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万見
- SASDD73: Flavin reductase Pden_5119 (NADPH-dependent FMN reductase, Pden_5119) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDD73
試料Flavin reductase Pden_5119
  • NADPH-dependent FMN reductase (protein), Pden_5119, Paracoccus denitrificans (strain Pd 1222)
機能・相同性NADPH-dependent FMN reductase-like / NADPH-dependent FMN reductase / Flavoprotein-like superfamily / oxidoreductase activity / NADPH-dependent FMN reductase
機能・相同性情報
生物種Paracoccus denitrificans (strain Pd 1222) (バクテリア)
登録者
  • Tomas Klumpler (CEITEC - Central European Institute of Technology, Masaryk University)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1760
タイプ: atomic / ソフトウェア: (1.1.0) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P2 / カイ2乗値: 1.032 / P-value: 0.178897
モデル #1758
タイプ: dummy / ソフトウェア: (5.3) / ダミー原子の半径: 1.50 A / 対称性: P2 / カイ2乗値: 0.817 / P-value: 0.541867

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試料

試料名称: Flavin reductase Pden_5119 / 試料濃度: 1.50-7.50
バッファ名称: 50 mM sodium phosphate buffer, 300 mM NaCl, 500 mM imidazole
pH: 8
要素 #951名称: Pden_5119 / タイプ: protein / 記述: NADPH-dependent FMN reductase / 分子量: 20.596 / 分子数: 2 / 由来: Paracoccus denitrificans (strain Pd 1222) / 参照: UniProt: A1BCD5
配列:
MPGPRIVAFA GSWSRPSKTR SLVEEAARRA VARFGGSAHV FDIADLGPDF GSLRQPQDGP HTRHLDAFLA ADALIVASPV YKGSYTGLFK HFIDLIEPVA LVGKPVLLAA TGGGDRHALV IEHQLRPVFG FFEAHTLATG LYVSASDFGP DGLASEAAST RLDRAVAQFA AHLSRHDAAP LLAVGLEHHH HHH

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実験情報

ビーム設備名称: CEITEC Rigaku BioSAXS-1000 / 地域: Brno / 国: Czech Republic / 線源: X-ray in house / 波長: 0.154 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 0.48 mm
検出器名称: Pilatus 100K / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Flavin reductase Pden_5119 / 測定日: 2016年2月22日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 4 °C / 照射時間: 600 sec. / フレーム数: 30 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0152 0.3012
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 200 /
MinMax
Q0.0152168 0.301234
P(R) point1 200
R0 62.68
結果
カーブのタイプ: merged /
実験値Porod
分子量41 kDa43.6 kDa
体積-69.8 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.1389 0.14 0.0015
慣性半径, Rg 2.3 nm2.34 nm0.098

MinMax
D-6.27
Guinier point1 29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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