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万見
- SASDEA8: Full length of DnaG (DNA Primase) from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDEA8
試料Full length of DnaG (DNA Primase) from Bacillus subtilis
  • DNA primase (protein), Bacillus subtilis (strain 168)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA primase DnaG / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA helicase activity / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA primase, DnaB-helicase binding domain / DnaB-helicase binding domain of primase / Zinc finger, CHC2-type / DNA primase, DnaG / DNA primase, catalytic core, N-terminal / DNA primase DnaG, bacteria / Bacterial DnaG primase, TOPRIM domain / DNA primase, catalytic core, N-terminal domain superfamily / : / CHC2 zinc finger ...DNA primase, DnaB-helicase binding domain / DnaB-helicase binding domain of primase / Zinc finger, CHC2-type / DNA primase, DnaG / DNA primase, catalytic core, N-terminal / DNA primase DnaG, bacteria / Bacterial DnaG primase, TOPRIM domain / DNA primase, catalytic core, N-terminal domain superfamily / : / CHC2 zinc finger / DNA primase catalytic core, N-terminal domain / zinc finger / DNA Primase, CHC2-type zinc finger / Toprim-like / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / TOPRIM / Toprim domain profile. / TOPRIM domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
登録者
  • Zhongchuan Liu (Chengdu Institute of Biology, Chinese academy of Sciences, Chengdu, China)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2635
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.95 / P-value: 0.554373
モデル #2638
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 5.00 A / カイ2乗値: 1.176 / P-value: 0.050515

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試料

試料名称: Full length of DnaG (DNA Primase) from Bacillus subtilis
試料濃度: 1.00-7.00
バッファ名称: 25 mM Tris-HCl,100 mM NaCl / pH: 8 / コメント: 25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 100 mM NaCl, 1 mM DTT
要素 #1387タイプ: protein / 記述: DNA primase / 分子量: 68.735 / 分子数: 1 / 由来: Bacillus subtilis (strain 168) / 参照: UniProt: P05096
配列: MGNRIPDEIV DQVQKSADIV EVIGDYVQLK KQGRNYFGLC PFHGESTPSF SVSPDKQIFH CFGCGAGGNV FSFLRQMEGY SFAESVSHLA DKYQIDFPDD ITVHSGARPE SSGEQKMAEA HELLKKFYHH LLINTKEGQE ALDYLLSRGF TKELINEFQI GYALDSWDFI ...配列:
MGNRIPDEIV DQVQKSADIV EVIGDYVQLK KQGRNYFGLC PFHGESTPSF SVSPDKQIFH CFGCGAGGNV FSFLRQMEGY SFAESVSHLA DKYQIDFPDD ITVHSGARPE SSGEQKMAEA HELLKKFYHH LLINTKEGQE ALDYLLSRGF TKELINEFQI GYALDSWDFI TKFLVKRGFS EAQMEKAGLL IRREDGSGYF DRFRNRVMFP IHDHHGAVVA FSGRALGSQQ PKYMNSPETP LFHKSKLLYN FYKARLHIRK QERAVLFEGF ADVISAVSSD VKESIATMGT SLTDDHVKIL RRNVEEIILC YDSDKAGYEA TLKASELLQK KGCKVRVAMI PDGLDPDDYI KKFGGEKFKN DIIDASVTVM AFKMQYFRKG KNLSDEGDRL AYIKDVLKEI STLSGSLEQE VYVKQLASEF SLSQESLTEQ LSVFSKQNKP ADNSGETKTR RAHLTTKARQ KRLRPAYENA ERLLLAHMLR DRSVIKKVID RVGFQFNIDE HRALAAYLYA FYEEGAELTP QHLMARVTDD HISQLLSDIL MLQVNQELSE AELSDYVKKV LNQRNWSMIK EKEAERAEAE RQKDFLRAAS LAQEIVTLNR SLK

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実験情報

ビーム設備名称: Shanghai Synchrotron Radiation Facility (SSRF) BL19U2
地域: Shanghai / 国: China / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.154 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Full length of DnaG (DNA Primase) from Bacillus subtilis
測定日: 2018年10月1日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0084 0.3954
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 433 /
MinMax
Q0.0112342 0.213351
P(R) point1 433
R0 145
結果
カーブのタイプ: merged
実験値StandardStandard errorPorod
分子量70 kDa70 kDa2 74 kDa
体積---119 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I090.9 89.22 0.24
慣性半径, Rg 3.94 nm3.74 nm0.1

MinMax
D-14.5
Guinier point7 56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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