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- SASDBW3: Human calumenin (sarco-endoplasmic reticulum calcium-sensing protein) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBW3
試料Human calumenin (sarco-endoplasmic reticulum calcium-sensing protein)
  • Human Calumenin (protein), CALU, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


sarcoplasmic reticulum lumen / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / melanosome / Platelet degranulation / endoplasmic reticulum lumen / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus ...sarcoplasmic reticulum lumen / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / melanosome / Platelet degranulation / endoplasmic reticulum lumen / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
EF hand / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: PLoS One / 年: 2016
タイトル: Ca-Dependent Folding of Human Calumenin.
著者: Marco Mazzorana / Rohanah Hussain / Thomas Sorensen /
要旨: Human calumenin (hCALU) is a six EF-hand protein belonging to the CREC family. As other members of the family, it is localized in the secretory pathway and regulates the activity of SERCA2a and of ...Human calumenin (hCALU) is a six EF-hand protein belonging to the CREC family. As other members of the family, it is localized in the secretory pathway and regulates the activity of SERCA2a and of the ryanodine receptor in the endoplasmic reticulum (ER). We have studied the effects of Ca2+ binding to the protein and found it to attain a more compact structure upon ion binding. Circular Dichroism (CD) measurements suggest a major rearrangement of the protein secondary structure, which reversibly switches from disordered at low Ca2+ concentrations to predominantly alpha-helical when Ca2+ is added. SAXS experiments confirm the transition from an unfolded to a compact structure, which matches the structural prediction of a trilobal fold. Overall our experiments suggest that calumenin is a Ca2+ sensor, which folds into a compact structure, capable of interacting with its molecular partners, when Ca2+ concentration within the ER reaches the millimolar range.
登録者
  • Marco Mazzorana (Diamond, Diamond Light Source, Didcot, UK)

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モデル

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試料

試料名称: Human calumenin (sarco-endoplasmic reticulum calcium-sensing protein)
バッファ名称: HEPES / pH: 7.5 / 組成: 25 mM NaCl, 2.5 mM CaCl2
要素 #310名称: CALU / タイプ: protein / 記述: Human Calumenin / 分子量: 29.413 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: O43852
配列: ESKERLGKIV SKIDGDKDGF VTVDELKDWI KFAQKRWIYE DVERQWKGHD LNEDGLVSWE EYKNATYGYV LDDPDPDDGF NYKQMMVRDE RRFKMADKDG DLIATKEEFT AFLHPEEYDY MKDIVVQETM EDIDKNADGF IDLEEYIGDM YSHDGNTDEP EWVKTEREQF ...配列:
ESKERLGKIV SKIDGDKDGF VTVDELKDWI KFAQKRWIYE DVERQWKGHD LNEDGLVSWE EYKNATYGYV LDDPDPDDGF NYKQMMVRDE RRFKMADKDG DLIATKEEFT AFLHPEEYDY MKDIVVQETM EDIDKNADGF IDLEEYIGDM YSHDGNTDEP EWVKTEREQF VEFRDKNRDG KMDKEETKDW ILPSDYDHAE AEARHLVYES DQNKDGKLTK EEIVDKYDLF VGSQATDFGE ALVRHDEF

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実験情報

ビーム設備名称: Diamond Light Source B21 / 地域: Oxfordshire / 国: UK / 形状: 1 x 5 mm / 線源: X-ray synchrotron / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.9 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Human calumenin / 測定日: 2016年2月12日 / 保管温度: 20 °C / フレーム数: 41 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0385 4.0241
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1240 /
MinMax
Q0.203437 3.60909
P(R) point1 1240
R0 6.54
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量29 kDa30.5 kDa
体積-48.8 nm3

P(R)GuinierP(R) errorGuinier error
前方散乱 I00.0638 0.063 --
慣性半径, Rg 2.31 nm2.28 nm0.02 0.29

MinMax
D-6.54
Guinier point61 194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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