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万見
- SASDDW5: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase (DHDPS-apo) from C. bot... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDDW5
試料4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase (DHDPS-apo) from C. botulinum + pyruvate
  • 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase from Clostridium botulinum (protein), Cbot-DHDPS, Clostridium botulinum (strain Hall / ATCC 3502 / NCTC 13319 / Type A)
機能・相同性
機能・相同性情報


(R,S)-4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase activity / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / glyoxylate catabolic process / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (strain Hall / ATCC 3502 / NCTC 13319 / Type A) (ボツリヌス菌)
引用日付: 2018 May
タイトル: Substrate Locking Promotes Dimer-Dimer Docking of an Enzyme Antibiotic Target
著者: Atkinson S / Dogovski C / Wood K / Griffin M / Gorman M / Hor L / Reboul C / Buckle A / Wuttke J / Parker M / Dobson R
登録者
  • Sarah Atkinson (Monash University, Melbourne, Australia)

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モデル

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試料

試料名称: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase (DHDPS-apo) from C. botulinum + pyruvate
試料濃度: 9.5 mg/ml
バッファ名称: 20mM Tris, 150mM NaCl, 5mM sodium pyruvate / pH: 8
要素 #1034名称: Cbot-DHDPS / タイプ: protein
記述: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase from Clostridium botulinum
分子量: 31.519 / 分子数: 4
由来: Clostridium botulinum (strain Hall / ATCC 3502 / NCTC 13319 / Type A)
参照: UniProt: A5I6N2
配列: SIFKGSGVAI ITPFTNTGVD FDKLSELIEW HIKSKTDAII VCGTTGEATT MTETERKETI KFVIDKVNKR IPVIAGTGSN NTAASIAMSK WAESIGVDGL LVITPYYNKT TQKGLVKHFK AVSDAVSTPI IIYNVPGRTG LNITPGTLKE LCEDKNIVAV KEASGNISQI ...配列:
SIFKGSGVAI ITPFTNTGVD FDKLSELIEW HIKSKTDAII VCGTTGEATT MTETERKETI KFVIDKVNKR IPVIAGTGSN NTAASIAMSK WAESIGVDGL LVITPYYNKT TQKGLVKHFK AVSDAVSTPI IIYNVPGRTG LNITPGTLKE LCEDKNIVAV KEASGNISQI AQIKALCGDK LDIYSGNDDQ IIPILALGGI GVISVLANVI PEDVHNMCEL YLNGKVNEAL KIQLDSLALT NALFIETNPI PVKTAMNLMN MKVGDLRLPL CEMNENNLEI LKKELKAYNL M

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実験情報

ビーム設備名称: Australian Synchrotron SAXS/WAXS / 地域: Melbourne / 国: Australia / 形状: Point / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.10322 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 0.9 mm
検出器名称: Pilatus 1M
スキャン
タイトル: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase (DHDPS-apo) from C. botulinum + pyruvate
測定日: 2010年11月26日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 25 °C / 照射時間: 5 sec. / フレーム数: 8 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.017 0.3598
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 257 /
MinMax
Q0.01729 0.3594
P(R) point1 257
R0 89.28
結果
カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量125 kDa-
体積-165 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.07092 0.072 9.9E-5
慣性半径, Rg 3.17 nm3.26 nm0.01

MinMax
D-8.93
Guinier point1 35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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