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万見
- SASDCN8: SAXS data of Legionella pneumophila phosphocholine hydrolase Lem3... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDCN8
試料SAXS data of Legionella pneumophila phosphocholine hydrolase Lem3(19-570)
  • Phosphocholine hydrolase Lem3 (protein), Lem3, Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513)
機能・相同性phosphocholine hydrolase activity / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / regulation of GTPase activity / host cell cytoplasm / extracellular region / Phosphocholine hydrolase Lem3
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)

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モデル

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試料

試料名称: SAXS data of Legionella pneumophila phosphocholine hydrolase Lem3(19-570)
試料濃度: 4.00-6.00
バッファ名称: 300 mM NaCl, 2 mM 2-mercaptoethanol and 30 mM Tris-HCl
pH: 7.5
要素 #843名称: Lem3 / タイプ: protein / 記述: Phosphocholine hydrolase Lem3 / 分子量: 63.391 / 分子数: 1
由来: Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513)
参照: UniProt: Q5ZXN5
配列: MRDKIITGKK IIFSQSVAKD QTKNLSSFLS ERFYSVNQSH NHSIIIGSSL SHQENDIEHD TILDTSGVLV TTDTNGIVNG ARVAITDGLG GGNGDQEEDD EIYRVSHSSC ENFLNCDQNI DTTLSLITQP KASDKKQTAP KTLQHTEASM AAFIYQNHPG KGYIGEFANI ...配列:
MRDKIITGKK IIFSQSVAKD QTKNLSSFLS ERFYSVNQSH NHSIIIGSSL SHQENDIEHD TILDTSGVLV TTDTNGIVNG ARVAITDGLG GGNGDQEEDD EIYRVSHSSC ENFLNCDQNI DTTLSLITQP KASDKKQTAP KTLQHTEASM AAFIYQNHPG KGYIGEFANI GDGLIIILDK RFKIKHMVSA CHIYRGFGTW TPPSLQALAT TANKDALLVR QTLKLAEGDI IISMTDGVWG ELKTSLIAQT NDRRDIGVDK EYFKTLFDEL TDAPYPSSFD IARIITQRAM SRSLERRKTL IKLINEIEQQ HFHEKSVKTI NEVLEYFIKT GHVETAQTLK AILFEDGLSD GITYFENIEI PLEMVMHDLK SRTVGDCSTI NVTRIPYHLD ELIRGFINYP EKHQILAPLF KARVKSEADL EEAFHRLSLE MVQPEIECPI SETHFERAFK KETLDKTQAV LTHYFRISTG LDSKKNYQER LNDLSAYLSK ESSLEKNDIK LLLSMLDSEI KPKTGVFQTL FGENQNKLYK AFHKKIELQL LDSEIENKNE LKHHHHHH

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実験情報

ビーム設備名称: SOLEIL SWING / 地域: Saint-Aubin / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.102 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.2 mm
検出器名称: AVIEX / タイプ: CCD
スキャン
タイトル: SAXS data of Legionella pneumophila phosphocholine hydrolase Lem3(19-570)
測定日: 2015年9月20日 / セル温度: 15 °C / 照射時間: 1.5 sec. / フレーム数: 1 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0062 0.5294
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 348 /
MinMax
Q0.0164 0.2125
P(R) point19 366
R0 122
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量66.7 kDa67 kDa
体積-95 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.05143 2.0E-5 0.05142 6.1E-5
慣性半径, Rg 3.52 nm0.002 3.46 nm0.08

MinMax
D-12.2
Guinier point19 46

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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