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万見
- SASDC63: Fowlpox Virus FPV039 antiapoptotic Bcl-2 viral protein in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDC63
試料Fowlpox Virus FPV039 antiapoptotic Bcl-2 viral protein in complex with BaK BH3 peptide (FPV039:BAK)
  • Bcl-2-like protein FPV039 (protein), FPV039, Fowlpox virus (strain NVSL)
  • Uncharacterized protein (BAK1) (protein), Bak, Gallus gallus
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation and oligomerization of BAK protein / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / BH domain binding / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / porin activity / host cell mitochondrion / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / release of cytochrome c from mitochondria / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage ...Activation and oligomerization of BAK protein / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / BH domain binding / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / porin activity / host cell mitochondrion / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / release of cytochrome c from mitochondria / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2 Bcl-2 homology region 1-3 domain-containing protein / Apoptosis regulator Bcl-2 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Fowlpox virus (strain NVSL) (ウイルス)
Gallus gallus (ニワトリ)
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2017
タイトル: Structural basis of apoptosis inhibition by the fowlpox virus protein FPV039.
著者: Mohd Ishtiaq Anasir / Sofia Caria / Michael A Skinner / Marc Kvansakul /
要旨: Programmed cell death or apoptosis of infected host cells is an important defense mechanism in response to viral infections. This process is regulated by proapoptotic and prosurvival members of the B- ...Programmed cell death or apoptosis of infected host cells is an important defense mechanism in response to viral infections. This process is regulated by proapoptotic and prosurvival members of the B-cell lymphoma 2 (Bcl-2) protein family. To counter premature death of a virus-infected cell, poxviruses use a range of different molecular strategies including the mimicry of prosurvival Bcl-2 proteins. One such viral prosurvival protein is the fowlpox virus protein FPV039, which is a potent apoptosis inhibitor, but the precise molecular mechanism by which FPV039 inhibits apoptosis is unknown. To understand how fowlpox virus inhibits apoptosis, we examined FPV039 using isothermal titration calorimetry, small-angle X-ray scattering, and X-ray crystallography. Here, we report that the fowlpox virus prosurvival protein FPV039 promiscuously binds to cellular proapoptotic Bcl-2 and engages all major proapoptotic Bcl-2 proteins. Unlike other identified viral Bcl-2 proteins to date, FPV039 engaged with cellular proapoptotic Bcl-2 with affinities comparable with those of Bcl-2's endogenous cellular counterparts. Structural studies revealed that FPV039 adopts the conserved Bcl-2 fold observed in cellular prosurvival Bcl-2 proteins and closely mimics the structure of the prosurvival Bcl-2 family protein Mcl-1. Our findings suggest that FPV039 is a pan-Bcl-2 protein inhibitor that can engage all host BH3-only proteins, as well as Bcl-2-associated X, apoptosis regulator (Bax) and Bcl-2 antagonist/killer (Bak) proteins to inhibit premature apoptosis of an infected host cell. This work therefore provides a mechanistic platform to better understand FPV039-mediated apoptosis inhibition.
登録者
  • Sofia Caria

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モデル

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試料

試料名称: Fowlpox Virus FPV039 antiapoptotic Bcl-2 viral protein in complex with BaK BH3 peptide (FPV039:BAK)
試料濃度: 0.31-7.35 / Entity id: 631 / 632
バッファ名称: 20 mM trisodium citrate pH, 200 mM NaCl / pH: 6
要素 #631名称: FPV039 / タイプ: protein / 記述: Bcl-2-like protein FPV039 / 分子量: 16.823 / 分子数: 1 / 由来: Fowlpox virus (strain NVSL) / 参照: UniProt: Q9J5G4
配列:
MASSNMKDET YYIALNMIQN YIIEYNTNKP RKSFVIDSIS YDVLKAACKS VIKTNYNEFD IIISRNIDFN VIVTQVLEDK INWGRIITII AFCAYYSKKV KQDTSPQYYD GIISEAITDA ILSKYRSWFI DQDYWNGIRI YKN
要素 #632名称: Bak / タイプ: protein / 記述: Uncharacterized protein (BAK1) / 分子量: 2.805 / 分子数: 1 / 由来: Gallus gallus / 参照: UniProt: Q5F404
配列:
LGSTGSQVGR RLAIIGDDIN KRYDAE

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実験情報

ビーム設備名称: Australian Synchrotron SAXS/WAXS / 地域: Melbourne / 国: Australia / 形状: Point / 線源: X-ray synchrotron / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.6 mm
検出器名称: Pilatus 1M
スキャン
タイトル: Fowlpox Virus FPV039 antiapoptotic Bcl-2 viral protein in complex with BaK BH3 peptide (FPV039:BAK)
測定日: 2015年10月2日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 30 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0106 0.6185
結果Experimental MW: 17.9 kDa / カーブのタイプ: single_conc
GuinierGuinier error
前方散乱 I00.104031 0.0002
慣性半径, Rg 1.96 nm0.006

MinMax
Guinier point38 70

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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