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- SASDCV6: Chd1-12N12, chromatin remodeler--nucleosome complex, in 60% sucro... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDCV6
試料Chd1-12N12, chromatin remodeler--nucleosome complex, in 60% sucrose with ADP-BeF3
  • Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1 (protein), Chd1, Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
  • 169 bp DNA (145 bp Widom 601, flanked by 12bp DNA) (DNA), DNA
  • Histone H2A type 1 (protein), H2A, Xenopus laevis
  • Histone H2B 1.1 (protein), H2B, Xenopus laevis
  • Histone H3.2 (protein), H3, Xenopus laevis
  • Histone H4 (protein), H4, Xenopus laevis
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

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モデル

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試料

試料名称: Chd1-12N12, chromatin remodeler--nucleosome complex, in 60% sucrose with ADP-BeF3
試料濃度: 1.88 mg/ml / Entity id: 768 / 769 / 770 / 771 / 772 / 773
バッファ名称: 10 mM Tris, 100 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 0.1 mM EDTA, 1 mM DTT, 60% (w/v) sucrose, ADP-BeF3 (0.5 mM ADP, 4 mM NaF, 0.6 mM BeCl2)
pH: 7.8 / コメント: 60% sucrose ADP-BeF3
要素 #768名称: Chd1 / タイプ: protein / 記述: Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1 / 分子量: 133.115 / 分子数: 2
由来: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
配列: GPQSTVKIPT RFSNRQNKTV NYNIDYSDDD LLESEDDYGS EEALSEENVH EASANPQPED FHGIDIVINH RLKTSLEEGK VLEKTVPDLN NCKENYEFLI KWTDESHLHN TWETYESIGQ VRGLKRLDNY CKQFIIEDQQ VRLDPYVTAE DIEIMDMERE RRLDEFEEFH ...配列:
GPQSTVKIPT RFSNRQNKTV NYNIDYSDDD LLESEDDYGS EEALSEENVH EASANPQPED FHGIDIVINH RLKTSLEEGK VLEKTVPDLN NCKENYEFLI KWTDESHLHN TWETYESIGQ VRGLKRLDNY CKQFIIEDQQ VRLDPYVTAE DIEIMDMERE RRLDEFEEFH VPERIIDSQR ASLEDGTSQL QYLVKWRRLN YDEATWENAT DIVKLAPEQV KHFQNRENSK ILPQYSSNYT SQRPRFEKLS VQPPFIKGGE LRDFQLTGIN WMAFLWSKGD NGILADEMGL GKTVQTVAFI SWLIFARRQN GPHIIVVPLS TMPAWLDTFE KWAPDLNCIC YMGNQKSRDT IREYEFYTNP RAKGKKTMKF NVLLTTYEYI LKDRAELGSI KWQFMAVDEA HRLKNAESSL YESLNSFKVA NRMLITGTPL QNNIKELAAL VNFLMPGRFT IDQEIDFENQ DEEQEEYIHD LHRRIQPFIL RRLKKDVEKS LPSKTERILR VELSDVQTEY YKNILTKNYS ALTAGAKGGH FSLLNIMNEL KKASNHPYLF DNAEERVLQK FGDGKMTREN VLRGLIMSSG KMVLLDQLLT RLKKDGHRVL IFSQMVRMLD ILGDYLSIKG INFQRLDGTV PSAQRRISID HFNSPDSNDF VFLLSTRAGG LGINLMTADT VVIFDSDWNP QADLQAMARA HRIGQKNHVM VYRLVSKDTV EEEVLERARK KMILEYAIIS LGVTDGNKYT KKNEPNAGEL SAILKFGAGN MFTATDNQKK LEDLNLDDVL NHAEDHVTTP DLGESHLGGE EFLKQFEVTD YKADIDWDDI IPEEELKKLQ DEEQKRKDEE YVKEQLEMMN RRDNALKKIK NSVNGDGTAA NSDSDDDSTS RSSRRRARAN DMDSIGESEV RALYKAILKF GNLKEILDEL IADGTLPVKS FEKYGETYDE MMEAAKDCVH EEEKNRKEIL EKLEKHATAY RAKLKSGEIK AENQPKDNPL TRLSLKKREK KAVLFNFKGV KSLNAESLLS RVEDLKYLKN LINSNYKDDP LKFSLGNNTP KPVQNWSSNW TKEEDEKLLI GVFKYGYGSW TQIRDDPFLG ITDKIFLNEV HNPVAKKSAS SSDTTPTPSK KGKGITGSSK KVPGAIHLGR RVDYLLSFLR GGLNTKSPS
要素 #769名称: DNA / タイプ: DNA / 記述: 169 bp DNA (145 bp Widom 601, flanked by 12bp DNA) / 分子量: 52.468 / 分子数: 1
配列:
CTTTCAGCTG ATATCGATGT ATATATCTGA CACGTGCCTG GAGACTAGGG AGTAATCCCC TTGGCGGTTA AAACGCGGGG GACAGCGCGT ACGTGCGTTT AAGCGGTGCT AGAGCTGTCT ACGACCAATT GAGCGGCCTC GGCACCGGGA TCTTGATATC AGCTGAAAG
要素 #770名称: H2A / タイプ: protein / 記述: Histone H2A type 1 / 分子量: 13.966 / 分子数: 1 / 由来: Xenopus laevis
配列:
MSGRGKQGGK TRAKAKTRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY AERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAVRN DEELNKLLGG VTIAQGGVLP NIQSVLLPKK TESAKSAKSK
要素 #771名称: H2B / タイプ: protein / 記述: Histone H2B 1.1 / 分子量: 13.934 / 分子数: 1 / 由来: Xenopus laevis
配列:
MPEPAKSAPA PKKGSKKAVT KTQKKDGKKR RKSRKESYAI YVYKVLKQVH PDTGISSKAM SIMNSFVNDV FERIAGEASR LAHYNKRSTI TSREIQTAVR LLLPGELAKH AVSEGTKAVT KYTSAK
要素 #772名称: H3 / タイプ: protein / 記述: Histone H3.2 / 分子量: 15.388 / 分子数: 1 / 由来: Xenopus laevis
配列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSAV MALQEASEAY LVGLFEDTNL CAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA
要素 #773名称: H4 / タイプ: protein / 記述: Histone H4 / 分子量: 11.367 / 分子数: 1 / 由来: Xenopus laevis
配列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG

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実験情報

ビーム設備名称: Cornell High Energy Synchrotron Source (CHESS) G1
地域: Ithaca, NY / 国: USA / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1109 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.08 mm
検出器名称: Pilatus 200K / タイプ: Pilatus / Pixsize x: 172 mm
スキャンタイトル: Chd1-12N12, chromatin remodeler--nucleosome complex, in 60% sucrose with ADP-BeF3
測定日: 2015年10月24日 / 保管温度: 25 °C / セル温度: 25 °C / 照射時間: 10 sec. / フレーム数: 40 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.016 0.26
結果Experimental MW: 105 kDa / カーブのタイプ: single_conc
コメント: 12N12 nucleosomes in the presence of the chromatin remodeler Chd1 in 60% sucrose and ADP-BeF3. The complex formed contains two Chd1 proteins bound to each nucleosome. Due to contrast ...コメント: 12N12 nucleosomes in the presence of the chromatin remodeler Chd1 in 60% sucrose and ADP-BeF3. The complex formed contains two Chd1 proteins bound to each nucleosome. Due to contrast matching between the solvent and histone proteins, the measured signal is dominated by the DNA component. The models were generated using 3D-DART and custom scripts written in Pymol. The percentage-weighting of each model in the ensemble ('XXXperc') is noted in the following model key/list that sequentially corresponds to models displayed in this entry ordered from top-to-bottom: --------------------------------------------------------------------------------------------------- ---------------SASDCV6_fit1_model1=Chd1_12N12_ADP_01_wrapped_13perc; ---------------SASDCV6_fit1_model2=Chd1_12N12_ADP_02_wrapped_17perc_dyadflip; ---------------SASDCV6_fit1_model3=Chd1_12N12_ADP_03_inplane_20perc_dyadflip; ---------------SASDCV6_fit1_model4=Chd1_12N12_ADP_04_extreme_04perc; ---------------SASDCV6_fit1_model5=Chd1_12N12_ADP_05_extreme_01perc; ---------------SASDCV6_fit1_model6=Chd1_12N12_ADP_06_inplane_02perc; ---------------SASDCV6_fit1_model7=Chd1_12N12_ADP_07_inplane_11perc; ---------------SASDCV6_fit1_model8=Chd1_12N12_ADP_08_inplane_06perc; ---------------SASDCV6_fit1_model9=Chd1_12N12_ADP_09_inplane_03perc; ---------------SASDCV6_fit1_model10=Chd1_12N12_ADP_10_outofplane_01perc; ---------------SASDCV6_fit1_model11=Chd1_12N12_ADP_11_outofplane_08perc_dyadflip; ---------------SASDCV6_fit1_model12=Chd1_12N12_ADP_12_outofplane_04perc; ---------------SASDCV6_fit1_model13=Chd1_12N12_ADP_13_outofplane_10perc_dyadflip.
P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.0157 0.00021 0.014983 0.00026
慣性半径, Rg 5.662 nm0.073 5.31 nm0.188

MinMax
D-16.5
Guinier point1 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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