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万見
- SASDDH6: Di-domain acyl carrier protein of the seryltransferase from prodi... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDDH6
試料Di-domain acyl carrier protein of the seryltransferase from prodigiosin biosynthesis
  • Di-domain acyl carrier protein of PigH from prodigiosin biosynthesis (protein), Di-domain ACP, Serratia sp. ATCC 39006
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxal binding / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / transaminase activity / antibiotic biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...: / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
4-hydroxy-2,2'-bipyrrole-5-methanol synthase PigH
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia sp. ATCC 39006 (バクテリア)
登録者
  • Pakorn Wattana-Amorn (Kasetsart University)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2003
タイプ: dummy / ソフトウェア: (r6669) / ダミー原子の半径: 1.80 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 0.068
モデル #2005
タイプ: dummy / ソフトウェア: (5) / ダミー原子の半径: 2.00 A / カイ2乗値: 0.068

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試料

試料名称: Di-domain acyl carrier protein of the seryltransferase from prodigiosin biosynthesis
試料濃度: 1.70-6.80
バッファ名称: 20 mM Tris supplemented with 5 mM DTT / pH: 7
要素 #1065名称: Di-domain ACP / タイプ: protein
記述: Di-domain acyl carrier protein of PigH from prodigiosin biosynthesis
分子量: 22.209 / 分子数: 1 / 由来: Serratia sp. ATCC 39006 / 参照: UniProt: Q5W264
配列: GSHMNDVTTE TYETLKQSVL HTFAQLTGYN VSELSLTSHL ENDLGVDSIA LAEIAVSLSR QFQLNTPLLI QDINTIKDAL DGILQREFQL SEKVEPAAIA LSGDADLWLG NLVRQIFASH SGYDVNALAL DAEIESDLGI DSVSVASAQG ELFNTLQLNS ETIIANCNTL ...配列:
GSHMNDVTTE TYETLKQSVL HTFAQLTGYN VSELSLTSHL ENDLGVDSIA LAEIAVSLSR QFQLNTPLLI QDINTIKDAL DGILQREFQL SEKVEPAAIA LSGDADLWLG NLVRQIFASH SGYDVNALAL DAEIESDLGI DSVSVASAQG ELFNTLQLNS ETIIANCNTL SALKQCLAAR LVQEKGQDWF ELTRAPPPPP LRSGC

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実験情報

ビーム設備名称: Synchrotron Light Research Institute BL1.3W / 地域: Nakhon Ratchasima / 国: Thailand / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.131 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 0.85 mm
検出器名称: Rayonix SX165 / タイプ: CCD / Pixsize x: 0.08 mm
スキャン
タイトル: Di-domain acyl carrier protein of the seryltransferase from prodigiosin biosynthesis
測定日: 2016年1月13日 / 保管温度: 25 °C / セル温度: 25 °C / 照射時間: 600 sec. / フレーム数: 1 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0411 0.3612
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 194 /
MinMax
Q0.0552 0.3025
P(R) point1 194
R0 84.35
結果
カーブのタイプ: merged
コメント: Two DAMMIF-derived dummy atom models are displayed. Top: The best-fit individual DAMMIF model and corresponding fit to the SAXS data. Bottom: The average spatial representation of the ...コメント: Two DAMMIF-derived dummy atom models are displayed. Top: The best-fit individual DAMMIF model and corresponding fit to the SAXS data. Bottom: The average spatial representation of the protein obtained after the alignment of multiple individual DAMMIF models combined with volume and bead-occupancy corrections (damfilt).
実験値Porod
分子量19.107 kDa-
体積-39.44 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I02.343E-5 3.811E-6 2.2764E-5 1.6E-6
慣性半径, Rg 2.56 nm0.36 2.39 nm0.18

MinMax
D-8.43
Guinier point2 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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