003
慣性半径, Rg 3.19 nm3.06 nm0.08

MinMax
D-11.56
Guinier point16 58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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