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万見
- SASDB28: Complement factor 1q (C1q) (Complement C1q subcomponent subunit C... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDB28
試料Complement factor 1q (C1q)
  • Complement C1q subcomponent subunit C (protein), C1qc, Homo sapiens (plasma purified)
  • Complement C1q subcomponent subunit B (protein), C1qb, Homo sapiens (plasma purified)
  • Complement C1q subcomponent subunit A (protein), C1qa, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


complement component C1 complex / complement component C1q complex / negative regulation of macrophage differentiation / synapse pruning / negative regulation of granulocyte differentiation / vertebrate eye-specific patterning / complement-mediated synapse pruning / collagen trimer / complement activation / Classical antibody-mediated complement activation ...complement component C1 complex / complement component C1q complex / negative regulation of macrophage differentiation / synapse pruning / negative regulation of granulocyte differentiation / vertebrate eye-specific patterning / complement-mediated synapse pruning / collagen trimer / complement activation / Classical antibody-mediated complement activation / neuron remodeling / Initial triggering of complement / astrocyte activation / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / synapse organization / microglial cell activation / cell-cell signaling / amyloid-beta binding / collagen-containing extracellular matrix / postsynapse / blood microparticle / immune response / innate immune response / synapse / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / C1q domain / C1q domain / C1q domain profile. / Complement component C1q domain. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies)
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement C1q subcomponent subunit A / Complement C1q subcomponent subunit B / Complement C1q subcomponent subunit C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (plasma purified)
Homo sapiens (ヒト)
登録者
  • Rasmus Jensen (Aarhus University, Aarhus, Denmark)

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ダウンロードとリンク

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モデル

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試料

試料名称: Complement factor 1q (C1q) / 試料濃度: 3.66-3.66 / Entity id: 541 / 542 / 543
バッファ名称: 50 mM TrisHCl, 145 mM NaCl, 3 mM CaCl2 / pH: 7.4
要素 #541名称: C1qc / タイプ: protein / 記述: Complement C1q subcomponent subunit C / 分子量: 23.687 / 分子数: 6 / 由来: Homo sapiens (plasma purified) / 参照: UniProt: P02747
配列: EDLCRAPDGK KGEAGRPGRR GRPGLKGEQG EPGAPGIRTG IQGLKGDQGE PGPSGNPGKV GYPGPSGPLG ARGIPGIKGT KGSPGNIKDQ PRPAFSAIRR NPPMGGNVVI FDTVITNQEE PYQNHSGRFV CTVPGYYYFT FQVLSQWEIC LSIVSSSRGQ VRRSLGFCDT ...配列:
EDLCRAPDGK KGEAGRPGRR GRPGLKGEQG EPGAPGIRTG IQGLKGDQGE PGPSGNPGKV GYPGPSGPLG ARGIPGIKGT KGSPGNIKDQ PRPAFSAIRR NPPMGGNVVI FDTVITNQEE PYQNHSGRFV CTVPGYYYFT FQVLSQWEIC LSIVSSSRGQ VRRSLGFCDT TNKGLFQVVS GGMVLQLQQG DQVWVEKDPK KGHIYQGSEA DSVFSGFLIF PSA
要素 #542名称: C1qb / タイプ: protein / 記述: Complement C1q subcomponent subunit B / 分子量: 23.742 / 分子数: 6 / 由来: Homo sapiens (plasma purified) / 参照: UniProt: P02746
配列: QLSCTGPPAI PGIPGIPGTP GPDGQPGTPG IKGEKGLPGL AGDHGEFGEK GDPGIPGNPG KVGPKGPMGP KGGPGAPGAP GPKGESGDYK ATQKIAFSAT RTINVPLRRD QTIRFDHVIT NMNNNYEPRS GKFTCKVPGL YYFTYHASSR GNLCVNLMRG RERAQKVVTF ...配列:
QLSCTGPPAI PGIPGIPGTP GPDGQPGTPG IKGEKGLPGL AGDHGEFGEK GDPGIPGNPG KVGPKGPMGP KGGPGAPGAP GPKGESGDYK ATQKIAFSAT RTINVPLRRD QTIRFDHVIT NMNNNYEPRS GKFTCKVPGL YYFTYHASSR GNLCVNLMRG RERAQKVVTF CDYAYNTFQV TTGGMVLKLE QGENVFLQAT DKNSLLGMEG ANSIFSGFLL FPDMEA
要素 #543名称: C1qa / タイプ: protein / 記述: Complement C1q subcomponent subunit A / 分子量: 23.687 / 分子数: 6 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P02745
配列: EDLCRAPDGK KGEAGRPGRR GRPGLKGEQG EPGAPGIRTG IQGLKGDQGE PGPSGNPGKV GYPGPSGPLG ARGIPGIKGT KGSPGNIKDQ PRPAFSAIRR NPPMGGNVVI FDTVITNQEE PYQNHSGRFV CTVPGYYYFT FQVLSQWEIC LSIVSSSRGQ VRRSLGFCDT ...配列:
EDLCRAPDGK KGEAGRPGRR GRPGLKGEQG EPGAPGIRTG IQGLKGDQGE PGPSGNPGKV GYPGPSGPLG ARGIPGIKGT KGSPGNIKDQ PRPAFSAIRR NPPMGGNVVI FDTVITNQEE PYQNHSGRFV CTVPGYYYFT FQVLSQWEIC LSIVSSSRGQ VRRSLGFCDT TNKGLFQVVS GGMVLQLQQG DQVWVEKDPK KGHIYQGSEA DSVFSGFLIF PSA

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.0992 Å
検出器名称: Pilatus 1M
スキャン
タイトル: Complement factor 1q (C1q) / 測定日: 2014年12月8日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 4 °C / 照射時間: 2 sec. / フレーム数: 10 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0364 4.9745
結果カーブのタイプ: single_conc /
実験値Standard
分子量407 kDa407 kDa

GuinierGuinier error
前方散乱 I0534.52 0.97
慣性半径, Rg 12.61 nm0.17

MinMax
Guinier point4 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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