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万見
- SASDDY4: Protein sex-lethal mutant with 10GS-linker (Protein sex-lethal mu... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDDY4
試料Protein sex-lethal mutant with 10GS-linker
  • Protein sex-lethal mutant (protein), Sxl10GS, Drosophila melanogaster
機能・相同性
機能・相同性情報


sex determination, primary response to X:A ratio / germarium-derived cystoblast division / epithelium regeneration / female sex determination / somatic sex determination / female germ-line sex determination / oocyte differentiation / imaginal disc growth / negative regulation of RNA export from nucleus / regulation of stem cell division ...sex determination, primary response to X:A ratio / germarium-derived cystoblast division / epithelium regeneration / female sex determination / somatic sex determination / female germ-line sex determination / oocyte differentiation / imaginal disc growth / negative regulation of RNA export from nucleus / regulation of stem cell division / sex determination / poly-pyrimidine tract binding / sex-chromosome dosage compensation / sex differentiation / alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / poly(A) binding / pre-mRNA binding / positive regulation of smoothened signaling pathway / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / reciprocal meiotic recombination / poly(U) RNA binding / oogenesis / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / mRNA 3'-UTR binding / mRNA 5'-UTR binding / protein stabilization / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / protein-containing complex / RNA binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sex-lethal splicing factor / Paraneoplastic encephalomyelitis antigen / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein sex-lethal
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
引用ジャーナル: ACS Comb Sci / 年: 2018
タイトル: A General Small-Angle X-ray Scattering-Based Screening Protocol Validated for Protein-RNA Interactions.
著者: Po-Chia Chen / Pawel Masiewicz / Vladimir Rybin / Dmitri Svergun / Janosch Hennig /
要旨: We present a screening protocol utilizing small-angle X-ray scattering (SAXS) to obtain structural information on biomolecular interactions independent of prior knowledge, so as to complement ...We present a screening protocol utilizing small-angle X-ray scattering (SAXS) to obtain structural information on biomolecular interactions independent of prior knowledge, so as to complement affinity-based screening and provide leads for further exploration. This protocol categorizes ligand titrations by computing pairwise agreement between curves, and separately estimates affinities by quantifying complex formation as a departure from the linear sum properties of solution SAXS. The protocol is validated by sparse sequence search around the native poly uridine RNA motifs of the two-RRM domain Sex-lethal protein (Sxl). The screening of 35 RNA motifs between 4 to 10 nucleotides reveals a strong variation of resulting complexes, revealed to be preference-switching between 1:1 and 2:2 binding stoichiometries upon addition of structural modeling. Validation of select sequences in isothermal calorimetry and NMR titration retrieves domain-specific roles and function of a guanine anchor. These findings reinforce the suitability of SAXS as a complement in lead identification.
登録者
  • Po-chia Chen (EMBL, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Heidelberg, Heidelberg, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1866
タイプ: mix / ソフトウェア: (2.1) / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.679 / P-value: 0.675072
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モデル #1867
タイプ: mix / ソフトウェア: (2.1) / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.679 / P-value: 0.675072
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モデル #1868
タイプ: mix / ソフトウェア: (2.1) / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.679 / P-value: 0.675072
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モデル #1869
タイプ: mix / ソフトウェア: (2.1) / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.679 / P-value: 0.675072
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モデル #1870
タイプ: mix / ソフトウェア: (2.1) / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.679 / P-value: 0.675072
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試料

試料名称: Protein sex-lethal mutant with 10GS-linker / 試料濃度: 1 mg/ml
バッファ名称: 10 mM KP, 50 mM NaCl, 10 mM DTT / pH: 6
要素 #1006名称: Sxl10GS / タイプ: protein / 記述: Protein sex-lethal mutant / 分子量: 20.432 / 分子数: 1 / 由来: Drosophila melanogaster / 参照: UniProt: P19339
配列:
GAMASNTNLI VNYLPQDMTD RELYALFRAI GPINTCRIMR DYKTGYSFGY AFVDFTSEMD SQRAIKVLNG ITVRNKRLKV SYARPGGGSG SGGGGSGESI KDTNLYVTNL PRTITDDQLD TIFGKYGSIV QKNILRDKLT GRPRGVAFVR YNKREEAQEA ISALNNVIPE GGSQPLSVRL AEEHGK

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.09919 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.867 mm
検出器名称: Pilatus 1M
スキャン
タイトル: Protein sex-lethal mutant with 10GS-linker / 測定日: 2017年2月2日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 10 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0348 4.9417
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 297 /
MinMax
Q0.2114 2.997
P(R) point1 297
R0 7.398
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量16 kDa15.85 kDa
体積-26.95 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I022.77 0.05 22.66 0.02
慣性半径, Rg 2.18 nm0.009 2.12 nm0.05

MinMax
D-7.4
Guinier point12 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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