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万見
- SASDD63: Collagenase ColG s2s3as3b at pCa 3 (second analysis) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDD63
試料Collagenase ColG s2s3as3b at pCa 3 (second analysis)
  • Collagenase ColG segement s2s3as3b (protein), s2s3as3b, Hathewaya histolytica
機能・相同性
機能・相同性情報


tripeptidase activity / microbial collagenase / collagen metabolic process / collagen binding / metalloendopeptidase activity / endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Collagenase ColG, catalytic helper subdomain / Collagenase G catalytic helper subdomain / Peptidase M9A/M9B, collagenase, bacterial / Peptidase M9, collagenase, N-terminal domain / Collagenase / Peptidase family M9 N-terminal / PKD domain / Peptidase, C-terminal, archaeal/bacterial / Bacterial pre-peptidase C-terminal domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. ...Collagenase ColG, catalytic helper subdomain / Collagenase G catalytic helper subdomain / Peptidase M9A/M9B, collagenase, bacterial / Peptidase M9, collagenase, N-terminal domain / Collagenase / Peptidase family M9 N-terminal / PKD domain / Peptidase, C-terminal, archaeal/bacterial / Bacterial pre-peptidase C-terminal domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Hathewaya histolytica (バクテリア)
登録者
  • Christopher Ruth (University of Arkansas, Fayetteville, AR, USA)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1756
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 2.75 A / カイ2乗値: 0.554 / P-value: 0.261092
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Collagenase ColG s2s3as3b at pCa 3 (second analysis)
試料濃度: 1.00-3.00
バッファ名称: 10mM HEPES 100mM NaCl 0.2mM EGTA / pH: 7.5 / コメント: pCa 3
要素 #695名称: s2s3as3b / タイプ: protein / 記述: Collagenase ColG segement s2s3as3b / 分子量: 37.2 / 分子数: 1 / 由来: Hathewaya histolytica / 参照: UniProt: Q9X721
配列: GSPGIPGTDN ADISNNKAPI AKVTGPSTGA VGRNIEFSGK DSKDEDGKIV SYDWDFGDGA TSRGKNSVHA YKKAGTYNVT LKVTDDKGAT ATESFTIEIK NEDTTTPITK EMEPNDDIKE ANGPIVEGVT VKGDLNGSDD ADTFYFDVKE DGDVTIELPY SGSSNFTWLV ...配列:
GSPGIPGTDN ADISNNKAPI AKVTGPSTGA VGRNIEFSGK DSKDEDGKIV SYDWDFGDGA TSRGKNSVHA YKKAGTYNVT LKVTDDKGAT ATESFTIEIK NEDTTTPITK EMEPNDDIKE ANGPIVEGVT VKGDLNGSDD ADTFYFDVKE DGDVTIELPY SGSSNFTWLV YKEGDDQNHI ASGIDKNNSK VGTFKSTKGR HYVFIYKHDS ASNISYSLNI KGLGNEKLKE KENNDSSDKA TVIPNFNTTM QGSLLGDDSR DYYSFEVKEE GEVNIELDKK DEFGVTWTLH PESNINDRIT YGQVDGNKVS NKVKLRPGKY YLLVYKYSGS GNYELRVNK

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実験情報

ビーム設備名称: Advanced Light Source (ALS) 12.3.1 (SIBYLS) / 地域: Berkeley, CA / 国: USA / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1127 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.5 mm
検出器名称: Pilatus3 X 2M / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Collagenase ColG s2s3as3b at pCa 3 (second analysis)
測定日: 2016年10月11日 / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.3 sec. / フレーム数: 33 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0125 0.5413
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 315 /
MinMax
Q0.022577 0.197606
P(R) point1 315
R0 143.5
結果
カーブのタイプ: single_conc
コメント: In addition, refer to the related SASBDB entry SASDCS4.
実験値Porod
分子量37.2 kDa-
体積-61.2 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I04.26 0.2 4.06 0.086
慣性半径, Rg 3.38 nm0.02 3.01 nm0.299

MinMax
D-14.35
Guinier point19 56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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