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万見
- SASDB25: Cardiac myosin binding protein-C: domains C5-C6-C7 -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDB25
試料Cardiac myosin binding protein-C: domains C5-C6-C7
  • Cardiac myosin binding protein-C: domains C5-C6-C7 (protein), cMyBP-C, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


C zone / regulation of muscle filament sliding / striated muscle myosin thick filament / regulation of striated muscle contraction / cardiac myofibril / positive regulation of ATP-dependent activity / Striated Muscle Contraction / M band / A band / structural constituent of muscle ...C zone / regulation of muscle filament sliding / striated muscle myosin thick filament / regulation of striated muscle contraction / cardiac myofibril / positive regulation of ATP-dependent activity / Striated Muscle Contraction / M band / A band / structural constituent of muscle / sarcomere organization / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / myosin heavy chain binding / myosin binding / ATPase activator activity / heart morphogenesis / cardiac muscle contraction / titin binding / sarcomere / actin binding / cell adhesion / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. ...: / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin-binding protein C, cardiac-type
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Clinically Linked Mutations in the Central Domains of Cardiac Myosin-Binding Protein C with Distinct Phenotypes Show Differential Structural Effects.
著者: Naveed Ahmed Nadvi / Katharine A Michie / Ann H Kwan / J Mitchell Guss / Jill Trewhella /
要旨: The structural effects of three missense mutations clinically linked to hypertrophic cardiomyopathy (HCM) and located in the central domains of cardiac myosin-binding protein C (cMyBP-C) have been ...The structural effects of three missense mutations clinically linked to hypertrophic cardiomyopathy (HCM) and located in the central domains of cardiac myosin-binding protein C (cMyBP-C) have been determined using small-angle scattering, infrared spectroscopy, and nuclear magnetic resonance spectroscopy. Bioinformatics and modeling were used to initially predict the expected structural impacts and assess the broader implications for function based on sequence conservation patterns. The experimental results generally affirm the predictions that two of the mutations (D745G, P873H) disrupt domain folding, while the third (R820Q) is likely to be entirely solvent exposed and thus more likely to have its impact through its interactions within the sarcomere. Each of the mutations is associated with distinct disease phenotypes, with respect to severity, stage of onset, and end phase. The results are discussed in terms of understanding key structural features of these domains essential for healthy function and the role they may play in disease development.
登録者
  • Jill Trewhella (School of Molecular Bioscience, University of Sydney., Sydney, New South Wales 2006, Australia)

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モデル

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試料

試料名称: Cardiac myosin binding protein-C: domains C5-C6-C7 / 試料濃度: 0.70-3.40
バッファ名称: 25 mM Tris-HCl, 250 mM NaCl, 2 mM TCEP, 0.02% sodium azide
濃度: 25.00 mM / pH: 7.5 / 組成: 250 mM NaCl, 2 mM TCEP, 0.02% sodium azide
要素 #352名称: cMyBP-C / タイプ: protein / 記述: Cardiac myosin binding protein-C: domains C5-C6-C7 / 分子量: 35.751 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q14896
配列: GPGSRQEPPK IHLDCPGRIP DTIVVVAGNK LRLDVPISGD PAPTVIWQKA ITQGNKAPAR PAPDAPEDTG DSDEWVFDKK LLCETEGRVR VETTKDRSIF TVEGAEKEDE GVYTVTVKNP VGEDQVNLTV KVIDVPDAPA APKISNVGED SCTVQWEPPA YDGGQPILGY ...配列:
GPGSRQEPPK IHLDCPGRIP DTIVVVAGNK LRLDVPISGD PAPTVIWQKA ITQGNKAPAR PAPDAPEDTG DSDEWVFDKK LLCETEGRVR VETTKDRSIF TVEGAEKEDE GVYTVTVKNP VGEDQVNLTV KVIDVPDAPA APKISNVGED SCTVQWEPPA YDGGQPILGY ILERKKKKSY RWMRLNFDLI QELSHEARRM IEGVVYEMRV YAVNAIGMSR PSPASQPFMP IGPPSEPTHL AVEDVSDTTV SLKWRPPERV GAGGLDGYSV EYCPEGCSEW VAALQGLTEH TSILVKDLPT GARLLFRVRA HNMAGPGAPV TTTEPVTV

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実験情報

ビーム設備名称: Australian Synchrotron SAXS/WAXS / 地域: Melbourne / 国: Australia / 形状: Point / 線源: X-ray synchrotron / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.6 mm
検出器名称: Pilatus 1M
スキャン
タイトル: cMyBP-C; domains C5-C6-C7 / 測定日: 2015年4月18日 / 保管温度: 22 °C / セル温度: 22 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 44 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0566 3.436
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 728 /
MinMax
Q0.142443 2.97692
P(R) point1 728
R0 14.1
結果
カーブのタイプ: extrapolated /
実験値Porod
分子量38.2 kDa-
体積-54.7 nm3

P(R)GuinierGuinier errorP(R) error
前方散乱 I00.1068 0.1055 0.0001 -
慣性半径, Rg 3.931 nm3.75 nm0.01 0.001

MinMax
D-14.1
Guinier point15 75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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