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万見
- SASDCP8: Ras-related protein Rab-1A (Rab1a) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDCP8
試料Ras-related protein Rab-1A
  • Ras-related protein Rab-1A (protein), Rab1a, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-8 production => GO:0032637 / : / positive regulation of glycoprotein metabolic process / growth hormone secretion / Rab protein signal transduction / COPII-coated vesicle cargo loading / melanosome transport / COPII vesicle coating / vesicle transport along microtubule / RAB geranylgeranylation ...interleukin-8 production => GO:0032637 / : / positive regulation of glycoprotein metabolic process / growth hormone secretion / Rab protein signal transduction / COPII-coated vesicle cargo loading / melanosome transport / COPII vesicle coating / vesicle transport along microtubule / RAB geranylgeranylation / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / COPII-mediated vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / transport vesicle membrane / virion assembly / Golgi organization / autophagosome assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / COPI-mediated anterograde transport / vesicle-mediated transport / post-translational protein modification / substrate adhesion-dependent cell spreading / intracellular protein transport / autophagy / endocytosis / melanosome / cell migration / early endosome / defense response to bacterium / cadherin binding / Golgi membrane / GTPase activity / GTP binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
small GTPase Rab1 family profile. / Small GTPase / Ras family / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Ras-related protein Rab-1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
登録者
  • Wenhua Zhang (CNRS UMR8113, ENS Paris-Saclay)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1616
タイプ: dummy / ソフトウェア: (2.8.2) / ダミー原子の半径: 1.40 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.745 / P-value: 0.000005

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試料

試料名称: Ras-related protein Rab-1A / 試料濃度: 2.00-6.00
バッファ名称: 300 mM NaCl, 2 mM 2-mercaptoethanol and 30 mM Tris-HCl
pH: 7.5
要素 #845名称: Rab1a / タイプ: protein / 記述: Ras-related protein Rab-1A / 分子量: 23.5 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P62820.3
配列: MSSMNPEYDY LFKLLLIGDS GVGKSCLLLR FADDTYTESY ISTIGVDFKI RTIELDGKTI KLQIWDTAGQ ERFRTITSSY YRGAHGIIVV YDVTDQESFN NVKQWLQEID RYASENVNKL LVGNKCDLTT KKVVDYTTAK EFADSLGIPF LETSAKNATN VEQSFMTMAA ...配列:
MSSMNPEYDY LFKLLLIGDS GVGKSCLLLR FADDTYTESY ISTIGVDFKI RTIELDGKTI KLQIWDTAGQ ERFRTITSSY YRGAHGIIVV YDVTDQESFN NVKQWLQEID RYASENVNKL LVGNKCDLTT KKVVDYTTAK EFADSLGIPF LETSAKNATN VEQSFMTMAA EIKKRMGPGA TAGGAEKSNV KIQSTPVKQS GGGCCHHHHH H

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実験情報

ビーム設備名称: SOLEIL SWING / 地域: Saint-Aubin / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.103 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.2 mm
検出器名称: AVIEX / タイプ: CCD
スキャン
タイトル: Ras-related protein Rab-1A / 測定日: 2015年11月17日 / セル温度: 15 °C / 照射時間: 1.2 sec. / フレーム数: 240 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0169 0.6125
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 350 /
MinMax
Q0.0169059 0.21348
P(R) point1 350
R0 102
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量24 kDa24 kDa
体積-36.1 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.01385 1.4E-5 0.01366 1.3E-5
慣性半径, Rg 2.54 nm0.006 2.38 nm0.004

MinMax
D-10.2
Guinier point11 59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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