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万見
- SASDBN4: Callose synthase (AtGSLO5-IL) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBN4
試料Callose synthase
  • Callose synthase (protein), AtGSLO5-IL, Arabidopsis thaliana
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response by callose deposition / defense response by callose deposition in cell wall / salicylic acid mediated signaling pathway / 1,3-beta-glucan synthase / 1,3-beta-D-glucan synthase activity / (1->3)-beta-D-glucan biosynthetic process / 1,3-beta-D-glucan synthase complex / leaf morphogenesis / leaf senescence / innate immune response-activating signaling pathway ...defense response by callose deposition / defense response by callose deposition in cell wall / salicylic acid mediated signaling pathway / 1,3-beta-glucan synthase / 1,3-beta-D-glucan synthase activity / (1->3)-beta-D-glucan biosynthetic process / 1,3-beta-D-glucan synthase complex / leaf morphogenesis / leaf senescence / innate immune response-activating signaling pathway / pollen development / response to fungus / plasmodesma / defense response to fungus / defense response / regulation of cell shape / defense response to bacterium / Golgi apparatus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 48 / 1,3-beta-glucan synthase subunit FKS1-like, domain-1 / 1,3-beta-glucan synthase component / 1,3-beta-glucan synthase subunit FKS1, domain-1 / 1,3-beta-glucan synthase subunit FKS1
類似検索 - ドメイン・相同性
Callose synthase 12
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #520
タイプ: other / ソフトウェア: (2.7.1) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P8 / カイ2乗値: 1.055
モデル #521
タイプ: dummy / ソフトウェア: (r6669) / ダミー原子の半径: 6.30 A / 対称性: P8 / カイ2乗値: 1.278 / P-value: 0.050400

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試料

試料名称: Callose synthase / 試料濃度: 1 mg/ml
バッファ名称: Tris, 50 mM NaCl / pH: 7.3 / 組成: 50 mM NaCl
要素 #336名称: AtGSLO5-IL / タイプ: protein / 記述: Callose synthase / 分子量: 79.092 / 分子数: 8 / 由来: Arabidopsis thaliana / 参照: UniProt: Q9ZT82
配列: MASRGSHHHH HHGAGDRGPE FELGTRGSCA VVGLFDHLGE IRDMGQLRLR FQFFASAIQF NLMPEEQLLN ARGFGNKFKD GIHRLKLRYG FGRPFKKLES NQVEANKFAL IWNEIILAFR EEDIVSDREV ELLELPKNSW DVTVIRWPCF LLCNELLLAL SQARELIDAP ...配列:
MASRGSHHHH HHGAGDRGPE FELGTRGSCA VVGLFDHLGE IRDMGQLRLR FQFFASAIQF NLMPEEQLLN ARGFGNKFKD GIHRLKLRYG FGRPFKKLES NQVEANKFAL IWNEIILAFR EEDIVSDREV ELLELPKNSW DVTVIRWPCF LLCNELLLAL SQARELIDAP DKWLWHKICK NEYRRCAVVE AYDSIKHLLL SIIKVDTEEH SIITVFFQII NQSIQSEQFT KTFRVDLLPK IYETLQKLVG LVNDEETDSG RVVNVLQSLY EIATRQFFIE KKTTEQLSNE GLTPRDPASK LLFQNAIRLP DASNEDFYRQ VRRLHTILTS RDSMHSVPVN LEARRRIAFF SNSLFMNMPH APQVEKMMAF SVLTPYYSEE VVYSKEQLRN ETEDGISTLY YLQTIYADEW KNFKERMHRE GIKTDSELWT TKLRDLRLWA SYRGQTLART VRGMMYYYRA LKMLAFLDSA SEMDIREGAQ ELGSVRNLQG ELGGQSDGFV SENDRSSLSR ASSSVSTLYK GHEYGTALMK FTYVVACQIY GSQKAKKEPQ AEEILYLMKQ NEALRIAYVD EVPAGRGETD YYSVLVKYDH QLEKEVEIFR VKLPGPVKLG EGKPENQNHA MIFTRGDAVQ TIDMNQDSYF EEALKMRNLL QEYNHYHGIR KPTILGVRHA HGLSAWSHPQ FEK

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.12 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Callose / 測定日: 2015年6月2日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.05 sec. / フレーム数: 18 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.027 4.8012
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 433 /
MinMax
Q0.0718658 1.21325
P(R) point1 433
R0 30
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量623 kDa646 kDa
体積-1033.34 nm3

GuinierP(R)Guinier error
前方散乱 I025374.1 --
慣性半径, Rg 7.99 nm7.94 nm0.34

MinMaxError
D-30 3
Guinier point12 52 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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