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万見
- SASDDX9: PAS fold family protein mPAC-Δ132 with the addition of adenosine-... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDDX9
試料PAS fold family protein mPAC-Δ132 with the addition of adenosine-5'-[(α,β)-methyleno]triphosphate in the dark state (mPAC-Δ132, dark + ApCpp)
  • PAS fold family (protein), mPAC, Coleofasciculus chthonoplastes PCC 7420
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic nucleotide biosynthetic process / adenylate cyclase / adenylate cyclase activity / intracellular signal transduction / membrane
類似検索 - 分子機能
: / PAS fold-3 / PAS fold / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / PAS domain ...: / PAS fold-3 / PAS fold / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / Nucleotide cyclase / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Coleofasciculus chthonoplastes PCC 7420 (バクテリア)
登録者
  • Robert Lindner (Max Planck Institute for Medical Research, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2062
タイプ: atomic / カイ2乗値: 16.4811533492
モデル #2157
タイプ: dummy / ソフトウェア: (2.8.1) / ダミー原子の半径: 3.25 A / カイ2乗値: 52.36
モデル #2158
タイプ: dummy / ソフトウェア: (2.8.1) / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 52.36

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試料

試料名称: PAS fold family protein mPAC-Δ132 with the addition of adenosine-5'-[(α,β)-methyleno]triphosphate in the dark state (mPAC-Δ132, dark + ApCpp)
試料濃度: 5.10-9.10
バッファ名称: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 5 % w/v Glycerol, 1 mM ApCpp
pH: 7.5
要素 #1098名称: mPAC / タイプ: protein / 記述: PAS fold family / 分子量: 39.015 / 分子数: 2 / 由来: Coleofasciculus chthonoplastes PCC 7420 / 参照: UniProt: B4VKN6
配列: GAMGSQAYRK GVQETVKLRD QAIAASSVGI VIADARLPDM PLIYVNPAFE EITGYSDAEV LGYNCRFLQG KDTSQPAVDQ LRAAIKAGEN CTVTLLNYRK DGTPFWNELT ISPIYDDHNN LTHFVGIQSD ISDRIKAEQA LRLEQEKSER LLLNILPKPI VDQLKQFEGS ...配列:
GAMGSQAYRK GVQETVKLRD QAIAASSVGI VIADARLPDM PLIYVNPAFE EITGYSDAEV LGYNCRFLQG KDTSQPAVDQ LRAAIKAGEN CTVTLLNYRK DGTPFWNELT ISPIYDDHNN LTHFVGIQSD ISDRIKAEQA LRLEQEKSER LLLNILPKPI VDQLKQFEGS LAQQFTEATI LFADIVGFTQ LSAQMSPLEL LNLLNNIFSV FDKLAEKHGI EKIKTIGDAY MAVAGLPVAN DHHAEAIANM ALDMQQAIQQ FKTPQGEPFQ IRIGINTGLV VAGVIGIKKF SYDLWGDAVN VASRMESSGL PGKIQVTAAT KERLQDKYVF EKRGAIVVKG KGEMINYWLV GKQE

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実験情報

ビーム設備名称: Swiss Light Source cSAXS / 地域: Villigen / 国: Switzerland / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.11 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.13 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: mPAC_d132 dark +ApCpp (PAS fold family with the addition of Adenosine-5'-[(α,β)-methyleno]triphosphate)
測定日: 2015年3月11日 / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.5 sec. / フレーム数: 200 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.016 0.2744
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 525 /
MinMax
Q0.0283825 0.268039
P(R) point1 525
R0 128
結果
カーブのタイプ: merged /
実験値Porod
分子量83 kDa-
体積-99 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I07.849 8.29 0.017
慣性半径, Rg 3.81 nm3.95 nm0.19

MinMax
D-12.8
Guinier point12 35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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