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万見
- SASDDA3: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1, second state -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDDA3
試料ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1, second state
  • ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1 (protein), ClpC1, Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein folding chaperone / peptidoglycan-based cell wall / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / : / Clp, repeat (R) domain / Clp repeat (R) domain profile. ...UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / : / Clp, repeat (R) domain / Clp repeat (R) domain profile. / Clp, N-terminal domain superfamily / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
引用日付: 2018 Jun 1
タイトル: The antibiotic cyclomarin blocks arginine-phosphate–induced millisecond dynamics in the N-terminal domain of ClpC1 fromMycobacterium tuberculosis
著者: Weinhäupl K / Brennich M / Kazmaier U / Lelievre J / Ballell L / Goldberg A / Schanda P
登録者
  • Martha Brennich (EMBL, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Grenoble Outstation, Grenoble, France)

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モデル

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試料

試料名称: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1, second state
バッファ名称: Hepes 50 mM pH 7.5, KCl 100 mM, glycerol 10%, MgCl2 4 mM and ATP 1 mM
pH: 7.5
要素 #957名称: ClpC1 / タイプ: protein
記述: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
分子量: 94.518
由来: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)
参照: UniProt: P9WPC9
配列: MFERFTDRAR RVVVLAQEEA RMLNHNYIGT EHILLGLIHE GEGVAAKSLE SLGISLEGVR SQVEEIIGQG QQAPSGHIPF TPRAKKVLEL SLREALQLGH NYIGTEHILL GLIREGEGVA AQVLVKLGAE LTRVRQQVIQ LLSGYQGKEA AEAGTGGRGG ESGSPSTSLV ...配列:
MFERFTDRAR RVVVLAQEEA RMLNHNYIGT EHILLGLIHE GEGVAAKSLE SLGISLEGVR SQVEEIIGQG QQAPSGHIPF TPRAKKVLEL SLREALQLGH NYIGTEHILL GLIREGEGVA AQVLVKLGAE LTRVRQQVIQ LLSGYQGKEA AEAGTGGRGG ESGSPSTSLV LDQFGRNLTA AAMEGKLDPV IGREKEIERV MQVLSRRTKN NPVLIGEPGV GKTAVVEGLA QAIVHGEVPE TLKDKQLYTL DLGSLVAGSR YRGDFEERLK KVLKEINTRG DIILFIDELH TLVGAGAAEG AIDAASILKP KLARGELQTI GATTLDEYRK YIEKDAALER RFQPVQVGEP TVEHTIEILK GLRDRYEAHH RVSITDAAMV AAATLADRYI NDRFLPDKAI DLIDEAGARM RIRRMTAPPD LREFDEKIAE ARREKESAID AQDFEKAASL RDREKTLVAQ RAEREKQWRS GDLDVVAEVD DEQIAEVLGN WTGIPVFKLT EAETTRLLRM EEELHKRIIG QEDAVKAVSK AIRRTRAGLK DPKRPSGSFI FAGPSGVGKT ELSKALANFL FGDDDALIQI DMGEFHDRFT ASRLFGAPPG YVGYEEGGQL TEKVRRKPFS VVLFDEIEKA HQEIYNSLLQ VLEDGRLTDG QGRTVDFKNT VLIFTSNLGT SDISKPVGLG FSKGGGENDY ERMKQKVNDE LKKHFRPEFL NRIDDIIVFH QLTREEIIRM VDLMISRVAG QLKSKDMALV LTDAAKALLA KRGFDPVLGA RPLRRTIQRE IEDQLSEKIL FEEVGPGQVV TVDVDNWDGE GPGEDAVFTF TGTRKPPAEP DLAKAGAHSA GGPEPAARGS HHHHHH

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.099 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.867 mm
検出器名称: Pilatus 1M
スキャン
タイトル: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1, second state
測定日: 2017年9月18日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 50 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0949 1.4431
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 196 /
MinMax
Q0.0948738 1.01093
P(R) point1 196
R0 25.1
結果
カーブのタイプ: other /
実験値Porod
分子量1400 kDa1400 kDa
体積-2416 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I0152 0.1 151.16 0.37
慣性半径, Rg 7.984 nm0.07 7.89 nm0.07

MinMax
D-25.1
Guinier point1 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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