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万見
- SASDCM8: Mo-insertase domain Cnx1E from Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDCM8
試料Mo-insertase domain Cnx1E from Arabidopsis thaliana
  • Molybdopterin biosynthesis protein CNX1 (protein), Cnx1E, Arabidopsis thaliana
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdopterin adenylyltransferase / molybdopterin adenylyltransferase activity / molybdopterin molybdotransferase / nitrate reductase activity / molybdopterin molybdotransferase activity / auxin-activated signaling pathway / molybdenum ion binding / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / response to metal ion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Molybdenum cofactor biosynthesis proteins signature 2. / Molybdenum cofactor biosynthesis proteins signature 1. / MoeA, N-terminal and linker domain / MoeA, C-terminal, domain IV / MoeA, N-terminal and linker domain superfamily / MoeA, C-terminal, domain IV superfamily / Molybdopterin biosynthesis protein MoeA-like / MoeA N-terminal region (domain I and II) / MoeA C-terminal region (domain IV) / Molybdenum cofactor biosynthesis, conserved site ...Molybdenum cofactor biosynthesis proteins signature 2. / Molybdenum cofactor biosynthesis proteins signature 1. / MoeA, N-terminal and linker domain / MoeA, C-terminal, domain IV / MoeA, N-terminal and linker domain superfamily / MoeA, C-terminal, domain IV superfamily / Molybdopterin biosynthesis protein MoeA-like / MoeA N-terminal region (domain I and II) / MoeA C-terminal region (domain IV) / Molybdenum cofactor biosynthesis, conserved site / MoaB/Mog domain / MoaB/Mog-like domain superfamily / Probable molybdopterin binding domain / Probable molybdopterin binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Molybdopterin biosynthesis protein CNX1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
登録者
  • Joern Krausze (Braunschweig University of Technology, Braunschweig, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1615
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: C2
コメント: C2 symmetry generated from crystallographic symmetry
カイ2乗値: 39.748

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試料

試料名称: Mo-insertase domain Cnx1E from Arabidopsis thaliana / 試料濃度: 1.65-12.50
バッファ名称: 20 mM Hepes/KOH, 150 mM NaCl, 1 mM EDTA, 2 % (v/v) glycerol
pH: 7.4
要素 #844名称: Cnx1E / タイプ: protein / 記述: Molybdopterin biosynthesis protein CNX1 / 分子量: 49.7 / 分子数: 2 / 由来: Arabidopsis thaliana / 参照: UniProt: CNX1_ARATH
配列: MSRGSMEGQG CCGGGGGKTE MIPTEEALRI VFGVSKRLPP VIVSLYEALG KVLAEDIRAP DPLPPYPASV KDGYAVVASD GPGEYPVITE SRAGNDGLGV TVTPGTVAYV TTGGPIPDGA DAVVQVEDTK VIGDVSTESK RVKILIQTKK GTDIRRVGCD IEKDATVLTT ...配列:
MSRGSMEGQG CCGGGGGKTE MIPTEEALRI VFGVSKRLPP VIVSLYEALG KVLAEDIRAP DPLPPYPASV KDGYAVVASD GPGEYPVITE SRAGNDGLGV TVTPGTVAYV TTGGPIPDGA DAVVQVEDTK VIGDVSTESK RVKILIQTKK GTDIRRVGCD IEKDATVLTT GERIGASEIG LLATAGVTMV KVYPMPIVAI LSTGDELVEP TAGTLGRGQI RDSNRAMLVA AVMQQQCKVV DLGIVRDDRK ELEKVLDEAV SSGVDIILTS GGVSMGDRDF VKPLLEEKGK VYFSKVLMKP GKPLTFAEIR AKPTESMLGK TVLAFGLPGN PVSCLVCFNI FVVPTIRQLA GWTSPHPLRV RLRLQEPIKS DPIRPEFHRA IIKWKDNDGS GTPGFVAEST GHQMSSRLLS MRSANALLEL PATGNVLSAG SSVSAIIVSD ISAFSIDKKA SLSEPGSTSG GSAWSHPQFE K

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF ID14-3 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.09919 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.864 mm
検出器名称: Pilatus 1M
スキャン
タイトル: Mo-insertase domain Cnx1E from Arabidopsis thaliana
測定日: 2015年2月5日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 10 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0511 4.9752
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 347 /
MinMax
Q0.00558 0.4975
P(R) point1 347
R0 150
結果
カーブのタイプ: merged /
実験値Porod
分子量99 kDa105.9 kDa
体積-180.59 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I069.92 0.029 68.97 0.044
慣性半径, Rg 3.805 nm0.004 3.64 nm0.06

MinMax
D-15
Guinier point23 54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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