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万見
- SASDAZ7: IL-6R AIR-3A 2:4 complex (AIR-3A + Interleukin-6 receptor subunit... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDAZ7
試料IL-6R AIR-3A 2:4 complex
  • AIR-3A (RNA)
  • Interleukin-6 receptor subunit alpha (protein), IL-6R, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


ciliary neurotrophic factor binding / interleukin-6 receptor activity / interleukin-6 binding / hepatic immune response / : / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / ciliary neurotrophic factor receptor complex / interleukin-6 receptor complex ...ciliary neurotrophic factor binding / interleukin-6 receptor activity / interleukin-6 binding / hepatic immune response / : / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / ciliary neurotrophic factor receptor complex / interleukin-6 receptor complex / negative regulation of collagen biosynthetic process / endocrine pancreas development / T-helper 17 cell lineage commitment / negative regulation of interleukin-8 production / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of leukocyte chemotaxis / neutrophil mediated immunity / cytokine receptor activity / Interleukin-6 signaling / interleukin-6-mediated signaling pathway / MAPK3 (ERK1) activation / monocyte chemotaxis / MAPK1 (ERK2) activation / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of chemokine production / extrinsic apoptotic signaling pathway / response to cytokine / acute-phase response / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-6 production / Transcriptional regulation of granulopoiesis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to Gram-negative bacterium / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of MAPK cascade / receptor complex / defense response to Gram-positive bacterium / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / enzyme binding / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / : / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type ...Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / : / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-6 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: RNA Biol / 年: 2016
タイトル: Structure and target interaction of a G-quadruplex RNA-aptamer.
著者: Kristina Szameit / Katharina Berg / Sven Kruspe / Erica Valentini / Eileen Magbanua / Marcel Kwiatkowski / Isaure Chauvot de Beauchêne / Boris Krichel / Kira Schamoni / Charlotte Uetrecht / ...著者: Kristina Szameit / Katharina Berg / Sven Kruspe / Erica Valentini / Eileen Magbanua / Marcel Kwiatkowski / Isaure Chauvot de Beauchêne / Boris Krichel / Kira Schamoni / Charlotte Uetrecht / Dmitri I Svergun / Hartmut Schlüter / Martin Zacharias / Ulrich Hahn /
要旨: G-quadruplexes have recently moved into focus of research in nucleic acids, thereby evolving in scientific significance from exceptional secondary structure motifs to complex modulators of gene ...G-quadruplexes have recently moved into focus of research in nucleic acids, thereby evolving in scientific significance from exceptional secondary structure motifs to complex modulators of gene regulation. Aptamers (nucleic acid based ligands with recognition properties for a specific target) that form Gquadruplexes may have particular potential for therapeutic applications as they combine the characteristics of specific targeting and Gquadruplex mediated stability and regulation. We have investigated the structure and target interaction properties of one such aptamer: AIR-3 and its truncated form AIR-3A. These RNA aptamers are specific for human interleukin-6 receptor (hIL-6R), a key player in inflammatory diseases and cancer, and have recently been exploited for in vitro drug delivery studies. With the aim to resolve the RNA structure, global shape, RNA:protein interaction site and binding stoichiometry, we now investigated AIR-3 and AIR-3A by different methods including RNA structure probing, Small Angle X-ray scattering and microscale thermophoresis. Our findings suggest a broader spectrum of folding species than assumed so far and remarkable tolerance toward different modifications. Mass spectrometry based binding site analysis, supported by molecular modeling and docking studies propose a general Gquadruplex affinity for the target molecule hIL-6R.
登録者
  • Erica Valentini (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #305
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 5.50 A / カイ2乗値: 1.036
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モデル #306
タイプ: mix / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.43
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: IL-6R AIR-3A 2:4 complex / 試料濃度: 0.2 mg/ml / Entity id: 173 / 174
バッファ名称: water / pH: 7.5
要素 #173タイプ: RNA / 記述: AIR-3A / 分子量: 6.388 / 分子数: 4
配列:
GGGGAGGCUG UGGUGAGGG
要素 #174名称: IL-6R / タイプ: protein / 記述: Interleukin-6 receptor subunit alpha / 分子量: 40.964 / 分子数: 2 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P08887
配列: MRAWIFFLLC LAGRALAAPL VHHHHHHALA PRRCPAQEVA RGVLTSLPGD SVTLTCPGVE PEDNATVHWV LRKPAAGSHP SRWAGMGRRL LLRSVQLHDS GNYSCYRAGR PAGTVHLLVD VPPEEPQLSC FRKSPLSNVV CEWGPRSTPS LTTKAVLLVR KFQNSPAEDF ...配列:
MRAWIFFLLC LAGRALAAPL VHHHHHHALA PRRCPAQEVA RGVLTSLPGD SVTLTCPGVE PEDNATVHWV LRKPAAGSHP SRWAGMGRRL LLRSVQLHDS GNYSCYRAGR PAGTVHLLVD VPPEEPQLSC FRKSPLSNVV CEWGPRSTPS LTTKAVLLVR KFQNSPAEDF QEPCQYSQES QKFSCQLAVP EGDSSFYIVS MCVASSVGSK FSKTQTFQGC GILQPDPPAN ITVTAVARNP RWLSVTWQDP HSWNSSFYRL RFELRYRAER SKTFTTWMVK DLQHHCVIHD AWSGLRHVVQ LRAQEEFGQG EWSEWSPEAM GTPWTESRSP PAENEVSTPM QALTTNKDDD NILFRDSANA TSLPVQ

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実験情報

ビーム設備名称: Diamond Light Source B21 / 地域: Oxfordshire / 国: UK / 形状: 1 x 5 mm / 線源: X-ray synchrotron / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.9 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: IL-6R AIR-3A / 測定日: 2014年10月1日 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0999 4.0114
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 961 /
MinMax
Q0.0132914 0.277168
P(R) point1 961
R0 245
結果
カーブのタイプ: single_conc
コメント: The CORAL model fits the experimental curve with a Chi-squared-value of 1.43. The model appears slightly smaller probably because of the presence of free RNA dimers in solution.
実験値Porod
分子量150 kDa-
体積-150 nm3

GuinierP(R)
前方散乱 I03625.94 -
慣性半径, Rg 6.7 nm6.6 nm

MinMax
D-25
Guinier point1 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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