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万見
- SASDDY8: Chicken ovalbumin gel at high pH (Ovalbumin, Ova) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDDY8
試料Chicken ovalbumin gel at high pH
  • Ovalbumin (protein), Ova, Gallus gallus
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular amino acid homeostasis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / phagolysosome / monoatomic ion homeostasis / embryo development ending in birth or egg hatching / response to steroid hormone / response to corticosterone / monoatomic ion transport / phagocytic vesicle / early endosome lumen ...intracellular amino acid homeostasis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / phagolysosome / monoatomic ion homeostasis / embryo development ending in birth or egg hatching / response to steroid hormone / response to corticosterone / monoatomic ion transport / phagocytic vesicle / early endosome lumen / response to progesterone / Neutrophil degranulation / response to estrogen / protease binding / vesicle / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
引用日付: 2018 Jun 28
タイトル: The Proof Is in the Pidan: Generalizing Proteins as Patchy Particles
著者: "Cai J", "Sweeney A"
登録者
  • Jing Cai (Penn, University of Pennsylvania, Philadelphia, PA, United States)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2125
タイプ: dummy / ソフトウェア: (1.1.2) / ダミー原子の半径: 3.20 A / カイ2乗値: 3.038049 / P-value: 0.000296
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Chicken ovalbumin gel at high pH / 試料濃度: 214 mg/ml
バッファ名称: 0.16 M NaOH / pH: 13.2
要素 #1155名称: Ova / タイプ: protein / 記述: Ovalbumin / 分子量: 42.75 / 分子数: 1 / 由来: Gallus gallus / 参照: UniProt: P01012
配列: GSIGAASMEF CFDVFKELKV HHANENIFYC PIAIMSALAM VYLGAKDSTR TQINKVVRFD KLPGFGDSIE AQCGTSVNVH SSLRDILNQI TKPNDVYSFS LASRLYAEER YPILPEYLQC VKELYRGGLE PINFQTAADQ ARELINSWVE SQTNGIIRNV LQPSSVDSQT ...配列:
GSIGAASMEF CFDVFKELKV HHANENIFYC PIAIMSALAM VYLGAKDSTR TQINKVVRFD KLPGFGDSIE AQCGTSVNVH SSLRDILNQI TKPNDVYSFS LASRLYAEER YPILPEYLQC VKELYRGGLE PINFQTAADQ ARELINSWVE SQTNGIIRNV LQPSSVDSQT AMVLVNAIVF KGLWEKAFKD EDTQAMPFRV TEQESKPVQM MYQIGLFRVA SMASEKMKIL ELPFASGTMS MLVLLPDEVS GLEQLESIIN FEKLTEWTSS NVMEERKIKV YLPRMKMEEK YNLTSVLMAM GITDVFSSSA NLSGISSAES LKISQAVHAA HAEINEAGRE VVGSAEAGVD AASVSEEFRA DHPFLFCIKH IATNAVLFFG RCVSP

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実験情報

ビーム設備名称: National Synchrotron Light Source (NSLS) X9A / 地域: Brookhaven, NY / 国: USA / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.155 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2 mm
検出器名称: Pilatus 300K / タイプ: 20Hz
スキャン
タイトル: Chicken ovalbumin gel at high pH / 測定日: 2014年2月21日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 120 sec. / フレーム数: 1 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.015 1
結果Experimental MW: 43 kDa / Rg from PR: 2.1 nm / カーブのタイプ: merged

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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