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登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDD26
試料AMPA subtype ionotropic Glutamate receptor GluA2 in the AMPA bound state, in stealth DDM detergents, pH 5.5
  • Glutamate receptor 2 (protein), GluA2, Rattus norvegicus
機能・相同性
機能・相同性情報


spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding ...spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / cellular response to glycine / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / positive regulation of synaptic transmission / glutamate receptor binding / glutamate-gated receptor activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / response to fungicide / cytoskeletal protein binding / ionotropic glutamate receptor binding / presynaptic active zone membrane / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / somatodendritic compartment / glutamate-gated calcium ion channel activity / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / dendrite membrane / dendrite cytoplasm / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / SNARE binding / dendritic shaft / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / protein tetramerization / establishment of protein localization / synaptic membrane / modulation of chemical synaptic transmission / postsynaptic density membrane / terminal bouton / Schaffer collateral - CA1 synapse / cerebral cortex development / receptor internalization / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / presynaptic membrane / growth cone / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / dendritic spine / perikaryon / postsynaptic membrane / neuron projection / postsynaptic density / axon / neuronal cell body / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / protein kinase binding / glutamatergic synapse / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
登録者
  • Andreas Larsen (University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark)

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モデル

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試料

試料名称: AMPA subtype ionotropic Glutamate receptor GluA2 in the AMPA bound state, in stealth DDM detergents, pH 5.5
試料濃度: 0.28 mg/ml
バッファ名称: D2O based buffer. 10 mM AMPA, 20 mM Tris/DCl, 100 mM NaCl, 0.5 mM deuterated n-dodecyl-β-D-maltopyranoside (synthesized to match out at 100% D2O)
pH: 5.5
要素 #1037名称: GluA2 / タイプ: protein / 記述: Glutamate receptor 2 / 分子量: 367.694 / 分子数: 1 / 由来: Rattus norvegicus / 参照: UniProt: P19491
配列: NSIQIGGLFP RGADQEYSAF RVGMVQFSTS EFRLTPHIDN LEVANSFAVT NAFCSQFSRG VYAIFGFYDK KSVNTITSFC GTLHVSFITP SFPTDGTHPF VIQMRPDLKG ALLSLIEYYQ WDKFAYLYDS DRGLSTLQAV LDSAAEKKWQ VTAINVGNIN NDKKDETYRS ...配列:
NSIQIGGLFP RGADQEYSAF RVGMVQFSTS EFRLTPHIDN LEVANSFAVT NAFCSQFSRG VYAIFGFYDK KSVNTITSFC GTLHVSFITP SFPTDGTHPF VIQMRPDLKG ALLSLIEYYQ WDKFAYLYDS DRGLSTLQAV LDSAAEKKWQ VTAINVGNIN NDKKDETYRS LFQDLELKKE RRVILDCERD KVNDIVDQVI TIGKHVKGYH YIIANLGFTD GDLLKIQFGG AEVSGFQIVD YDDSLVSKFI ERWSTLEEKE YPGAHTATIK YTSALTYDAV QVMTEAFRNL RKQRIEISRR GNAGDCLANP AVPWGQGVEI ERALKQVQVE GLSGNIKFDQ NGKRINYTIN IMELKTNGPR KIGYWSEVDK MVLTEDDTSG LEQKTVVVTT ILESPYVMMK ANHAALAGNE RYEGYCVDLA AEIAKHCGFK YKLTIVGDGK YGARDADTKI WNGMVGELVY GKADIAIAPL TITLVREEVI DFSKPFMSLG ISIMIKKPQK SKPGVFSFLD PLAYEIWMCI VFAYIGVSVV LFLVSRFSPY EWHTEEFEDG RETQSSESTN EFGIFNSLWF SLGAFMQQGA DISPRSLSGR IVGGVWWFFT LIIISSYTAN LAAFLTVERM VSPIESAEDL SKQTEIAYGT LDSGSTKEFF RRSKIAVFDK MWTYMRSAEP SVFVRTTAEG VARVRKSKGK YAYLLESTMN EYIEQRKPCD TMKVGGNLDS KGYGIATPKG SSLGTPVNLA VLKLSEQGLL DKLKNKWWYD KGECGAKDSG SKEKTSALSL SNVAGVFYIL VGGLGLAMLV ALIEFCYKSR AEAKRMKGLV PRGNSIQIGG LFPRGADQEY SAFRVGMVQF STSEFRLTPH IDNLEVANSF AVTNAFCSQF SRGVYAIFGF YDKKSVNTIT SFCGTLHVSF ITPSFPTDGT HPFVIQMRPD LKGALLSLIE YYQWDKFAYL YDSDRGLSTL QAVLDSAAEK KWQVTAINVG NINNDKKDET YRSLFQDLEL KKERRVILDC ERDKVNDIVD QVITIGKHVK GYHYIIANLG FTDGDLLKIQ FGGAEVSGFQ IVDYDDSLVS KFIERWSTLE EKEYPGAHTA TIKYTSALTY DAVQVMTEAF RNLRKQRIEI SRRGNAGDCL ANPAVPWGQG VEIERALKQV QVEGLSGNIK FDQNGKRINY TINIMELKTN GPRKIGYWSE VDKMVLTEDD TSGLEQKTVV VTTILESPYV MMKANHAALA GNERYEGYCV DLAAEIAKHC GFKYKLTIVG DGKYGARDAD TKIWNGMVGE LVYGKADIAI APLTITLVRE EVIDFSKPFM SLGISIMIKK PQKSKPGVFS FLDPLAYEIW MCIVFAYIGV SVVLFLVSRF SPYEWHTEEF EDGRETQSSE STNEFGIFNS LWFSLGAFMQ QGADISPRSL SGRIVGGVWW FFTLIIISSY TANLAAFLTV ERMVSPIESA EDLSKQTEIA YGTLDSGSTK EFFRRSKIAV FDKMWTYMRS AEPSVFVRTT AEGVARVRKS KGKYAYLLES TMNEYIEQRK PCDTMKVGGN LDSKGYGIAT PKGSSLGTPV NLAVLKLSEQ GLLDKLKNKW WYDKGECGAK DSGSKEKTSA LSLSNVAGVF YILVGGLGLA MLVALIEFCY KSRAEAKRMK GLVPRGNSIQ IGGLFPRGAD QEYSAFRVGM VQFSTSEFRL TPHIDNLEVA NSFAVTNAFC SQFSRGVYAI FGFYDKKSVN TITSFCGTLH VSFITPSFPT DGTHPFVIQM RPDLKGALLS LIEYYQWDKF AYLYDSDRGL STLQAVLDSA AEKKWQVTAI NVGNINNDKK DETYRSLFQD LELKKERRVI LDCERDKVND IVDQVITIGK HVKGYHYIIA NLGFTDGDLL KIQFGGAEVS GFQIVDYDDS LVSKFIERWS TLEEKEYPGA HTATIKYTSA LTYDAVQVMT EAFRNLRKQR IEISRRGNAG DCLANPAVPW GQGVEIERAL KQVQVEGLSG NIKFDQNGKR INYTINIMEL KTNGPRKIGY WSEVDKMVLT EDDTSGLEQK TVVVTTILES PYVMMKANHA ALAGNERYEG YCVDLAAEIA KHCGFKYKLT IVGDGKYGAR DADTKIWNGM VGELVYGKAD IAIAPLTITL VREEVIDFSK PFMSLGISIM IKKPQKSKPG VFSFLDPLAY EIWMCIVFAY IGVSVVLFLV SRFSPYEWHT EEFEDGRETQ SSESTNEFGI FNSLWFSLGA FMQQGADISP RSLSGRIVGG VWWFFTLIII SSYTANLAAF LTVERMVSPI ESAEDLSKQT EIAYGTLDSG STKEFFRRSK IAVFDKMWTY MRSAEPSVFV RTTAEGVARV RKSKGKYAYL LESTMNEYIE QRKPCDTMKV GGNLDSKGYG IATPKGSSLG TPVNLAVLKL SEQGLLDKLK NKWWYDKGEC GAKDSGSKEK TSALSLSNVA GVFYILVGGL GLAMLVALIE FCYKSRAEAK RMKGLVPRGN SIQIGGLFPR GADQEYSAFR VGMVQFSTSE FRLTPHIDNL EVANSFAVTN AFCSQFSRGV YAIFGFYDKK SVNTITSFCG TLHVSFITPS FPTDGTHPFV IQMRPDLKGA LLSLIEYYQW DKFAYLYDSD RGLSTLQAVL DSAAEKKWQV TAINVGNINN DKKDETYRSL FQDLELKKER RVILDCERDK VNDIVDQVIT IGKHVKGYHY IIANLGFTDG DLLKIQFGGA EVSGFQIVDY DDSLVSKFIE RWSTLEEKEY PGAHTATIKY TSALTYDAVQ VMTEAFRNLR KQRIEISRRG NAGDCLANPA VPWGQGVEIE RALKQVQVEG LSGNIKFDQN GKRINYTINI MELKTNGPRK IGYWSEVDKM VLTEDDTSGL EQKTVVVTTI LESPYVMMKA NHAALAGNER YEGYCVDLAA EIAKHCGFKY KLTIVGDGKY GARDADTKIW NGMVGELVYG KADIAIAPLT ITLVREEVID FSKPFMSLGI SIMIKKPQKS KPGVFSFLDP LAYEIWMCIV FAYIGVSVVL FLVSRFSPYE WHTEEFEDGR ETQSSESTNE FGIFNSLWFS LGAFMQQGAD ISPRSLSGRI VGGVWWFFTL IIISSYTANL AAFLTVERMV SPIESAEDLS KQTEIAYGTL DSGSTKEFFR RSKIAVFDKM WTYMRSAEPS VFVRTTAEGV ARVRKSKGKY AYLLESTMNE YIEQRKPCDT MKVGGNLDSK GYGIATPKGS SLGTPVNLAV LKLSEQGLLD KLKNKWWYDK GECGAKDSGS KEKTSALSLS NVAGVFYILV GGLGLAMLVA LIEFCYKSRA EAKRMKGLVP RG

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実験情報

ビーム設備名称: FRM2 KWS1 / 地域: Munich / 国: Germany / 線源: neutron source / 波長: 0.5 Å
検出器名称: ??
タイプ: 6Li-Scintillator 1 mm thickness + photomultiplier
Pixsize x: 5.3 mm
スキャン
タイトル: Glutamate receptor 2 (GluA2) in the AMPA bound state, at acidic pH
測定日: 2017年9月19日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 900 sec. / フレーム数: 15 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0069 0.2127
結果カーブのタイプ: single_conc
コメント: Sample of GluA2 in the AMPA bound state at acidic pH (pH 5.5). The SANS data were fitted with a mixture of GluA2 in a tetrameric loose form obtained with cryo electron microscopy (EM) ...コメント: Sample of GluA2 in the AMPA bound state at acidic pH (pH 5.5). The SANS data were fitted with a mixture of GluA2 in a tetrameric loose form obtained with cryo electron microscopy (EM) by Meyersen et al. (Meyerson, J. R., Chittori, S., Merk, A., Rao, P., Han, T. H., Serpe, M., Mayer, M. L. & Subramaniam, S. (2016). Nature 537, 567-571) and oligomers of the tetramer (best fit: fit116.dat). The loose form was an atomic model fitted into a low resolution EM density map (EM class 3; EMD-2688). The oligomers were described with a fractal structure factor (Teixeira, J. (1988). J. Appl. Crystallogr. 21, 781-785). Data were fitted with WillItFit (Pedersen, M. C., Arleth, L. & Mortensen, K. (2013). J. Appl. Crystallogr. 46, 1894-1898). The SANS data were measured in three settings (sample/collimation): 1.5m/4m, 4m/4m, and 8m/8m. The attached data are merged into one data set with all three settings. Pair distance distribution functions were calculated with BayesApp (www.bayesapp.org). It was not feasible to perform a sensible Guiner analysis due to aggregation. Due to relatively low protein concentration, the concentration measurement was inaccurate, and the MW was therefore evaluated by (concentration independent) Porod analysis using the Porod volume calculator implemented in PRIMUS, and with a volume-to-mass conversion constant of 0.83 kDa/nm^3 (Gekko, K. & Noguchi, H. (1979). J. Phys. Chem. 83, 2706-2714; Squire, P. G. & Himmel, M. E. (1979). Arch. Biochem. Biophys. 196, 165-177).
実験値Porod
分子量746 kDa746 kDa
体積-899 nm3

GuinierP(R)P(R) error
前方散乱 I00.045 --
慣性半径, Rg 6.5 nm6.5 nm0.05

MinMaxError
D-18.9 0.5
Guinier point1 45 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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