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万見
- SASDBV4: Vaccinia virus MVA F1L antiapoptotic Bcl-2 viral protein -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBV4
試料Vaccinia virus MVA F1L antiapoptotic Bcl-2 viral protein
  • MVA F1L antiapoptotic Bcl-2 viral protein (protein), MVA F1L (Protein F1), Vaccinia virus
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial outer membrane / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / regulation of apoptotic process / membrane
類似検索 - 分子機能
Orthopoxvirus protein F1 / Poxvirus F1/C10 / Apoptosis regulator M11L like / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptosis regulator OPG045
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2016
タイトル: The N Terminus of the Vaccinia Virus Protein F1L Is an Intrinsically Unstructured Region That Is Not Involved in Apoptosis Regulation.
著者: Sofia Caria / Bevan Marshall / Robyn-Lee Burton / Stephanie Campbell / Delara Pantaki-Eimany / Christine J Hawkins / Michele Barry / Marc Kvansakul /
要旨: Subversion of host cell apoptotic responses is a prominent feature of viral immune evasion strategies to prevent premature clearance of infected cells. Numerous poxviruses encode structural and ...Subversion of host cell apoptotic responses is a prominent feature of viral immune evasion strategies to prevent premature clearance of infected cells. Numerous poxviruses encode structural and functional homologs of the Bcl-2 family of proteins, and vaccinia virus harbors antiapoptotic F1L that potently inhibits the mitochondrial apoptotic checkpoint. Recently F1L has been assigned a caspase-9 inhibitory function attributed to an N-terminal α helical region of F1L spanning residues 1-15 (1) preceding the domain-swapped Bcl-2-like domains. Using a reconstituted caspase inhibition assay in yeast we found that unlike AcP35, a well characterized caspase-9 inhibitor from the insect virus Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus, F1L does not prevent caspase-9-mediated yeast cell death. Furthermore, we found that deletion of the F1L N-terminal region does not impede F1L antiapoptotic activity in the context of a viral infection. Solution analysis of the F1L N-terminal regions using small angle x-ray scattering indicates that the region of F1L spanning residues 1-50 located N-terminally from the Bcl-2 fold is an intrinsically unstructured region. We conclude that the N terminus of F1L is not involved in apoptosis inhibition and may act as a regulatory element in other signaling pathways in a manner reminiscent of other unstructured regulatory elements commonly found in mammalian prosurvival Bcl-2 members including Bcl-xL and Mcl-1.
登録者
  • Sofia Caria

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #535
タイプ: mix / ソフトウェア: BUNCH / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 7.29
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #536
タイプ: mix / ソフトウェア: CORAL / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 3.8416
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Vaccinia virus MVA F1L antiapoptotic Bcl-2 viral protein
試料濃度: 0.12-3.60
バッファ名称: 25 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM DTT / pH: 7.5
要素 #341名称: MVA F1L (Protein F1) / タイプ: protein / 記述: MVA F1L antiapoptotic Bcl-2 viral protein / 分子量: 25.291 / 分子数: 2 / 由来: Vaccinia virus / 参照: UniProt: O57173
配列: MGSSHHHHHH SQDPMLSMFM CNNIVDYVDG IVQDIEDEAS NNVDHDYVYP LPENMVYRFD KSTNILDYLS TERDHVMMAV RYYMSKQRLD DLYRQLPTKT RSYIDIINIY CDKVSNDYNR DMNIMYDMAS TKSFTVYDIN NEVNTILMDN KGLGVRLATI SFITELGRRC ...配列:
MGSSHHHHHH SQDPMLSMFM CNNIVDYVDG IVQDIEDEAS NNVDHDYVYP LPENMVYRFD KSTNILDYLS TERDHVMMAV RYYMSKQRLD DLYRQLPTKT RSYIDIINIY CDKVSNDYNR DMNIMYDMAS TKSFTVYDIN NEVNTILMDN KGLGVRLATI SFITELGRRC MNPVKTIKMF TLLSHTICDD CFVDYITDIS PPDNTIPNTS TREYLK

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実験情報

ビーム設備名称: Australian Synchrotron SAXS/WAXS / 地域: Melbourne / 国: Australia / 形状: Point / 線源: X-ray synchrotron / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.6 mm
検出器名称: Pilatus 1M
スキャン
タイトル: Vaccinia MVA F1L antiapoptotic Bcl-2 protein / 測定日: 2016年4月15日 / 保管温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 18 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.196 5.1598
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 335 /
MinMax
Q0.196003 2.34086
P(R) point1 335
R0 16.2
結果
D max: 16.2 / カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量51.7 kDa-
体積-74.36 nm3

GuinierP(R)
前方散乱 I00.0735086 -
慣性半径, Rg 3.41 nm3.68 nm

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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