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万見
- SASDCJ8: Glucose isomerase (WAXS) (Xylose isomerase, GI) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDCJ8
試料Glucose isomerase (WAXS)
  • Xylose isomerase (protein), GI, Streptomyces rubiginosus
機能・相同性
機能・相同性情報


xylose isomerase / xylose isomerase activity / D-xylose metabolic process / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, actinobacteria / Xylose isomerase / Xylose isomerase family profile. / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
登録者
  • Maxim Petoukhov (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1611
タイプ: atomic / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 29.490

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試料

試料名称: Glucose isomerase (WAXS) / 試料濃度: 3.60-14.50
バッファ名称: 100 mM tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 1 mM MgCl2 / pH: 8
要素 #839名称: GI / タイプ: protein / 記述: Xylose isomerase / 分子量: 43.097 / 分子数: 4 / 由来: Streptomyces rubiginosus / 参照: UniProt: P24300
配列: NYQPTPEDRF TFGLWTVGWE GRDPFGDATR RALDPVESVR RLAELGAHGV TFHDDDLIPF GSSDSEREEH VKRFRQALDD TGMKVPMATT NLFTHPVFKD GGFTANDRDV RRYALRKTIR NIDLAVELGA ETYVAWGGRE GAESGGAKDV RDALDRMKEA FDLLGEYVTS ...配列:
NYQPTPEDRF TFGLWTVGWE GRDPFGDATR RALDPVESVR RLAELGAHGV TFHDDDLIPF GSSDSEREEH VKRFRQALDD TGMKVPMATT NLFTHPVFKD GGFTANDRDV RRYALRKTIR NIDLAVELGA ETYVAWGGRE GAESGGAKDV RDALDRMKEA FDLLGEYVTS QGYDIRFAIE PKPNEPRGDI LLPTVGHALA FIERLERPEL YGVNPEVGHE QMAGLNFPHG IAQALWAGKL FHIDLNGQNG IKYDQDLRFG AGDLRAAFWL VDLLESAGYS GPRHFDFKPP RTEDFDGVWA SAAGCMRNYL ILKERAAAFR ADPEVQEALR ASRLDELARP TAADGLQALL DDRSAFEEFD VDAAAARGMA FERLDQLAMD HLLGARG

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.062 Å
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Glucose isomerase (WAXS) / 測定日: 2016年10月17日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.2 sec. / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0994 18.0049
結果Experimental MW: 151 kDa / カーブのタイプ: merged
GuinierGuinier error
前方散乱 I07954.08 12.5
慣性半径, Rg 3.23 nm0.05

MinMax
Guinier point5 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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